基因芯片筛选斑马鱼胚胎FBL基因相关差异表达基因及信号通路毕业论文.doc

本 科 毕 业 论 文 题 目（中文）： 基因芯片筛选斑马鱼胚胎FBL基因相关差异表达基因及信号通路 （英文）： Gene chip filter the related genes and signal pathways of zebrafish emybryo FBL gene 目 录中文摘要1英文摘要1一、前言211斑马鱼心脏发育相关的基因及信号通路5 1，1.1 相关基因介绍5 11.2 相关信号通路介绍712Morpholino技术1013，具体到FBL基因的研究进展1114基因芯片技术12二、材料和方法1421生物信息学软件1422Morpholino1423基因芯片1424信息分析方法16三、实验结果17四、讨论3041Wnt signaling pathway（ WNT信号途径）3042VEGF signaling pathway（血管内皮生长因子信号途径）3143Calcium signaling pathway(钙信号转导途径) 3244Parkinsons disease（帕金森氏症）3245MAPK signaling pathway（MAPK信号通路）3346Regulation of actin cytoskeleton（肌动蛋白细胞骨架调节）3447TGF-beta signaling pathway（转化生长因子-信号通路）3448Leukocyte transendothelial migration（白细胞经内皮迁移）3649Oxidative phosphorylation(氧化磷酸化) 36410Ribosome（核糖体）36411Cell Communication（细胞通讯）37412Cell cycle(细胞周期) 39413. Ubiquitin mediated proteolysis（泛素介导的蛋白质降解）39五、参考文献41致谢43摘要 基因芯片筛选斑马鱼胚胎FBL基因相关差异表达基因及信号通路 彭湃湖南师范大学生命科学学院生物科学专业2006级摘要：本文对斑马鱼胚胎发育FBL基因干扰相关基因芯片表达数据进行了信息学分析，筛选得到差役表达基因534个，信号通路119 条，分析发现wnt信号通路，转化生长因子-信号通路，MAPK信号通路等，与斑马鱼胚胎发育FBL基因功能相关，研究结果为研究斑马鱼胚胎发育过程中这些基因即信号通路与胚胎发育的关系提供了基础，加深了对胚胎发育机理的理解。关键词： 斑马鱼 基因芯片 心脏发育 FBL基因Gene chip filter the related genes and signal pathways of zebrafish emybryo FBL gene Pai PengGrade 2006, biological science，College of life science，Hunan Normal UniversityAbstract：In this paper, zebrafish embryos FBL siRNA expression microarray data related to information analysis, and render screened 534 genes, signal pathway 119, analysis wnt signaling pathway, transforming growth factor- signaling pathway, MAPK signaling pathway and so on, and the zebra fish embryo development FBL gene function related to the study results during the embryonic development of zebrafish genes that these signaling pathways and embryo development provides the foundation to deepen the understanding of the mechanism of embryonic development.Key words： Zebrafish Gene chip Heart development FBL gene前言斑马鱼是研究发育生物学的新兴模式动物。斑马鱼由于具有饲育容易、胚胎透明、体外受精、突变种多、遗传学工具成熟等诸多优点，近年来已成为研究脊椎动物发育与人类遗传疾病的新兴模式动物。与其他脊椎动物相较下，斑马鱼最大的优点就是具有多达6,000多种的遗传突变种，这些突变种的建立大致上是利用X射线、ENU或反转录病毒的感染造成基因组的突变，之后再经由多次的子代筛选所得。这些突变种的表征包含如胚层分化，器官发育，生理调适与行为表现等多方面，所以可提供研究人员极佳的正向遗传学材料来进行发育机制上的研究。另外在斑马鱼系统中也开发出阻断基因功能的工具-Morpholino，可快速以逆向遗传学手法来验证基因的功能。所以正向遗传学与逆向遗传学的巧妙利用，可以正确推导出斑马鱼遗传发育途径。以下简述斑马鱼胚胎发育过程：斑马鱼的繁殖周期约7天左右，一年可连续繁殖6-7次。我们把斑马鱼的胚胎发育分为7个时期。分别为受精卵期，卵裂期，囊胚期，原肠胚期，分节期，咽胚期和孵化期，然后进入幼鱼阶段。时期hpf描述受精卵期0受精卵完成了第一次细胞分裂。卵裂期0.75第2至第7个细胞周期（第8、9）过渡到较长的、不同步的。囊胚期2.25从快速的、同步的细胞周期（第8、9个）过渡到较长的、不同步的细胞周期；然后开始进行外包。原肠胚期5.25包括内卷、集中和外延在内的形态发生运动形成了上胚层、下胚层以及胚轴；直至完成外包过程。分节期10体节、咽弓原基、神经原节开始发育；开始进行主要器官发生；出现最早的运动；出现尾巴。咽胚期24身体轴线开始从卵黄囊周围的曲线逐渐伸直；循环系统、色素形成和鳍都开始发育。孵化期48完成主要器官的快速形态发生；头部和胸鳍的软骨开始发育；孵化不同步的发生。幼鱼期72鳔开始充气；出现觅食及主动躲避行为。 1细胞 2细胞 4细胞 8细胞 早期囊胚 中期囊胚 晚期囊胚 原肠胚期 24小时 一天 两天 三天 幼鱼 成鱼1斑马鱼心脏发育相关的基因及信号通路相关基因介绍：1.1 NKX2.5 心脏特异表达的转录因子是在早期的心脏区域被激活表达的。其中，一个最早的在脏前体细胞中特异表达的转录因子是NKX2.5。对于心脏前体细胞的分化最早的研究来源于果蝇。研究发现，果蝇中tinman基因的突变抑制了果蝇心脏的形成。tinman基因编码的是homeobox转录因子，这个因子属于Nk2基因家族。nkx2.5是该基因家族的另外一个成员。在目前研究的椎动物中nkx2.5于侧板中胚层中正在分化的心肌细胞中表达，并且它的表达贯穿于心脏发育的整个过程。在人和老鼠的心脏发育过程中，nkx2.5 的突变都能导致心脏发育的严重缺陷。由于 nkx2.5基因表达有高度的特异性和保守性， 以及它在心脏形成过程中的重要作用，tinman/nkx2.5已经成为研究心肌细胞分化的焦点，研究者也在尽力寻找nkx2.5上游的调控基因。目前，对于斑马鱼突变株faust（fau）和acerebellar（ace）的研究结果表明，他们影响了 NKX2.5在心脏前体细胞中的表达，并且NKX2.5的起始表达需要 fau/gata5， 而其表达的维持则需要 ace/fgf8。但到目前为止还没有真正找到nkx2.5上游的直接调控因子。1.2 BMP2 在心脏的特化过程中，心肌原始细胞产生于前端的侧板中胚层 （ALPM），位于前端侧板中胚层下方的前端内胚层对于调节心肌细胞的诱导就有着重要的调节作用。目前的试验也证实了前端内胚层对于诱导和维持心脏分化进程的重要作用。内胚层能够分泌FGFs、Activin和BMP等多种信号分子。其中，BMP2 能够在非心脏的区域诱导心肌细胞marker基因的表达。Noggin和BMPs分子高度亲和从而阻止了体外培养的侧板中内胚层心肌细胞的分化。心脏分化起初不稳定，需要一个持续不变动的环境刺激来保证心脏分化的稳定发生。在斑马鱼和非洲爪蟾中这种稳定性就是依赖于BMP信号途径，因此，BMP2的存在限定了心脏区域起始分化的界限。1.3 GATA 基因家族 GATA家族是一类具有锌指结构的转录因子，在心脏的形成中也具有重要的作用。在脊椎动物的心脏中表达3种GATA基因：gata 46。在斑马鱼中，GATA5的功能与老鼠中 GATA4的功能类似。斑马鱼gata 5由faust位点编码，对faust突变体的研究表明，在早期的胚胎发育过程中，GATA5对于产生正常数量的心肌前体细胞以及维持一些心肌特异表达的基因，包括 nkx2.5的表达水平有重要作用。同时心脏原始细胞向胚胎中轴迁移的过程也需要GATA5的参与，因此gata 5的突变体会导致两侧的心脏原始细胞最终不能融合而形成心脏二分（CardiaBifida）的表型。GATA5 的过量表达还导致nkx2.5的异位表达以及形成异位的具有心肌细胞跳动功能的细胞团。目前在斑马鱼和非洲爪蟾中越来越多的试验证明，用反义morpholino寡聚核苷链工具使gata 6基因的功能缺失后，心脏细胞的分化受到了影响。GATA6 的这种作用更多地体现在心脏原始细胞的成熟过程中，而不是起始诱导的过程。在斑马鱼中已经证明了GATA 基因在对nkx2.5的调控和心肌细胞分化中的贡献。据报道，GATA基因和NKX2.5在蛋白质水平有直接的相互作用，从而调控了ANF、CARP（cardiac restricted ankyrin repeat protein）启动子等基因的表达。GATA4和NKX2.5共同结合到ANF基因的启动子上，发挥着协同的激活效应：GATA4的碳末端结合NKX2.5碳末端有自主抑制功能的结构域后，导致蛋白质构象的改变，进而暴露出NKX2.5 的激活结构域。在这个过程中，GATA5 能够替代GATA4和NKX2.5相互作用。因此NKX2.5能募集GATA4或者GATA5形成转录的激活复合体，激活下游某些心脏特异基因的表达。相关的重要信号途径： 1.4 WNT11信号途径对心脏原始细胞会聚过程的调控在脊椎动物胚胎发育的过程中，许多器官的前体细胞诱导分化都是位于体轴的两侧，随后朝着胚胎中轴会聚，最后组装成一个最原始的器官。心脏的发育过程也遵循这样的过程，首先在斑马鱼 6 个体节发育时期，心肌的前体细胞从前端的侧板中胚层分化出来并且位于体轴的两侧。随后这两侧的细胞再向中间迁移，最终会聚形成原始的管状心脏。如果这一过程受阻，两侧的细胞不能正常会聚，则会出现心脏二分的表型。2000年Heisenberg的研究小组指出，在斑马鱼中，wnt11非经典信号途径调节了原肠运动中的向中会聚和延伸的过程（Convergence and Extension Movement）。而后又有研究确定了非经典的Wnt 信号途径中参与这一过程的一些分子。后来的研究又进一步证明了斑马鱼胚胎的会聚延伸运动需要Wnt非经典途径中的一些胞内分子，包括RhoA、Rac1、Cdc42和JNK等。同时Wnt4a和Wnt11r又被确定为调节会聚延伸过程的2个新型分子。而且同时下调Wnt4a和Wnt11r 或者下调Wnt4a或Wnt11r与Slb/wnt11的组合，相比下调单个分子而言，会聚延伸过程将出现更严重的缺陷。非经典Wnt信号通路下游有很多的分枝， 涉及这一过程调控的有Dvl/RhoA 分枝，另外还有Rho Kinase2分枝。在非洲爪蟾和老鼠的研究中还发现， Wnt11 信号途径还参与了心脏细胞的分化， 以及心脏可收缩表型的诱导。而在鸡胚的研究中却发现神经管分泌的Wnt信号能抑制前端邻近的轴旁中胚层心脏的形成。但是在斑马鱼中，目前还没有关于Wnt 信号是否对于心脏分化有影响的研究报道。这也说明关于Wnt 信号通路在斑马鱼心脏发育过程中的作用还有待进一步的研究。1.5 BMP4在心脏环化过程中的调控当斑马鱼心脏前体细胞向中融合之后，就会沿前后轴延伸形成心管。在胚胎24h的时候，心管呈现出向胚胎左侧倾斜的趋势。随后，心管的位置又逐渐返回到体轴中线。经过48h之后，心室向右偏转，心房则向左偏转，这样心房心室之间形成了一定的弯曲角度，且位于身体的左侧，这个过程就是心脏的环化过程。如果在 24h 时期，心管是向胚胎的右侧倾斜，则到 48h，心脏环化的方向将相反，心脏位于斑马鱼的右侧。从整个过程来看，斑马鱼心脏的左右不对称性在心脏环化过程之前就已经形成了。胚胎发育 20 体节的时期（心管融合时期），BMP4 在心脏区域就有非常特异的表达，而且正好呈现了不对称性（其他一些基因如nkx2.5、mef2都是对称表达的）。这个时期，BMP4为一环形表达区域，位于头部中后脑边界上方，并且左侧侧板中胚层的表达强于右侧侧板中胚层的表达。研究发现，如果心脏BMP4 不对称表达模式的改变，将会影响心脏的环化过程。shh在很多系统中都证明位于 BMP4 途径的上游。在斑马鱼中注射了shh mRNA之后，BMP4的表达增强，同时心脏的环化过程就受到了影响。跟据报道，以斑马鱼为模型，采用能够热激活的斑马鱼系，研究 BMP4 信号在左右对称中的影响发现，BMP信号主要影响了发育的2个时期。一是斑马鱼体节形成阶段，在右侧的侧板中胚层区域BMP4抑制了spw的表达，从而调节了内脏和心脏的左右不对称性。在 Kupffers vesicle中BMP4通过调节lefty1的表达抑制了spw的表达。二是在体节形成阶段晚期，BMP信号途径不再调节内脏发育的不对称性，但是仍然调节心脏左右发育的不对称性。试验结果表明，BMP4对右侧侧板中胚层中spw表达的抑制，位于Nodal 信号途径的上游。而在更晚的阶段，后侧的侧板中胚层中则位于Nodal信号途径的下游，调节着心脏的环化过程。心脏是人体生存和活动必不可少的重要器官，因此人类的某些先天性心脏疾病或者后天形成的心脏疾病的研究就成为生物医学领域的热门。对心脏发育过程中基因表达调控的研究有助于人们找到这些疾病的根源，找到重要的药物靶标，指导预防干预先天性心脏病发生或者心血管疾病的治疗。目前对于心脏发育的研究已经深入分子研究的层次。但是从目前的研究成果不难发现，确定和寻找到的这些基因大多数都属于发育生物学中的经典信号途径，并且这些基因或者信号途径本身在发育过程中都具有多重身份，调节多个发育环节，甚至调节多种器官的发育。对心脏发育的影响也只是其中的一种角色。因此，它们属于发育调控过程中较上游的基因，而非控制心脏发育所特有的信号途径。这样设计的致病方案或者筛选的药物将不能精确地作用于心脏疾病，还可能影响到其他方面。因此在这个领域，研究者面临的最大挑战就是要寻找更多下游的、对心脏发育具有特异调控作用的分子和信号途径。这是深入了解心脏发育全过程的迫切需要，对指导临床医学有重要的意义。2Morpholino技术吗啉基又称吗啉（英语：Morpholino），是一种用来修饰基因表现的分子，吗啉基寡核苷酸是一种反义技术，可用来阻碍其它分子与特定核酸序列的结合。可阻挡RNA上约25个碱基的区域。此分子可应用在一些模式生物的研究上，包括小鼠、斑马鱼、Xenopus（一类青蛙）等。吗啉寡聚合苷酸（Morpholino oligonucleotides，MF）由美国著名的Gene Tools，LLC公司开发，是非离子型DNA类似物，其中的核糖被吗啉代替（是以含有氮和氧的六元环代替RNA的五元核糖骨架）磷酸二酯键phosphoroamidate所取代，是进行反义抑制的有效方法。Zebrafish Morphoinos文库包括上千个寡核苷酸序列，每个寡核苷酸序列都是针对目标序列的转录起始位点的序列互补而设计的，在目的基因mRNA转录起始端形成稳定的RNA-RNA双链，通过阻碍mRNA和核糖体的结合而抑制翻译的起始，它能减少传统反义寡核苷酸非特异性的效应，快速诱导蛋白表达水平的下调。实验证明这种结合是高度特异性的，长25个碱基的MF-RNA中仅有4个碱基的错配就可以造成抑制的目的基因翻译能力的完全丧失。由于Morphoinos寡核苷酸具有靶基因结合的高度特异性以及极强的核苷酶抗性，因此可以长效的、特异性诱导目标基因的表达下调。Morphoinos以吗啉环类似物为基架，这种独特的结构特性使得Morphoinos具有以下几个特点：1.与其它类型的反义寡核苷酸相比，Morphoinos能更好地抵抗核酸酶的作用；2.Morphoinos与靶序列结合后通过空间位阻效应发挥作用，不激活RNaseH，不引起目标基因mRNA的降解；3.针对翻译起始区设计的Morphoinos用于抑制蛋白的翻译，针对pre-mRNA剪切位点区设计的Morphoinos可影响mRNA剪切，得到不同的转录本，可以方便的用于目标基因结构域的突变研究；4.与靶细序列结合能力强，可以渗入mRNA的二级结构，并且特异性好。3.具体到FBL基因的研究进展根据MHC等位型特异的多肽结合基序,可以设计出与MHC分子结合的多肽,这可崐以通过体外实验予以验证。实验中采用MHC分子表达缺陷的细胞(RMA-S细胞)与相崐应的多肽共育一定时间后,可诱导细胞表达MHC分子,这可能是缺陷细胞表达不稳定的MHC重链,2M复合体,当与多肽结合后就形成三分子的稳定结构,使得MHC分子在崐细胞表面表达增加。因此用合成多肽来验证多肽的MHC结合性可以选用这一方法,它可以作为筛选多肽抗原的第一步。如果多肽不与MHC分子形成稳定结合,则它很崐难被MHC分子从胞内递呈出来。预实验表明,预测的7个多肽均能与H-2Db分子结合。 合成多肽抗原性验证的第二步,是将多肽与表达同一MHC分子的无关靶细胞共育,使多肽与靶细胞表面MHC分子结合,而后观察特定抗原CTL细胞对多肽致敏靶细胞的杀伤活性,如果CTL能杀伤靶细胞,表明这一多肽可能被克隆CTL的TCR所识别,即为CTL所识别的抗原2。在实验中把FBL-3诱导的活化淋巴细胞(未经过克隆的细胞)作为效应细胞,观察到它们明显地杀伤Gag3,Gag5结合的EL-4,间接表明预测的7个多肽中,这二个多肽很可能是FBL-3的肿瘤抗原。 用FBL-3特异CTL杀伤实验验证多肽的抗原性仍是间接的方法。合成多肽验证的第三步是用多肽替代FBL-3作体内免疫,观察免疫小鼠能否建立抗FBL-3的免疫反应。如果多肽确实是FBL-3的抗原,用它免疫小鼠应诱发免疫反应,产生抗FBL-3的效应。表1和表2显示,多肽体内免疫可诱导多肽特异的CTL产生,表明它的免疫原性是确实存在的。但用Gag3,Gag5体内免疫后均不能诱导产生有效的抗FBL-3肿瘤免疫反应,用FBL-3攻击免疫鼠与未免疫鼠的存活期并无明显差别。表明这二个多肽有别于FBL-3的肿瘤抗原。为什么FBL-3-CTL崐识别的多肽体内免疫不能诱导能够杀伤FBL-3的CTL产生呢?难道CTL识别的多肽与诱导这一CTL的多肽间有一定的差别吗?报道表明,一条多肽可以诱导一组不同识别格局CTL的产生,克隆CTL可以杀伤1-3个位点突变多肽致敏的靶细胞。认为CTL TCR仅识别1到2个关键氨基酸,并不是对多肽全序列的识别行为。因此我们认为,FBL-3CTL对靶细胞结合多肽的识别很可能属于这类情况。 T细胞表位或肿瘤抗原的预测是当前免疫学热门课题,但尚处于初步阶段。我们选用肿瘤原性较强的FBL-3细胞,预测出可能表达的7个多肽,实验证明多肽体内免疫可以诱导多肽特异CTL的产生,但有意义多肽免疫后不能建立抗FBL-3免疫反应,此与文献报道相一致,提出以CTL作为检测多肽抗原性的效应细胞具有一定的局限性。因此在深入研究中,将采用多个实验系统综合考查,同时扩大从Friend病毒基因序列预测多肽的范围,和从FBL-3细胞表面酸洗抗原混合液中寻找肿瘤抗原,此工作正在进行之中。4.基因芯片技术基因芯片技术是指将大量（通常每平方厘米点阵密度高于400）探针分子固定于支持物上后与标记的样品分子进行杂交，通过检测每个探针分子的杂交信号强度进而获取样品分子的数量和序列信息。早在八十年代，Bains W.等人就将短的DNA片断固定到支持物上，借助杂交方式进行序列测定。但基因芯片从实验室走向工业化却是直接得益于探针固相原位合成技术和照相平板印刷技术的有机结合以及激光共聚焦显微技术的引入。它使得合成、固定高密度的数以万计的探针分子切实可行，而且借助激光共聚焦显微扫描技术使得可以对杂交信号进行实时、灵敏、准确的检测和分析。正如电子管电路向晶体管电路和集成电路发展是所经历的那样，核酸杂交技术的集成化也已经和正在使分子生物学技术发生着一场革命。现在全世界已有十多家公司专门从事基因芯片的研究和开发工作，且已有较为成型的产品和设备问世。主要代表为美国Affymetrix公司。该公司聚集有多位计算机、数学和分子生物学专家，其每年的研究经费在一千万美元以上，且已历时六七年之久，拥有多项专例。产品即将或已有部分投放市场，产生的社会效益和经济效益令人瞻目。 基因芯片技术由于同时将大量探针固定于支持物上，所以可以一次性对样品大量序列进行检测和分析，从而解决了传统核酸印迹杂交（Southern Blotting和Northern Blotting等）技术操作繁杂、自动化程度低、操作序列数量少、检测效率低等不足。而且，通过设计不同的探针阵列、使用特定的分析方法可使该技术具有多种不同的应用价值，如基因表达谱测定、实变检测、多态性分析、基因组文库作图及杂交测序等。材料和方法材料1生物信息学软件北京博奥生物有限公司的MAS系统/mas用于对基因芯片所得结果进行分析，找出相关基因和信号途径。美国国立生物技术信息中心/gene 用于查找基因的功能。美国国立生物技术信息中心/pubmed用于查找信号途径的功能。谷歌搜索 /用于查找信号途径的功能。CNKI翻译助手/用于支持对外文文献中的专业词汇的翻译。方法1Morpholino根据所要研究的斑马鱼基因序列设计特定的Morphoinos Antisense片段，将特定的Morphoinos片段溶于双蒸水中配成3mM的储液，置于-20保存。以KCL溶液（0.2M）稀释Morphoinos储液0.1mM-0.5mM浓度梯度，选择1-16细胞周期的斑马鱼胚胎向植物极进行显微注射。注射完毕，将胚胎置于28培养液中培养。2基因芯片目前已有多种方法可以将寡核苷酸或短肽固定到固相支持物上。这些方法总体上有两种，即原位合成（in situ synthesis）与合成点样两种。支持物有多种如玻璃片、硅片、聚丙烯膜、硝酸纤维素膜、尼龙膜等，但需经特殊处理。作原位合成的支持物在聚合反应前要先使其表面衍生出羟基或氨基（视所要固定的分子为核酸或寡肽而定）并与保护基建立共价连接；作点样用的支持物为使其表面带上正电荷以吸附带负电荷的探针分子，通常需包被以氨基硅烷或多聚赖氨酸等。原位合成法主要为光引导聚合技术（Light-directed synthesis），它不仅可用于寡聚核苷酸的合成，也可用于合成寡肽分子。光引导聚合技术是照相平板印刷技术（photolithography）与传统的核酸、多肽固相合成技术相结合的产物。半导体技术中曾使用照相平板技术法在半导体硅片上制作微型电子线路。固相合成技术是当前多肽、核酸人工合成中普遍使用的方法，技术成熟且已实现自动化。二者的结合为合成高密度核酸探针及短肽阵列提供了一条快捷的途径。 以合成寡核苷酸探针为例，该技术主要步骤为：首先使支持物羟基化，并用光敏保护基团将其保护起来。每次选取择适当的蔽光膜（mask）使需要聚合的部位透光，其它部们不透光。这样，光通过蔽光膜照射到支持物上，受光部位的羟基解保护。因为合成所用的单体分子一端按传统固相合成方法活化，另一端受光敏保护基的保护，所以发生偶联的部位反应后仍旧带有光敏保护基团。因此，每次通过控制蔽光膜的图案（透光与不透光）决定哪些区域应被活化，以及所用单体的种类和反应次序就可以实现在待定位点合成大量预定序列寡聚体的目的。后一方法在多聚物的设计方面与前者相似，合成工作用传统的DNA或多肽固相合成仪完成，只是合成后用特殊的自动化微量点样装置将其以比较高的密度涂布于硝酸纤维膜、尼龙膜或玻片上。支持物应事先进行特定处理。3信息分析方法3.1实验结果数据分析步骤如下：1）、数据准备，第一列为基因symbol、ID 或探针ID，后面可以附带数值，通常为fold change2）、用户登陆/mas，目前为免费注册使用。3）、登陆后，首先点击按扭，新建项目4）、填写项目相关信息，然后submit5）、进入分析列表，点击红色标记按扭，新建分析任务。6）、填写分析任务信息，提交分析数据。输入的分子类型可以是gene、mRNA、miRNA、protein等，每种类型支持多种ID，可以选择性的输出结果。7）、submit 后，点击任务列表中的执行按扭，出现提示，点击确定，即开始运行。8）、结果展示，左边为结果目录，点击各目录，在右边将显示详细结果，点击右上角的excel 符号，即可保存结果。3.2基因及信号途径功能分析进入NCBI的官方网站（美国国立生物技术信息中心）/。通过站内搜索，在Gene中可以搜索到基因的功能和该基因的相关信息。在PubMed能搜索到信号途径的过程和功能。也可以在谷歌的学术搜索中来搜索我们想要知道的基因及信号途径。实验结果根据以上实验步骤，将斑马鱼基因芯片试验所得数据，导入北京博奥生物有限公司的MAS系统进行数据分析，得到以下与斑马鱼发育相关的信号途径及基因方面的分析结果。见下表：PathwayNameGeneApoptosisAKT2ApoptosisTP53Toll-like receptor signaling pathwayAKT2Toll-like receptor signaling pathwayFOSToll-like receptor signaling pathwayMAP3K7Toll-like receptor signaling pathwayTBK1RibosomeRPSARibosomeRPL4RibosomeRPL18ARibosomeRPL21RibosomeRPL23ARibosomeRPL27RibosomeRPL36ALRibosomeRPL37RibosomeRPS15ARibosomeRPS19RibosomeRPS24RibosomeRPS25RibosomeRPS26RibosomeRPS29RibosomeRPL35T cell receptor signaling pathwayAKT2T cell receptor signaling pathwayCDC42T cell receptor signaling pathwayFOST cell receptor signaling pathwayNRAST cell receptor signaling pathwayMAP3K7Synthesis and degradation of ketone bodiesACAT1Fatty acid elongation in mitochondriaHADHAFatty acid elongation in mitochondriaHADHBChronic myeloid leukemiaACVR1BChronic myeloid leukemiaAKT2Chronic myeloid leukemiaCRKChronic myeloid leukemiaCTBP2Chronic myeloid leukemiaHDAC1Chronic myeloid leukemiaNRASChronic myeloid leukemiaTP53Fc epsilon RI signaling pathwayAKT2Fc epsilon RI signaling pathwayNRASFc epsilon RI signaling pathwayRAC2Fc epsilon RI signaling pathwayRAC3Small cell lung cancerAKT2Small cell lung cancerCDK2Small cell lung cancerLAMB1Small cell lung cancerMAXSmall cell lung cancerTP53Small cell lung cancerPIAS1Ubiquitin mediated proteolysisCDC27Ubiquitin mediated proteolysisSKP1Ubiquitin mediated proteolysisPIAS1Ubiquitin mediated proteolysisCDC23Ubiquitin mediated proteolysisKEAP1Ubiquitin mediated proteolysisUBE2E3Ubiquitin mediated proteolysisCDC26Regulation of autophagyINSProteasomePSMA5ProteasomePSMB2ProteasomePSMB3ProteasomePSMD2ProteasomePSMD3ProteasomePSMD7ProteasomePSME2ProteasomeSHFM1MelanogenesisCREB1MelanogenesisCTNNB1MelanogenesisGNAI2MelanogenesisNRASMelanogenesisFZD9Arginine and proline metabolismCKBArginine and proline metabolismCKMArginine and proline metabolismGATMArginine and proline metabolismP4HA2Reductive carboxylate cycle (CO2 fixation)IDH2Methane metabolismCATPathogenic Escherichia coli infection - EPECCDC42Pathogenic Escherichia coli infection - EPECCDH1Pathogenic Escherichia coli infection - EPECCTNNB1Methionine metabolismAHCYMethionine metabolismBHMTMethionine metabolismMARSMethionine metabolismMTAPType II diabetes mellitusINSType II diabetes mellitusPKM2Maturity onset diabetes of the youngINSMaturity onset diabetes of the youngNEUROD1Fructose and mannose metabolismALDOBFructose and mannose metabolismALDOCFructose and mannose metabolismPFKFB4Propanoate metabolismACADMPropanoate metabolismACAT1Propanoate metabolismHADHAPropanoate metabolismLDHBPropanoate metabolismMUTPropanoate metabolismSUCLA2Renal cell carcinomaAKT2Renal cell carcinomaCDC42Renal cell carcinomaCRKRenal cell carcinomaNRASParkinsons diseaseSLC25A4Parkinsons diseaseSLC25A5Parkinsons diseaseATP5A1Parkinsons diseaseCOX4I1Parkinsons diseaseCOX7A2Parkinsons diseaseCOX7CParkinsons diseaseND1Parkinsons diseaseND3Parkinsons diseaseNDUFA9Parkinsons diseaseNDUFV1Parkinsons diseaseNDUFS4Parkinsons diseaseNDUFS5Parkinsons diseaseNDUFS6Parkinsons diseaseNDUFS8Parkinsons diseaseSDHAParkinsons diseaseSDHCParkinsons diseaseVDAC2Parkinsons diseaseCOX7A2LParkinsons diseaseUQCRQErbB signaling pathwayAKT2ErbB signaling pathwayCRKErbB signaling pathwayERBB2ErbB signaling pathwayNRASCell adhesion molecules (CAMs)ALCAMCell adhesion molecules (CAMs)CDH1Cell adhesion molecules (CAMs)JAM3Regulation of actin cytoskeletonCDC42Regulation of actin cytoskeletonCRKRegulation of actin cytoskeletonCSKRegulation of actin cytoskeletonFGFR3Regulation of actin cytoskeletonFGFR2Regulation of actin cytoskeletonINSRegulation of actin cytoskeletonNRASRegulation of actin cytoskeletonPFN2Regulation of actin cytoskeletonRAC2Regulation of actin cytoskeletonRAC3Regulation of actin cytoskeletonARPC3Regulation of actin cytoskeletonARPC1BRegulation of actin cytoskeletonARPC2Regulation of actin cytoskeletonCYFIP2Regulation of actin cytoskeletonMYL7Porphyrin and chlorophyll metabolismALAS1Porphyrin and chlorophyll metabolismALAS2Porphyrin and chlorophyll metabolismHMOX1Porphyrin and chlorophyll metabolismURODOne carbon pool by folateATICOne carbon pool by folateGARTValine, leucine and isoleucine degradationACADMValine, leucine and isoleucine degradationACAT1Valine, leucine and isoleucine degradationBCAT2Valine, leucine and isoleucine degradationBCKDHAValine, leucine and isoleucine degradationHADHAValine, leucine and isoleucine degradationHADHBValine, leucine and isoleucine degradationMUTPrimary immunodeficiencyUNGLimonene and pinene degradationHADHACytokine-cytokine receptor interactionACVR1BCytokine-cytokine receptor interactionAMHCytokine-cytokine receptor interactionPPBPGnRH signaling pathwayCDC42GnRH signaling pathwayNRASNeuroactive ligand-receptor interactionS1PR1Neuroactive ligand-receptor interactionGABBR1DNA polymeraseMCM3DNA polymerasePOLD1DNA polymerasePRIM1Lysine biosynthesis