GelRed基本问答.doc

Biotium中国区总代理上海开放生物科技有限公司GelRed/GelGreen基本问答美国技术关于marker跑电泳出现分辨率不高现象： 经过比对多家的maker产品，证实Invitrogens 1kb Plus DNA Ladder 与Gel Red匹配度最好。 Gel Red比EB分子大（也是由于大分子特性，所以不会透过细胞膜进入人体产生伤害，染料的结合原理都是一样的）。大分子的染料在预制胶中对DNA的迁移有一定影响，但是不确定对那种类型的DNA迁移影响严重。采用后染法，不会破坏胶中的DNA样本，保证了DNA迁移的真实水平。不同于EB，你不用在对染后的胶进行脱色。 针对预制胶电泳拖带、不清晰的建议：1. 鉴于GelRed的高灵敏性，建议减少DNA的上样量。2. 建议把GelREed再稀释一倍后使用，但过低会影响结果的灵敏性。3. 用1XTBE缓冲液代替TAE，因为含硼酸盐的试剂导电性能更好。GelRedGelGreen常见问题：Q: 污染或微笑的DNA条带或错误的DNA迁移条带?A: 许多客户为方便使用GelRed预制凝胶。但GelRed和GelGreen是为安全而设计的分子量较大的高效亲和型染料，在预制凝胶电泳中它们可以影响DNA的迁移。如一些限制性酶切的DNA样本，可能会在GelRed预制凝胶中异常迁移。下列建议可能会提高预制凝胶中的条带分离效果。1 减少DNA上样量。污染和微笑条带往往是过量的DNA样本造成的。推荐的泳道和已知浓度的样品的上样量为50-200ng/泳道。对于未知浓度的样品，尝试1/2或1/3的常用上样量2 减少GelRed在凝胶中的总量，比如用0.5X的浓度来代替1X的浓度。3 制百分比浓度小的琼脂糖凝胶。高分子量的DNA在低百分比的琼脂糖凝胶分离效果比较好。4 更换电泳缓冲液。 TBE缓冲液比TAE缓冲液的效果更好。5 为了避免染料可能对DNA迁移的干扰，我们建议使用电泳后染胶。如果跑胶程序需要的上样量超过推荐量，建议使用电泳后染色法。Q： 荧光弱，时间久染料性能降低，或使用后染法染料仍然在琼脂糖凝胶中。A : 染料可能从溶液中沉淀。1 加热GelRed至45 - 50，2min，搅拌溶解。2 染料在室温下储存，以避免沉淀。Q: 后染法需要去除染料的步骤吗？A: 不需要，不过高背景的结果可以考虑适当脱色步骤Q： GelRed和GelGreen可以用来染色单链DNA或RNA吗？A: GelRed和GelGreen可用于单链DNA和RNA的染色，但GelRed染单链核酸效果比GelGreen敏感5倍左右。使用荧光酶标仪的滴定实验表明， GelRed绑定单链DNA和RNA荧光信号约是结合双链DNA的一半左右。Q： 用那些仪器检测GelRed和GelGreen？A: GelRed完美兼容标准（302或312nm）紫外透射成像仪。GelGreen的吸光度在250-300 nm和吸收峰在500纳米左右。 GelGreen兼容254 nm的紫外透射或可见光激发的凝胶成像仪，如Dark Reader或488 nm凝胶激光扫描仪。Q： 什么样的发射滤波片适合使用GelRed和GelGreen？A: GelRed使用溴化乙锭滤片; GelGreen使用SYBR Green或黄色滤片。另外，长通道黄色滤片可用于GelRed或GelGreen。请查阅GelRed和GelGreen更多的特定波长的发射光谱。Q: 可以提前制作GelRed / GelGreen凝胶，储存供以后使用吗？A: 可以，GelRed和GelGreen染料是稳定的。在保证琼脂糖凝胶的完整性不会被破坏的前提下，你可以将预制的GelRed / GelGreen凝胶储存供以后使用。 我们建议在4避光贮存凝胶。Q： GelRed / GelGreen在熔化的琼脂糖中稳定么？可以将GelRed / GelGreen储存在熔化的琼脂糖胶中，到用的时候在制备凝胶吗？A: 可以，GelRed比GelGreen更加稳定。但我们不建议将GelRed放在熔化的琼脂糖中存放几天。Q: GelRed /GelGreen的预制凝胶可以重复使用吗？A: 不可以，我们不建议GelRed / GelGreen凝胶电泳后重复使用，因为连续电泳会减少染色强度。Q: 可以重新融化GelRed / GelGreen凝胶，再制备吗？A: 是的，但最好再添加一些染料，保证重新制备凝胶的信号强度。Q： GelRed和GelGreen用后应该如何处置？A: GelRed和GelGreen通过EPA环保监管局22个指标测试。GelRed和GelGreen已经被相关部门批准，可以直接倾倒入下水道。然而，由于地方规定的差异，您可以请联系您当地的安全监管部门，获取相关条例。详情请查阅GelRed / GelGreen安全报告信息。Q: GelRed及GelGreen与如克隆，连接和测序的下游扩增子兼容吗？A: 可以。我们建议使用Qiagen公司或Zymoclean凝胶提取试剂盒，EXO-SAP方案，或酚氯仿抽提法去除DNA中的染料成分。由于GelRed/GelGreen与DNA结合比EB更为紧密，所以需要去除样品DNA中的GelRed/GelGreen染料,保证DNA的后续操作。Q: GelRed / GelGreen安全性如何？A: GelRed/ GelGreen经过埃姆斯AMS和相关测试，已经被证明是替代EB和SYBR染料更为安全的产品。不过，请使用这些试剂时，也要遵循实验室安全条例等。Q: 哪里可以找到GelRed / GelGreen安全性相关信息？A: 请访问我们的网站下载完整的安全报告。Q: GelRed / GelGreen检测下限是什么？A: GelRed/ GelGreen是超敏感的染料。有些用户反馈可以检测含量0.1ng的DNA。然而，染色的灵敏度取决于仪器的性能和曝光设置等。Q: GelRed / GelGreen的结合机制是什么？A: GelRed/ GelGreen作用原理通过静电及电荷相互作用的结合。Q: GelRed / GelGreen迁移的方向？A: GelRed和GelGreen相比于EB来说，不容易通过凝胶迁移。不需要在电泳缓冲液中添加额外的染料，凝胶也会比EB染色更均匀。Q: GelRed/ GelGreen需要在黑暗中使用吗？A: GelRed和GelGreen是稳定的染料。你可以在室内光线下使用。然而，我们建议将染料避光储存。Q: GelRed / GelGreen的使用量？A: 10,000储备液用于1X预制凝胶使用量1:10000（例如，5 uL 用于50ml凝胶），或1:3333比例用于电泳后染色（15 uL 用于50 mL溶液）。Q: GelRed / GelGreen电泳后染色可重复使用吗？A: 可以。但，如果敏感度降低，则建议更换新鲜的染料溶液。Q: GelRed可以被用于凝胶迁移电泳分析和脉冲凝胶电泳吗？A: 可以。GelRed可用于EMSA和PFGE凝胶的电泳后染色。Q: GelRed / GelGreen可以被用于Southern或Northern杂交吗？它会干扰转膜或杂交过程吗？A: GelRed 可被用于Southern杂交（植物细胞报告DOI：10.1007/s00299-011-1150-7）。我们建议使用后染法。Q: GelRed可以被用于基于甲醛的RNA凝胶中？A: 可以。Q: GelRed可以被用于聚丙烯酰胺，DGGE技术，EMSA实验或PFGE（脉冲场）凝胶吗？A: 可以。请使后染法。Q: GelRed可以被用于彗星试验(单细胞凝胶电泳测定技术，它是一种敏感单链或双链DNA突变和破损的遗传测定方法)？A: 是。Q: GelRed是否用于碱性凝胶电泳缓冲液（30MM的NaOH，1mM的EDTA）？A: 是。Q: GelRed可被用于氯化铯梯度纯化的DNA染色吗？A: 客户使用的结果显示可以。为了去除氯化铯梯度纯化的DNA中的GelRed，我们建议正丁醇萃取前添加SDS至终浓度0.1。Q: 建议用什么方案去除电泳后胶中的GelGreen / GelRed染料？A: 客户报告中提到使用Zymo Research公司的ZymoClean 凝胶 DNA回收试剂盒，USB/Affymetrix 公司的ExoSap-It 试剂盒、Sigma的GenElute琼脂糖柱。Life Technologies 公司的PureLink快速凝胶回收试剂盒，GE Healthcare公司的Illustra GFX PCR DNA 和 凝胶条带纯化试剂盒、Roche 应用科学公司的高纯度PCR产物纯