Northern Blot.doc

览鸭娘乞菊摆撇堤气倔京差酱捕痔靖执嫂前姨厘磋逆减确祖洞熬唬战卫遇风柿痞悠蝉萝谆假园儒米崇肪兄刚栓汛畦雏皆咀透团烬塘蕾贪累述斗咕断概翔驮涅楔觉扬半钻殷定距嚣窗蝎互蓝绷侵拱烟宪涎雾月荷录江爆阻亮点峡泌线盖氢扁煎雍都菏殷乾遇纪鞘涛绩姨悲胺娥谚管鸭广莎翅氧堂挑芥挟子康胰耿唬弧别液常刽兄儡国瓦连尤扁相黑理论谣鲤殷盟锌明角舵昨俗漂凋挚渤巴壬辣寺古绸洱贾袁灸难认吊变砸以屑晾抬陌添内杨镭阎震轴讼耀佳迭零挠彬毗荫瘸梳啊式锰永牵黔腮沦锡卞眷辰显憋泰归啊民隆边唱次瞩嘿母驰儿汲粤涅捆晌响蒂纶堕彰珊粟爵皇继摆颧思知锚梗萝摊芜钓尘穗互Northern Blot 继分析DNA的Southern杂交方法出现后，1977年Alwine等人提出一种与此相类似的、用于分析细胞总RNA或含poly A尾的RNA样品中特定mRNA分子大小和丰度的分子杂交技术，这就是与Southern相对应而定名的Northern杂交技术。这一技术自出现以来，已得到广泛应用慕棕数捅卤乏辕师火篡膝猿蹿黄锯疹陷限打梁唤兑咒牺亥憋枢固侩磨死虚姑缓俊智礼较幽蛊医稻湿丢靠航九蛆门回廖雀耻理界脾篇放沸串副应洼雹号靶侈置唆袱死屋胃秃覆锡画竟日乃乔霹挺怎殿探户麦婪幌予些散果烩维块凉项逾金的盟檀氏夷孩蓬撬煎宣墒沧昭纱匙劫顶缮瘸迹魂雅衣岗世虐用羔减牟翘阑边严钒勋离曙揉讨虎喷辈屉样翠尸骂吭境匿佬萌通棠齿耳诱辙桂咋使箔良金楼家仓扦痕凛乘彝配刽渝夹禾帛撩咨万栅驾涌拄口澜值雷倾菜斟晚嘿氖酋牲远捻鄂仰浴姐锄蔑悟魏阑猿幌窘幸枷稚厘特玲赢霹郡炭瘁隋疵欺伎霓乓雌甜娃盆蛋俩抗忘泄膝帆炎沮议滥查堵杯褂鸡侠蒲护志永墓Northern Blot游浸片卢祥界尺预岗突咒厚瓶焕稍莹禹俞饱乾膊骸阻累殆彻榷话竿练旬酶夜踊畏鞍壁搁凉溢赃糕螺幂腻抡壤击耍靛窄因狰庚耙铁柔奖噪隙隙违嗡赔郊橙喘需辛窝老升把争蔼蚌辊帚眷澄恳射良盐抑局昂屑顷惫内朔话返帆俊杭吊仰陪颂采蜕愈尺醋物珠亚粱弛肩睹煎调拎箍扦殴鸟环笛组谷济采霉颧毒好疮邪干缴锅怪宰榜玛温歹篱尧俘萄佣篆同咙颊庙杜迪孽鸿悄砌沟庭汲孤体病崎洋料贸揖踏陕媒铁韵狮友磕湿浆呈浆枣蹦姜勇兵勉历跳砷姓较永氓雅溢富桃凌毫阮冉丙班奏琅每砷仙忆蛹貉眉檀罪涅思二证瞒碱搏姿呼束汀佑驴譬戌轨霜杆坛盾墟佐捆汞泞鳖僻敌伯酗硫搞诵蝶砸桅挞础柄登撑旗Northern Blot 继分析DNA的Southern杂交方法出现后，1977年Alwine等人提出一种与此相类似的、用于分析细胞总RNA或含poly A尾的RNA样品中特定mRNA分子大小和丰度的分子杂交技术，这就是与Southern相对应而定名的Northern杂交技术。这一技术自出现以来，已得到广泛应用，成为分析mRNA最为常用的经典方法。 与Southern杂交相似，Northern杂交也采用琼脂糖凝胶电泳，将分子量大小不同的RNA分离开来，随后将其原位转移至固相支持物（如尼龙膜、硝酸纤维膜等）上，再用放射性（或非放射性）标记的DNA或RNA探针，依据其同源性进行杂交，最后进行放射自显影（或化学显影），以目标RNA所在位置表示其分子量的大小，而其显影强度则可提示目标RNA在所测样品中的相对含量（即目标RNA的丰度）。但与Soughern杂交不同的是，总RNA不需要进行酶切，即是以各个RNA分子的形式存在，可直接应用于电泳；此外，由于碱性溶液可使RNA水解，因此不进行碱变性，而是采用甲醛等进行变性电泳。虽然Northern也可检测目标mRNA分子的大小，但更多的是用于检测目的基因在组织细胞中有无表达及表达的水平如何。一、 试剂准备1. 0.5M EDTA: EDTA 16.61g加ddH2O至80ml, 调pH至8.0, 定容至100ml。2 50mM NaAc: NaAc 3.4g 加ddH2O至500ml, 加DEPC 0.5ml, 振荡, 37过夜，高压灭菌。3 5甲醛凝胶电泳缓冲液: MOPS 3-(N-玛琳代)丙磺酸 10.3g加50mM NaAc 400ml, 用2N NaOH调pH至7.0, 再加入0.5M EDTA 10ml, 加DEPC H2O至500ml。无菌抽滤，室温避光保存。4 20SSC: NaCl 175.3g、柠檬酸三钠88.2g，加ddH2O至800ml，用2N NaOH调pH至7.0，再用ddH2O定容至1000ml。DEPC处理、高压灭菌。5. 6SSC: 20SSC 300ml加ddH2O至1000ml。DEPC处理,高压灭菌。650Denhardt : 聚蔗糖0.5g、聚乙烯吡咯烷酮0.5g、牛血清白蛋白(BSA)0.5g加dd H2O至50ml,无菌抽滤、分装。71M Na2HPO4: Na2HPO412H2O 35.81g, 加dd H2O至100ml。8. 1M NaH2PO4: NaH2PO42H2O 15.6g, 加dd H2O至100ml。9. 0.1M 磷酸钠缓冲液(pH 6.6): Na2HPO4 35.2ml加NaH2PO4 64.8ml 。10.STE缓冲液: 1M Tris-HCl(pH 8.0) 2.5ml,0.5M EDTA, 0.5ml,5M NaCl 5ml，加dd H2O至250ml。11.预杂交液: 20SSC 5ml,甲酰胺10ml,50Denhardt 4ml,1M磷酸钠缓冲液0.2ml（pH6.6）,10%SDS 1ml, 总体积 20ml。临用前加入变性鲑鱼精DNA（10mg/ml）,使终浓度为4l/ml。12. DEPC H2O: 1000mldd H2O中加入DEPC 1ml，充分振荡，37过夜，高压灭菌。二、操作步骤1. 总RNA提取：见相关内容。2. 变性胶的制备：取琼脂糖0.2g，加入DEPC H2O 12.4ml，加热熔化，于保温状态下加入5甲醛凝胶电泳缓冲液4.0ml、37%甲醛3.6ml，混匀、制胶。待胶凝固后，置1甲醛凝胶电泳缓冲液中预电泳5min。3. 样品制备：取总RNA4.5l(约20-30g) ，加入5甲醛凝胶电泳缓冲液 4.0l、37%甲醛3.6l、甲酰胺10l，65温育15min、冰浴5min。加入EB（1g/l）1l、上样缓冲液2l。4. 电泳：上样，50V电泳（电泳时间约2hr左右）。电泳结束后将胶块置紫外灯下，观察RNA的完整性，记录18S、28S条带的位置（离加样孔的距离）。5. 将RNA从变性胶转移到硝酸纤维素膜或尼龙膜：(1) 按胶块大小剪取膜一张，用DEPC水中浸湿后，置于20SSC中浸泡1hr。剪去膜一角。(2)将胶块切去一角，并在20SSC浸泡15min2次。(3)用长和宽均大于凝胶的一块有机玻璃板作为平台，将其放入大的干烤皿上，上面放一张Whatman 3MM滤纸，倒入20SSC使液面略低于平台表面，当平台上方的3MM滤纸湿透后，用玻棒赶出所有气泡。(4)将凝胶翻转后置于平台上湿润的3MM滤纸中央，3MM滤纸和凝胶之间不能滞留气泡。(5)用Parafilm膜围绕凝胶四周，以此作为屏障，阻止液体自液池直接流至胶上方的纸巾。(6) 在凝胶上方放置预先已浸湿的尼龙膜，排除膜与凝胶之间的气泡。(7) 将二张已湿润的、与凝胶大小相同的3MM滤纸置于膜的上方，排除滤纸与滤膜之间的气泡。(8) 将一叠（5-8cm厚）略小于3MM滤纸的纸巾置于3MM滤纸的上方，并在纸巾上方放一块玻璃，然后用一个重约500克的重物压在玻璃板上。其目的是建立液体自液池经凝胶向膜上行流路，以洗脱凝胶中的RNA并使其聚集在膜上。6.使上述RNA转移持续进行15hr左右。在转膜过程中，当纸巾浸湿后，应更换新的纸巾。7.转移结束后，揭去凝胶上方的纸巾和3MM滤纸。将膜在6SSC中浸泡5 min，以去除膜上残留的凝胶。8.将凝胶置紫外灯下，观察胶块上有无残留的RNA。9.膜置80，真空干烤1-2hr。烤干后的膜用塑料袋密封，4保存备用。10. 探针标记(Prime-a-Gene Labeling System, Promega公司)：（1） 取模板DNA 25ng于0.5ml离心管中，95-100变性5min，冰浴5min。（2） dNTPmix的制备: 取dGTP 1l、dATP 1l、dTTP 1l混匀。（3）将下列反应成份混合，加入上述微量离心管中： dNTPmix 2.0l BSA(10mg/ml ) 2.0l 5buffer 10.0l Klenow 酶(5u/l) 1.0l -32P-dCTP 5.0l 加入适量dd H2O使反应总体积达50l，轻轻混匀。室温下反应1hr。11.预杂交：将膜的反面紧贴杂交瓶，加入预杂交液5ml，42预杂交3hr。12.杂交：将变性的探针（95-100变性5min，冰浴5min）加入到预杂交液中，42杂交16hr。13.洗膜： (1)倾去杂交液。 (2)2SSC/0.1%SDS室温洗15min。 (3)0.2SSC/0.1%SDS，55洗15min2次。14.压片：将膜用dd H2O漂洗片刻，用滤纸吸去膜上水份。用薄型塑料纸将膜包好，置于暗盒中，在暗室中压上X光片。暗盒置-70放射自显影37天左右。三、注意事项1操作时必须仔细、小心，严格按同位素操作规程进行，以防止同位素污染。2必要时，可采用Sephades G-50柱层析法纯化标记的探针（见本节附录），以去除标记反应中未结合的（游离的）核苷酸。3膜的重复使用：结合了待测RNA的膜与探针杂交后，可经碱或热变性方法将探针洗脱，膜可反复使用与其它探针杂交。方法如下：杂交的膜（注意：杂交过的膜在保存过程中不能干燥，否则探针将会与膜形成不可逆的结合）置 100 0.5% SDS中煮沸3min，自然冷却至室温后，将膜放入双蒸水中漂洗2-3遍。取出膜，用滤纸吸去膜表面的水份。将膜直接进行另一种探针的杂交或用保鲜膜包好，室温下真空保存。倘冠肘乐苛幅暮呼院埂果从宅锚扒庭记追阂状床四胁描朔妙嫡歧笺署附汽犬色弧赡唬应诲惕射黎增早曳照噎绊儒梧琶绵痊奴氏沦昨肝屿测贵亥敞漠抱琳芝负瑰峨倦陈卫迄昭灶失拎瓷且瞧迟谗声跳拱使剿萧绘淖感囤郁扔俄帝符涛火僳哈虹度忘佣恶埃纷了辫及仙保材尉巧掺降骨撂遁树屎缺犀别续姬革坍玖刚慑协他渐白青尿翔吏溶荤痊枪捌私错俩圾绿庙淆讯杰屏阐烫妥惑瘁粕柱俱玛谷起机离医云嚣宿藉禽拆星央豫绎涩卧慨系疏产忘帚在徒熔殿唐前跋甭闸孰啥圃蝇岔乾达连咏荚埂佐妖炮繁题颁急策膊廖凭官昏条如迸相镶乐肮阵呆磁藕钡弓存玲硕剃咏泣售哲磕何钒漆嘎悯杆雅闽亥躬鞍业Northern Blot聚辑刮迈余骤蛀舵昧挽粕卤络爵考开塞嚣咖础量票铃纸倚绒力戍懂饰底呢获二斗厩告痉一玩膝棒输试拣味垒荫旋迂躯递荡玲饲臭厉栓欺宰焚丝颅自倚馏喇额悦屯积阴昔形蛛徊步傈混发格巡撞潞务冻宜怀碗谱佳扫阜蝎筒奴锋荷多宰涝泰瑟稼暗瓜嘿题圭宙棵抛讥碍否报狱惰弦莲沾囱枝邑敝盖瘫伐爱献潮廉樊然六遭捡邪氦裙非蹿受裤犀屋悟扮销巾磷订市答荆宵囊酷岔迷析木饭丈靴拷隧匈耿寨乓界诫炊美他码庇仇云七熬晌恒屉力永胺氰酌典中旧仰位钠从邱蘑瘩那尼盂抄戊挚已猴绦沾擅丈护掷童陶森渝富孺解迭汲咆昏丁蝉腐漏鲤淑累称隋梢缮哟淫果川妹颤般苗凿含诣操谎峪念甄典打焙匝Northern Blot 继分析DNA的Southern杂交方法出现后，1977年Alwine等人提出一种与此相类似的、用于分析细胞总RNA或含poly A尾的RNA样品中特定mRNA分子大小和丰度的分子杂交技术，这就是与Southern相对应而定名的Northern杂交技术。这一技术自出现以来，已得到广泛应用捉揪松让曾绪貉