化学信息学ppt课件

化学信息学 胡春沈阳药科大学2016年10月13日 化学信息学 绪论化合物的表示法化学数据库介绍Internet化学化工信息资源分子结构信息与计算机推演化学数据分析处理方法化工过程计算与仿真 邵学广 蔡文生 南开大学 编著 化学信息学 第三版 科学出版社2013年出版本书2001年出版第1版 2005年出版第2版 原为 科学版研究生教学丛书 之一 邵学广课题组 南开大学化学信息学实验室 网站链接 选用教材 第1章联机文献检索1 1美国化学文摘1 1 1美国化学文摘和SciFinder简介1 2WebofScience1 4期刊全文数据库1 4 1ScienceDirect1 4 2ACSPublications1 4 3RSCPublishing1 4 4SpringerLink1 4 5WileyOnlineLibrary1 5国内学术期刊数据库1 5 1CNKI1 7专利文献查询第2章网络图书与网络期刊第3章数据库资源3 1晶体结构数据库3 2波谱数据库3 3网上化学手册3 3 1化学元素周期表3 3 2化合物基本性质数据库3 3 3物理化学常数 第4章化学信息资源查询4 1查询4 2导航4 3ChIN简介4 4商业信息4 5化学机构信息第5章化学信息的计算机表示与建模5 1化合物结构编码5 2分子图形学第6章计算机辅助结构解析与合成设计第7章分子模拟7 1量子力学7 2分子力学7 4波谱模拟7 4 11H NMR谱的量子化学模拟7 4 213C NMR谱的计算机模拟第8章进化计算与优化算法第9章小波分析第10章多元校正与因子分析 本书目录 部分 选用教材 缪强 南京大学 编著 化学信息学导论 高等教育出版社2001年出版 主要参考书目 陈明旦 谭凯编著 化学信息学 第二版 化学工业出版社2011年出版李梦龙 文志宁 熊庆编 化学信息学 化学工业出版社2011年出版 德 约翰 加斯泰格尔 托马斯 恩格编著 梁逸曾等译 国外优秀化学著作译丛 化学信息学教程 化学工业出版社2005年出版李梦龙 王智猛 姜林等编著 化学软件及其应用 化学工业出版社2004年出版李欣 齐晶瑶 韩喜江编著 基础化学信息学 哈尔滨工业大学出版社2003年出版余向春编著 化学文献及查阅方法 第三版 科学出版社2003年出版 李梦龙 王智猛 姜林等编著 化学软件及其应用 化学工业出版社2004年出版 李梦龙课题组 四川大学化学与生物信息学中心 网站链接 本书目录 部分 第一章化学软件概论第1节软件概述第2节化学软件的分类第3节基于互联网的化学软件第4节化学软件的网络资源第5节化学软件的发展趋势第二章ChemOffice的使用第三章ChemSketch及其他绘图软件第8节其他化学绘图软件第9节化学绘图软件比较第四章国产化学软件简介第1节化学金排第2节超级化学助手第3节化学品电子手册 第五章化学实验模拟第1节ChemLab2 3概述第六章虚拟仪器开发工具LabVIEW6 1第七章实验室信息管理系统第1节LIMS 实验室信息管理系统 简介第八章基于算法的化学计算软件第1节MATLAB软件第九章计算机辅助化学教学软件第十章化学信息与网络数据库的构建 其他参考书目 王荣民 杜正银主编 化学化工信息及网络资源的检索与利用 第三版 化学工业出版社2012年出版张发爱 赵斌编著 计算机在材料和化学中的应用 化学工业出版社2012年出版李谦 毛立群 房小敏主编 计算机在化学化工中的应用 化学工业出版社2010年出版曾炜 孙延辉 李红霞编著 ChemOffice2008实用教程 化学工业出版社2009年出版张昌松 郭晨洁等编著 Origin7 5入门与提高 化学工业出版社2009年出版冉鸣主编 化学教育工具软件 化学工业出版社2006年出版王正烈 王元欣编著 Beilstein有机化学手册使用指南 化学工业出版社2006年出版彭智 陈悦编 化学化工常用软件实例教程 化学工业出版社2006年出版 李谦 毛立群 房小敏主编 计算机在化学化工中的应用 化学工业出版社2010年出版 该书主要内容 计算机文献检索文献管理软件EndnoteExcel在正交试验设计和化工最优化中的应用化学编辑软件ChemSketch数据处理软件Origin绘制示意图软件Visio化学化工计算软件Matlab化工过程模拟软件 冉鸣主编 化学教育工具软件 化学工业出版社2006年出版 该书主要内容 化学编辑软件ChemSketch ChemWindows晶体结构处理软件Diamond三维空间结构表示软件MSViewer虚拟化学实验室CORELChemlab 彭智 陈悦编 化学化工常用软件实例教程 化学工业出版社2006年出版 该书主要内容 Word和PPT在化学中的应用化学编辑软件ChemOffice数据处理软件Origin绘制示意图软件Visio 第1章绪论 什么是化学信息学 化学信息学 ChemoInformatics Chemicalinformatics 或称信息化学 是化学科学的一门新的 交叉领域的分支 它是随着计算机化学和化学信息网络化的不断发展而逐渐形成的 化学信息学 一词首次提出于1987年诺贝尔化学奖获得者J M Lehn教授的获奖报告中 关于化学信息学的定义及研究领域 目前国内外的学者有很大的争论 并没有太多的共识 化学信息学 一词高频出现在2001年9月在南京召开了第2届全国化学信息学会议 什么是化学信息 到了20世纪 人们认为化学是研究分子的科学 在这100年中 美国化学文摘 CA 上登录的天然和人工合成的分子和化合物的数目已从1900年的55万种 增加到目前的6513万多种 2013 12 没有别的科学能像化学那样制造出如此众多的新分子 新物质 特别是20世纪后期合成化学的大发展 人们已经收集了大量功能分子的信息 包括它们的合成 结构 性质等等 现在还在以越来越快的速度合成出新化合物 许多工作仅为创造新分子或新结构 无意于它们的实际用途 也有些虽然考察过某种性质 但是可能当时漏掉另一重要性质 况且 当我们总结结构与功能的关系时 需要功能表现有差别的一系列有关化合物的资料 哪怕是没有实际用处的化合物 因此 我们越来越需要结构 性质 功能的资料 化学信息学的发展概况 CASistheleadingprovideroforganic inorganic andbiosequencesubstanceinformation CASalsoprovidesspecializeddatabasesofchemicalreactions regulatedchemicals commerciallyavailablechemicalsandMarkushsubstanceinformation CASRegistryNumberhttp www cas org content counter 化学信息学的发展概况 CASistheleadingprovideroforganic inorganic andbiosequencesubstanceinformation CASalsoprovidesspecializeddatabasesofchemicalreactions regulatedchemicals commerciallyavailablechemicalsandMarkushsubstanceinformation 2011年3月 2013年12月7日 2014年11月14日 2016年10月13日 什么是化学信息 此外 经过长期积累 堆起了一座各种各样物质的信息的大山 它是埋藏着大量宝藏的知识资源 而且这座大山还在以极快的速度增加 可是当我们需要寻找具有某种功能的化合物时 又去合成各种各样的化合物提供筛选 因此 我们应该意识到从这座信息大山中可以发现有用的物质 信息技术包括计算机的智能化给我们带来从信息大山中快速挖掘功能化合物和基本数据的可能 这些基本数据是解决问题的基础 什么是化学信息 化学信息主要来源有 1 传统的文本记录中的化学信息 2 因特网中的化学信息 它是指化学信息的网络化 主要有联机文献检索 数据库资源 化学机构信息等 3 计算机模拟获得的化学信息 它是指借助计算机和一些软件对化学物质的性质 化学反应 化学过程等进行模拟 以实现某些用实验手段难以完成或无法完成的任务 如化学波谱模拟 化学反应的动力学模拟 分子模拟 4 用化学计量学方法获得的信息 它是指利用计算机和应用数学以及统计学方法在化学 尤其是在分析化学中的应用来确定最合适的分析方法 选择最优的测量过程以及如何对实验的原始数据进行处理以从中提炼新的 更多的有价值的化学信息 化学信息学 目前化学领域的知识并非都来自于传统实验室的经验测量 其中部分是根据已有知识和定理通过计算机推演 大规模计算预测与模拟得到的 为此 美国化学会在期刊JournalofChemicalInformationandComputerSciences上增加了副标题 IncludesChemicalComputationandMolecularModeling 化学信息学正在设法提供一个以化学结构为框架的通用化学语言 来组织化学领域的全部知识 化学信息学 化学信息学是近几年发展起来的一个新的化学学科 它利用计算机技术和计算机网络技术 对化学信息进行表示 管理 分析 模拟和传播 以实现化学信息的提取 转化与共享 揭示化学信息的实质与内在联系 促进化学的知识创新和发展 化学信息学 化学信息学研究的内容主要包括 1 利用计算机技术和计算机网络技术对化学信息进行表示和计算机管理 2 利用计算机技术对复杂的化学信息进行解析 以快捷 方便的方式最大限度的提取和利用有用信息 3 利用计算机对化学信息和化学体系进行模拟 4 利用计算机和计算机网络技术收集 传播和共享化学信息 化学信息学课程情况 美国化学会化学信息分会和图书馆协会在Indiana大学成立了化学信息教学资料交换中心 TheClearinghouseforChemicalInformationInstructionalMaterials CCIIM 负责收集 发布和分发化学信息资源 美国化学会还设立了化学信息教育委员会 AmericanChemicalSocietyDivisionofChemicalInformationEducationCommittee 美国 欧洲 澳大利亚的很多大学开设了化学信息学类的课程 美国Indiana大学已经有超过40人获得了化学信息学硕士学位 化学信息学课程情况 我国教育部理科化学教学指导委员会也把 化学信息学 列入了1998年10月制定的化学专业和应用化学专业化学教学基本内容中 在2011年由教育部高等学校化学类专业教学指导分委员会编制的 高等学校化学类专业指导性