如何使用mega.doc_第1页
如何使用mega.doc_第2页
如何使用mega.doc_第3页
如何使用mega.doc_第4页
如何使用mega.doc_第5页
已阅读5页，还剩5页未读， 继续免费阅读

下载本文档

版权说明：本文档由用户提供并上传，收益归属内容提供方，若内容存在侵权，请进行举报或认领

文档简介

用MEGA4做进化树的步骤1、由BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 搜索 ，获得所需要的序列，并保存为txt格式。2.对所搜到的序列名称进行修改：注意种名保留例如：H2-8。利用CLUSTAL X 软件进行多序列比对，同时进行修饰序列，去掉突出的前段序列和后部序列，使序列变整齐。如下图所示对序列名称进行修改修饰后如下：3、修饰好保存，会有两个格式的文件.aln、.dnd保存，打开MEGA4。4、MEGA4只能打开meg格式的文件，但是它可以把其他格式的多序列比对文件转换过来，我们在这里用aln格式（Clustal的输出文件）转换meg文件。点File:Convert to MEGA Format.打开转换文件对话框，如下图所示：5、选择文件和转换文件对话框，选择aln文件，点OK。如下图所示：保存到文件夹6、转换好的meg文件，点存盘保存meg文件，meg文件会和aln文件保存在同一个目录，如下图所示：7、关闭转换窗口，回到主窗口，现在点面板上的“Click me to activate a data file”打开刚才的meg文件 。如下图所示：8、程序会自动识别序列的类型，如果识别错误，请手工选择数据类型。然后点OK就行了。如下图所示：有错误的地方可手工删除：可删除9、数据输入之后的样子，窗口下面有序列文件名和类型10、现在可以开始做系统进化树了，MEGA的主要功能就是做Bootstrap验证的进化树分析，Bootstrap验证是对进化树进行统计验证的一种方法，可以作为进化树可靠性的一个度量。各种算法虽然不同，但是操作方法基本一致。如下图所示：所得系统树如下：也可以切换树的显示模式调整树显示选项，比如树枝的粗细，字体以及字体大小等最后通过得出的系统进化树进行分析，可看出物种之间的亲缘关系，每个节点代表其各分支的最近共同祖先，节点间的线段长度对应演化距离。距离越近，同源性越高，距离
人人文库> 全部分类> 教育资料 > 课设设计

温馨提示

  • 1. 本站所有资源如无特殊说明，都需要本地电脑安装OFFICE2007和PDF阅读器。图纸软件为CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.压缩文件请下载最新的WinRAR软件解压。
  • 2. 本站的文档不包含任何第三方提供的附件图纸等，如果需要附件，请联系上传者。文件的所有权益归上传用户所有。
  • 3. 本站RAR压缩包中若带图纸，网页内容里面会有图纸预览，若没有图纸预览就没有图纸。
  • 4. 未经权益所有人同意不得将文件中的内容挪作商业或盈利用途。
  • 5. 人人文库网仅提供信息存储空间，仅对用户上传内容的表现方式做保护处理，对用户上传分享的文档内容本身不做任何修改或编辑，并不能对任何下载内容负责。
  • 6. 下载文件中如有侵权或不适当内容，请与我们联系，我们立即纠正。
  • 7. 本站不保证下载资源的准确性、安全性和完整性, 同时也不承担用户因使用这些下载资源对自己和他人造成任何形式的伤害或损失。

最新文档

评论

0/150

提交评论