杨荣武生物化学第六章 核酸的结构与功能ppt课件

.,第六章核酸的结构与功能,.,提要,一、核酸的分类二、核酸的一级结构三、核酸的高级结构DNA的高级结构RNA的高级结构四、核酸与蛋白质的相互作用DNA与蛋白质形成的复合体RNA与蛋白质形成的复合体五、核酸的功能,.,DNA一种类型，一种功能RNA多种类型，多种功能编码RNA和非编码(NcRNA),核酸的分类,DNA和RNA的结构异同,.,C自发脱氨基变成U修复酶能够识别这些突变，以用C取代这些U。如何区分正常的U和突变而来的U?使用T就很容易解决以上问题。,C,U,为什么DNA的第四个碱基通常是T?,.,RNA临近的-OH使其更容易DNA缺乏2-OH更加稳定遗传物质必须更加稳定RNA需要的时候合成，不需要的时候需要迅速降解。,为什么DNA2-脱氧，RNA不是?,.,RNA处于单链状态，使其能够自我折叠成可以和蛋白质相媲美的各种类型的二级结构和三级结构，这是形成RNA结构多样性的基础，否则所有的RNA与DNA一样，只能形成千篇一律的双螺旋。RNA在三维结构的多样性使其在细胞内能行使多项生物学功能。DNA通常是双链的，使其能够充分地行使作为遗传物质这项唯一的功能,为什么RNA通常单链，DNA通常双链？,.,不同类型的RNA的功能和分布,.,不同类型的RNA的功能和分布,.,定义：核苷酸或碱基的排列顺序写法：从左到右，5端到3端意义：DNA一级结构贮存各种遗传信息,核酸的一级结构,.,构成DNA和RNA核苷酸的结构和连接方式,.,DNA的二级结构主要是各种形式的螺旋，特别是B-型双螺旋，此外还有A-型双螺旋、Z-型双螺旋、三链螺旋和四链螺旋等,DNA的二级结构,.,HappyBirthday,DoubleHelix,.,MolecularStructureofNucleicAcids:AStructureforDeoxyriboseNucleicAcid(Nature,April25,1953.volume171:737-738.),Thenovelfeatureofthestructureisthemannerinwhichthetwochainsareheldtogetherbythepurineandpyrimidinebases.The(bases)arejoinedtogetherinpairs,asinglebasefromonechainbeinghydrogen-bondedtoasinglebasefromtheotherchain,sothatthetwoliesidebyside.Oneofthepairmustbeapurineandtheotherapyrimidineforbondingtooccur.Onlyspecificpairsofbasescanbondtogether.Thesepairsare:adenine(purine)withthymine(pyrimidine),andguanine(purine)withcytosine(pyrimidine).inotherwords,ifanadenineformsonememberofapair,oneitherchain,thenontheseassumptionstheothermembermustbethymine;similarlyforguanineandcytosine.Thesequenceofbasesonasinglechaindoesnotappeartoberestrictedinanyway.However,ifonlyspecificpairsofbasescanbeformed,itfollowsthatifthesequenceofbasesononechainisgiven,thenthesequenceontheotherchainisautomaticallydetermined.Ithasnotescapedournoticethatthespecificpairingwehavepostulatedimmediatelysuggestsapossiblecopyingmechanismforthegeneticmaterial.Thestructureitselfsuggestedthateachstrandcouldseparateandactasatemplateforanewstrand,thereforedoublingtheamountofDNA,yetkeepingthegeneticinformation,intheformoftheoriginalsequence,intact.,.,已步入古稀之年的Watson（左）和Crick（右）在讨论DNA双螺旋结构模型,.,DNA二级结构的主要形式为Watson和Crick于1953年提出的B型双螺旋，其主要内容是：DNA由两条呈反平行的多聚核苷酸链组成，两条链相互缠绕形成右手双螺旋；组成右手双螺旋的两条链是互补的，它们通过特殊的碱基对结合在一起，一条链上的A总是与另一条链的T，G总是和C配对。其中AT碱基对有二个氢键，GC碱基对有3个氢键；碱基对位于双螺旋的内部，并垂直于暴露在外的脱氧核糖磷酸骨架。碱基对之间通过疏水键和范德华力相互垛叠在一起，对双螺旋的稳定起一定的作用；双螺旋的表面含有明显的大沟和小沟（其宽度分别为2.2nm和1.2nm；双螺旋的其他常数包括相邻碱基对距离为0.34nm，并相差约36。螺旋的直经为2nm，每一转完整的螺旋含有10个碱基对，其高度为3.4nm。,B型双螺旋,.,AT和GC碱基对的配对性质,.,B-型DNA双螺旋结构的主要特征,.,大沟和小沟的秘密,.,X射线衍射数据Chargaff规则碱基的互变异构,DNA双螺旋结构的证据,.,不同物种DNA的A/T、G/C和A/G的比率,.,氢键氢键固然重要，但它们主要决定碱基配对的特异性，而对双螺旋稳定的贡献不是最重要的。对双螺旋稳定起决定性作用的是碱基的堆集力。碱基堆集力这是碱基对之间在垂直方向上的相互作用所产生的力。它包括疏水作用和范德华力。碱基间相互作用的强度与相邻碱基之间环重叠的面积成正比。总的趋势是嘌呤与嘌呤之间嘌呤与嘧啶之间嘧啶与嘧啶之间。另外碱基的甲基化能提高碱基的堆积力。阳离子或带正电荷的化合物对磷酸基团的中和,双螺旋稳定的因素,.,DNA的ABZ双螺旋和三螺旋,.,A型双螺旋、B型双螺旋和Z型双螺旋的比较,.,由AlexRich发现存在于DNA富含G:C的区域G为顺式构象C保持反式，但整个胞苷酸（碱基和脱氧核糖）翻转180度结果是G:C氢键在Z-DNA中得以保持!,Z-DNA,.,细胞内的DNA在特殊的条件下还可能形成其他几种非标准的二级结构。这些特殊的条件包括：DNA受到某些蛋白质的作用（如组蛋白）；DNA本身所具有的特殊基序，例如反向重复序列，回文结构，镜像重复，直接重复，高嘌呤序列，高嘧啶序列，富含A序列和富含G序列。（1）弯曲（2）十字形（3）三链螺旋与H-DNA（4）碱基翻转（5）四链螺旋与G-四联体（6）滑动错配DNA（SMP-DNA）,DNA的非标准二级结构,.,DNA弯曲,.,十字形DNA的形成,.,三螺旋DNA（H-DNA）,.,Hoogsteen碱基对与Watson-Crick碱基对,.,DNA双螺旋上某一个位置的C发生的翻转,.,DNA四连结构,.,滑动错配DNA,.,如果通过某种手段使得DNA双螺旋每一圈的碱基对数目多于或少于10对，将导致DNA双螺旋缠绕过多或缠绕不足；如果这时的DNA两端被固定或者DNA本来是共价闭环的，则DNA会因张力无法释放而自发地形成超螺旋结构。DNA超螺旋分为正超螺旋和负超螺旋，其中正超螺旋为左手超螺旋，由DNA双螺旋过度缠绕引起，负超螺旋为右手超螺旋，由DNA双螺旋缠绕不足引起。,DNA的三级结构超螺旋,.,正超螺旋与负超螺旋,.,DNA复制过程中正超螺旋DNA的形成,.,从DNA双螺旋到染色体,.,电镜下的核小体结构,.,核小体结构模型,.,RNA的二级结构主要取决于它的碱基组成，其二级结构的多样性可以和蛋白质相媲美。少数病毒RNA由两条互补的多聚核糖核苷酸链组成，它的二级结构为A型双螺旋。多数RNA仅由一条链组成，它们的二级结构主要是由链内碱基的互补性决定的：链内互补的碱基可以相互作用形成链内A型双螺旋，非互补的碱基则游离在双螺旋之外，形成各种二级结构。在RNA双螺旋内常常可以发现GU碱基对。,RNA的二级结构,RNA分子中的GU碱基对,.,RNA的多种二级结构,.,GNRA四环结构,.,RNA的三级结构是在二级结构的基础上进一步折叠、包装而成的，其复杂性不亚于蛋白质。其中的双螺旋区域主要充当刚性的框架结构来组织其他结构或功能部件。构成突起、内部环、发夹环和末端环的单链区域对于RNA最终三级结构的形成至关重要，其作用相当于氨基酸残基的侧链基团对于蛋白质三级结构形成的贡献。正是因为这些单链区之间以及单链区与双链区之间核苷酸的相互作用，才使得一种RNA最终能够折叠成特有的三级结构。RNA折叠，特别是较大的RNA，就像大多数蛋白质折叠一样，也需要分子伴侣的帮助，以便让大多数RNA能快速折叠成正确的构象。为了与参与蛋白质折叠的分子伴侣区分开来，通常将帮助RNA折叠的分子伴侣称为RNA伴侣。RNA伴侣与正在折叠的RNA分子结合以后，一旦有错误的折叠，就会破坏错误折叠的RNA分子内部的次级键，形成RNA蛋白体复合物，在这种复合物里，RNA能迅速重新折叠成最终正确的构象。,RNA的三级结构,.,枯草杆菌TPP核开关的三级结构的形成,.,构成RNA的三级结构的主要元件有假节结构、“吻式”发夹结构和发夹环突触结构等三种形式。tRNA则可形成倒L型三级结构,RNA的三级结构,.,氨基酸的运载工具tRNA只由一条链组成，含有7394个核苷酸，其中有不少是修饰的，3端的最后三个核苷酸总是CCA，链内的大多数碱基通过氢键相连，但几乎所有的tRNA分子上不变的核苷酸都在三叶草结构上非氢键区域。构成tRNA二级结构的要素有：环、茎和臂。一个典型tRNA的二级结构像三叶草，含有四个环和四个茎。环由链内没有配对的碱基突出而成，茎则是链内互补的碱基之间配对形成的局部A-型双螺旋，臂则是紧靠着茎又不属于环的非配对核苷酸。tRNA三级结构形成的原因是D环上的碱基与不变碱基以及TC环上的碱基之间的发生的氢键作用。这些氢键将D臂和TC臂折叠到一起，并将三叶草二级结构弯曲成稳定的倒L型三级结构。参与三级结构形成的许多氢键并不是通常的AU和GC碱基对。,tRNA,.,tRNA三级结构之中的氢键配对,.,tRNA三级结构之中的氢键配对,.,核糖体合成蛋白质所有的核糖体都含有大小两个亚基rRNA约占据核糖体的2/3高度的链内互补序列导致大量的碱基配对rRNA充当核糖体蛋白的支架大肠杆菌的23SrRNA是转肽酶!一级结构上相似性并不高，