化学信息学48228ppt课件

.,化学信息学,主讲教师:曹郁教授2009.,.,1.1意义,需要信息学技能解决化学问题（本科技能）信息的几何级数式增长科学研究的必需:今后科学研究的基础科研的第一步文献调研（例子）科学方法的掌握培养科学素养在其他领域的应用,前言,.,1.2产生的背景,化学学科的重要性化学信息量的快速增长计算机与网络技术的发展,.,现状截止1999年12月31日，美国化学文摘登记的分子、化合物和物相数目已超过23,000,000种，但有百年历史MerckIndex，12thEd.(1996)，收录的分子和化合物只有10,330种，占0.05%，从最大的试剂商店和药房能买到的药品和试剂不超过10,000种。所以目前在起作用（为人类服务和为非作歹）的分子和化合物不到0.05%，而其中有突出贡献的更不到0.001%。99.9%以上的分子深藏在文献库中。,.,Adisciplineburiedbysuccess,Nature,24May2001Vol411no6836,p.399化学形象被与交叉学科的成功所埋没药物学蛋白质组学纳米技术材料科学.,.,1.3化学信息学的定义,化学信息学是信息科学与化学的交叉学科利用数学、统计学与计算机科学的理论、方法和网络技术作为手段，研究化学信息的获取、表示、管理、传播、分析、加工和应用，在此基础上进行知识创新，促进化学学科的发展。,.,1.4化学信息学的内容,化学信息的产生和获取利用检索工具通过实验方法.化学信息的表达、存储和管理化学运筹学数据整理可视化数据库管理技术.,.,化学信息的加工和处理化学计量学化学软件目的是获取更多的信息.化学信息的深化化学模式识别计算机模拟设计.,.,1.5教学内容,化学信息的获取(重点)图书,工具书,期刊,CA检索,专利检索,网络检索等手段网络和多媒体技术及在化学上的应用化学信息的简单总结，表示,.,1教学a课堂学习(讲授与上网演示结合)b结合教材内容实践(手工查与网络搜寻相结合)c结合题目自学查阅d给出课题写小论文(综述性)2参考教材1陈明旦,化学信息学,化学工业出版社,20052余向春,化学文献及查阅方法（第三版）科学出版社,20033.学习成绩记载:平时上课及作业10%,实践查阅10%,小品文综合查阅20%,考试60%,1.6本课程的教学与考核,.,第一章科技文献基础知识,第一节科技文献的基本常识一、文献的功能与属性二、科技文献的级别三、文献的分类四、主要文献类型的著录格式第二节科技文献的检索方法一、科技文献的检索途径二、科技文献检索的方法三、查阅科技文献的基本原则,.,1.1文献的功能与属性,文献是记录知识内容的信息集合体，是人类进步和发展的经验总结，是科技情报的源泉。文献有三大属性：知识性，记录性，物质性。文献是信息、知识和情报的唯一载体。文献按记录类型可分为印刷型、缩微型、机读型、光盘型、声像型。,.,1.2科技文献信息的结构等级,零次文献：是指未经过任何加工的原始文献，如实验记录、手稿、原始录音、原始录像、谈话记录等。零次文献在原始文献的保存、原始数据的核对、原始构思的核定（权利人）等方面有着重要的作用，其特点是信息来源直接真实,内容新颖。一次文献：是指作者以本人的研究成果为基本素材而创作或撰写的文献，如阅读性图书、期刊论文、科技报告、专利文献、会议文献、学位论文、技术档案等都是一次文献。,.,1.2科技文献信息的结构等级,二次文献：是指文献工作者对分散的无组织的一次文献进行搜集、提炼、浓缩、加工、整理,并按一定的科学方法组织编排、编辑出版的文献，是为了更有效地管理和利用一次文献而编辑的工具性文献。如各种目录、题录、文摘及机读型书目数据库、网上检索引擎等都属于二次文献。三次文献：是指对有关的一次文献和二次文献进行广泛深入的分析、研究、对比、综合、评述、概括而撰写的文献，如综述、述评、年度进展报告、百科全书、手册、年鉴、辞典等。其特点是文字精炼、叙述简明扼要，具有系统性、综合性、知识性和工具性等特点。,.,1.3十大情报源(文献的分类),是指人们在进行科研及技术工作时使用频率比较高的十种情报来源的总称。1.科技图书：是对某专门知识或某学科进行系统的论述或概括的一种情报来源。其主要特征是内容比较成熟，但相对比较陈旧。合法出版的图书均有版权页。2.科技期刊：又称连续性出版物（serials),是一种定期或不定期连续出版的文献载体，它一般有同样的名称，按一定时间编定卷号，每一卷又分若干期。,.,1.3十大情报源(文献的分类),科技期刊类型有：i.学术性、技术性刊物，是科技期刊的核心部分。刊名一般为：Acta（学报）、Journals（杂志）、annals（纪事）、Bulletin（通报）、Transactions（汇刊）、Proceedings（会刊）、Review（评论）、Progress;Advancesin.（进展）等。ii.快报型：Communication（通讯）、letters（通讯）、bulletin等。iii.消息性：news（新闻）、newsletters等。iv.资料性（datajournals)：data、event等。期刊是人们获取信息的最重要来源，在科学家和专家们所利用的全科技信息中，由期刊提供的占70%左右。,.,1.3十大情报源(文献的分类),3.科技报告：报道（记录）研究和开发调查工作的成果或进展情况的一种文献类型，一般都编有号码，供识别报告本身及其发行机构，报告是一种典型的机关团体出版物。科技报告的流通范围有绝密、秘密、保密、非密限制发行、非密、解密等由于科技报告是非正式出版的，获取比较困难。我国每年发表科技报告5万余篇，中国科技信息研究所是我国科技报告的收藏单位。,.,1.3十大情报源(文献的分类),4.会议文献：是指学术会议文献，它往往反映出科学技术的发展趋势，其特点是与最新成果的间隔时间短，但其内容与期刊相比可能不太成熟。会议类型大致可分为国际会议、全国性会议及地区会议等。会议和会议文献常用的主要名称有conference（大会）、meeting（小型会议）、symposium（讨论会）、proceeding（会议录）、paper（单篇论文）、transaction（汇报）等。,.,1.3十大情报源(文献的分类),5.专利文献：在实行专利制度的国家，凡是本国或外国的个人和企业有了创造发明，都可以根据专利法的规定，向本国或外国专利局提出申请，经审查合格，批准授予在一定年限内享有创造发明成果的权利，并在法律上受到保护，这样一种受到法律保护的技术专有权利叫做专利。广义的专利文献是指所有与专利制度有关的文件,包括专利申请书、专利说明书、专利分类、专利公报、专利文摘、专利证书等;狭义的专利文献仅指专利说明书。根据专利的技术水平和应用情况，专利类型有invention（发明）、utilitypatent(实用新型）和designpatent（外观设计）等。,.,1.3十大情报源(文献的分类),6.标准文献：经过公认权威当局批准的标准化工作成果，可以采用文件形式或规定基本单位（物理常数）这两种形式固定下来、以文件形式出现的标准化工作成果，就是标准文献。标准按使用范围可分为国际标准、区域标准、国家标准、地方标准、行业标准和专业标准等标准一般过若干时间就要进行修订,新的标准不断地替代旧的标准。因此,查阅时应以最新标准为准。,.,1.3十大情报源(文献的分类),7.学位论文：是高校研究生、毕业生为获得学位进行科学研究而写出的学术性论文。按学位不同可分为学士论文、硕士论文和博士论文。硕士和博士论文具有一定的学术性、独创性、系统性和完整性,具有重要的参考价值。学位论文一般不公开发行,多数收藏在授予学位的大学图书馆、档案馆或研究机构的文献信息中心。,.,1.3十大情报源(文献的分类),8.产品资料：一般是指产品样本说明书，是厂商或贸易机构为宣传和推销其产品而印发的免费赠给消费者的资料。如产品目录、产品样本、产品说明书、产品总览、产品手册等。如今，许多厂商已经开始利用互联网发布产品信息，网上可以找到不少产品资料。9.技术档案：技术档案是在生产或科研活动中形成的，有具体工程和研究对象的技术文件的总称,包括任务书、协议书、技术经济指标、研究计划、方案、试验设计实验记录调查材料、总结报告等所有应入档的资料。技术档案有一定的保密性,一般在内部控制使用。,.,1.3十大情报源(文献的分类),10.报纸：报纸以及广播、电视等大众传媒传递信息快,信息量大,现实感强,传播面广,具有群众性和通俗性,是重要的社会舆论工具和信息源。一些专门刊登科技类文献的报纸对了解当前的学科前沿和水平以及科学新闻很有益处。十大情报源中，最重要的是期刊、会议论文和专利。,.,1.4主要文献类型的著录格式,专著:作者.书名.出版地:出版者,出版年如:BorkoH,BernierCL.Indexingconceptsandmethods.NewYork：AcademicPress,1978期刊:作者(多作者用逗号分开,超过3个者用etal).文章题目.刊物名称,年代,卷数(期数):页数如:PorterMF,ZhangJ.Analgorithmforsuffixstripping.Program,1980,14(3):130137学位论文:作者.题名学位论文.保存地点:保存单位,年份如:CairnsRB.Infraredspectroscopicstudiesonsolidoxygendissertation.Berkeley：Univ.ofCalifornia,1986,.,1.4主要文献类型的著录格式(续),报纸文章:作者.题名.报纸名,出版日期(版次)如:AmyHarmon.UNsummitonInternetcopyright.TheSeattleTimes,Dec.2,1996论文集:作者.题名.见(In):编者.论文集名.出版地:出版者,出版年,起止页码如:HunninghaksGW,GadekJB,SzapielSVetal.Thehumanalveolarmacrophage.In:HarrisCCed.CulturedHumanCellsandIssuesinBiomedicalResearch,NewYork:AcademicPress,1980,5456,.,1.4文献类型的著录格式,（1）KahnR.Aframeworkfordistributeddigitalobjectservices(Tech.Rep.).CNRI.1995(科技报告或技术报告)（2）NealJ.TheDigitalImperative：BuildingtheElectronicLibraryoftheFuture.98GeneralConferenceofInternationalFederationofLibraryAssociationsandInstitutes,Amsterdam,TheNetherlands,1998(会议录或会议文献)（3）DoughertyRC.Chemicalandbiologicalagentresistanthoseforgastransmissionandpersonnelprotection.USA.US6,029,712(CI.138-141;F16L9/14),29Feb2000.（专利）,.,1.4主要文献类型的著录格式,（4）ISO.Informationprocessing-TextandOfficeSystem-StandardGeneralizedMarkupLanguage(SGML).1986,No.ISO8879(标准或技术标准)（5）USCongressOfficeofTechnologyAssessment.Intellectualpropertyrightsinanageofelectronicsandinformation.WashingtonD.C.:USGovernmentPrintingOffice,1996(政府出版物),.,2.科技文献检索基础知识,科技文献检索的意义假如一个化学家懂30国语言，每小时读4种杂志，一周阅读40小时，从年初开始，要读完全年化学文献，需要10年以上的时间美国前化学文摘总编辑Bernler,.,2.1科技文献检索的途径,主题途径作者途径引文途径其他途径如号码途径、分类途径、关键词途径等,.,2.2科技文献检索的方法追溯法工具法交替法跟踪法手工检索光盘检索网络检索其他途径,.,文献检索的基本步骤,（1）确定检索方向。这是使检索获得满意结果的先决条件，为此必须弄清所需信息的诸特征，如学科归属、主题概念、时间界限、文献类型、国别和语种等。（2）确定检索方法。一般有三种方法：a.正文法从主题、分类、作者等途径查找。b.引文法：又叫追溯法，即着眼于文献所附的参考或引用文献目录。（SCI）c.交替法：正文法和引文法交替使用。,.,文献检索的基本步骤,（3）确定检索工具。根据学科专业、语种等，选择一种或多种检索工具或检索引擎。（4）确定检索途径。主题、分类或作者（5）实施检索。注意检出一批结果后，应浏览