蛋白同源建模及分子对接ppt课件

蛋白同源建模及分子对接 以CueO蛋白为例 基本策略 建立模型 Swiss model Modeller模型检测 Save模型优化 Chiron再次检测 Save分子对接 Autodock 序列与模板相似度 30 模板可用 GMQE GlobalModelQualityEstimation 是一种基于目标模板对准结合性质的质量估计 数值在0 1之间 越接近于1表示模型越接近实验结果 Swiss model同源建模 QMEAN QualitativeModelEnergyAnalysis QMEAN对模型的质量估计是基于蛋白模型的局部和全局计分 包括四个结构描述符 Allatom 成对原子距离依赖性电位C C 相互作用势能Solvation 残基包埋情况Torsion 扭转角分布 蛋白模型局部 每个氨基酸 Z score Z score在pdb数据库中所有蛋白中的分布 Modeller软件 Modeller是一种用Python语言编写的 可用于本地建立分子模型的软件 然而 很多人并不熟悉Python语言 因此有人编写了一个Moldoller的GUI界面的软件 Easymodeller Easymodeller科用于简单的单模板建模 目前Modeller最新版本为9 16Easymodeller最新版本为4 0 与在线建模软件相比 Modeller还可进行模型的修饰 多模版建模等操作 Easymodeller建模 确定模板 NCBIblast blastp选择pdb数据库 identity 30 模板可用 也可用Swiss model来寻找合适模板 Easymodeller界面 粘贴序列 添加模板 3 10个 建立模型 以4e9q A为模板 建立了CueO的蛋白模型 左图为不含有铜辅基的模型 右图为含有4个铜辅基的模型 铜离子 蛋白模型的检测与评价 以Swiss model构建的CueO模型为例 Swiss model构建的CueO的蛋白模型 SAVE网站评估蛋白模型 Procheck 红色 核心区域黄色 允许区浅黄色 大致允许区空白 禁阻区 ERRAT verify3d Prove 结果总结 一 根据SAVES的检测结果 需要局部优化的部位如下 Procheck 位于gener区域的残基 ERRAT 错误建模区域 置信度高于99 残基集中于140 160 300 320 400 420之间 Verify3d 得分 0 2的残基 残基集中于300 384之间 二 猜测建模发生的错误可能原因预测的酶活性部位位于309 384之间 恰好也是出错集中的区域 可能是因为预测模型中Cu离子的缺失 导致对活性周围的残基电子云分布 肽键角度 二级结构等造成了影响 蛋白模型的优化 Chiron网站界面 Chiron优化前后分子能量对比 Save检测优化后的模型 Autodock4 0分子对接 受体 以Swiss model构建的CueO模型为例 未经优化 配体 文献中所给出的CueO的底物之一 二乙醇胺 Diethanolamine 准备受体和配体 CueO Diethanolamine Gridbox参数设置 分子对接结果展示 待解决的问题 1 蛋白模型的评估还需完善 2 蛋白模型的优化 因为在线网站Chiron的优化效果并不好 所以在查阅文