数据库的查询ppt课件

.,生物分子数据库的查询,.,数据库查询是指对序列、结构及各种二次数据库中的注释信息进行关键词匹配查找，有时也称为数据库检索。如对SWISS-PORT输入关键词insulin，即可查找该数据库所有胰岛素或与胰岛素油光的序列条目。,.,一、Entrez系统二、SRS系统三、其它查询方式四、GenBank的查询,.,Entrez是基于Web界面的综合生物信息数据库检索系统。利用Entrez系统可以方便地检索核酸数据、蛋白质序列数据、基因组图谱数据、三维结构数据、种群序列数据集及文献数据。,一、Entrez系统,/sites/gquery?itool=toolbar,.,.,.,选择数据库,查询关键词,.,获取批量序列(BatchEntrez),Entrez提供了批量获取GenBank序列的功能（BatchEntrez）,/sites/batchentrez?,.,选择文件,文件内容，GI号或者accessionnumbers的列表,开始获取序列,.,.,使用十分方便,Entrez的特点,.,.,把数据库和应用程序结合一起,.,.,对文献摘要的关键字查询时，考虑实际匹配和意义相近匹配,.,.,SRS（SequenceRetrievalSystem）是EMBL研制的一个基于WEB的查询系统。SRS包括EMBL、EMBL-NEW、Swiss-Prot、PIR等一级数据库，还包括许多二级数据库，Prosite、ReBase、EPD、ECD、ENZYME等，与功能、疾病相关的数据库。http:/genius.embnet.dkfz-heidelberg.de/menu/srs/,二、SRS系统,.,国际上主要SRS数据库查询系统$U1y&G%r5H,.,数据库选择页面,查询结果管理页面,标准查询方式页面,查询过程存储页面,显示管理页面,系统安装的数据库清单,.,展开所有数据库,选取数据库,快速查找,标准查找,扩展查找,.,设定更多限定的标准查找,.,扩展查找,.,更为精确的扩展查找,.,SRS的特点,1.统一的Web用户界面只需安装Netscape等网络浏览器即可通过Internet查询世界各地SRS服务器上的300多个数据库。2.高效的查询功能SRS系统采用了建立数据库索引文件的手段，能快速、高效地对各种数据库进行查询。,.,3.灵活的指针链接许多生物信息数据库包含与其它相关数据库的代码，SRS根据查询结果产生链接指针，既节省了存储空间，也便于数据库管理。4.方便的程序接口将序列分析等常用程序整合到基本查询系统中，用户可以对查询结果直接进行进一步分析处理。,.,5.开放的管理模式用户可在本地机上安装自己的SRS系统，将自己的数据库添加到SRS系统中，并可与其它数据库实现超文本链接。也可自行编写应用程序，整合到SRS系统。,.,三、其它查询工具,DBGET,KEGG,DBGET/LinkDB检索工具（http:/www.genome.ad.jp）,.,.,.,.,Retrieve服务器(R)Query服务器(),.,四、GenBank数据库检索及其应用Entrez查询,.,简介,GenBank数据库是由美国国立生物技术信息中心（NCBI）维护的一级核酸序列数据库。,GenBank数据库的数据来源有三种：1、直接来源于测序工作者提交的序列；2、与其它数据机构协作交换的数据；3、美国专利局提供的专利数据。,.,GenBank和PubMed(序列数据)检索的比较：,1、GenBank的检索结果是序列及其注释信息，PubMed的检索结果是与序列数据相关的文献信息。2、GenBank数据更新早于PubMed，GenBank数据库的检全率高于PubMed。3、GenBank可对序列数据进行限制检索，而PubMed只能对文献、杂志、作者等进行限制检索，因而GenBank数据库的检准率也高于PubMed。,.,检索界面,.,基本检索输入框,基本检索界面：,.,执行检索按钮,基本检索输入框,rasGENE,.,跨库检索界面：,rasGENE,执行检索按钮,.,.,GenBank数据库界面：,/genbank/,.,核苷酸序列数据库检索界面：,特征栏提供辅助检索功能,.,基本检索功能,（一）名称、作者姓名等检索,（二）特殊标志符检索,（五）范围检索,（三）序列长度检索,（四）分子重量检索,.,基本检索功能,（一）名称、作者姓名等检索,1、基因名称的检索限定词：GENE2、生物体名称的检索限定词：ORGN3、作者姓名的检索限定词：AUTH,.,.,基本检索功能,（二）特殊标志符检索,.,特殊标志符的格式（核酸序列）：,2、GenBank/EMBL/DDBJ序列接受号：(1)1个字母+5个阿拉伯数字e.g.：U12345(2)2个字母+6个阿拉伯数字e.g.：AY123456，Af123456,1、序列辨认号（GI）：一串阿拉伯数字e.g.：6995995,.,（1）mRNA记录（NM_*）:e.g.:NM_000492（2）基因组DNA重叠群（NT_*）:e.g.:NT_000347（3）完整的基因组或染色体（NC_*）:e.g.:NC_000907（4）基因组的局部区域（NG_*）:e.g.:NG_000019（5）从人类基因组序列注释、加工得到的序列模型记录（XM，XP，orXR_*）：e.g.:XM_000483,3、RefSeq（ReferenceSequence）序列接受号:,.,4、PDB序列接受号：个阿拉伯数字个字母e.g.：TUP,序列接受号的检索限定词为ACCNorACCESSION,.,AF123456ACCN,.,.,基本检索功能,（三）序列长度检索,序列长度的检索限定词：SLEN,.,1510SLEN,.,.,基本检索功能,（四）分子重量检索,分子重量的检索限定词：MOLWT,.,2009MOLWT,.,.,基本检索功能,（五）范围检索,.,范围检索：中间用冒号连接,1、序列接受号范围检索：AF114696:AF114714ACCN2、序列长度范围检索：3000:4000SLEN3、分子重量范围检索：2002:2009MOLWT4、日期范围检索：2005/01:2006/09/26MDATorPDAT,.,特征栏辅助检索,限制检索（Limits）,高级检索（Advance）,.,限制检索,高级检索,.,特征栏辅助检索,限制检索（Limits）,.,限制检索范围,限制检索（Limits）：,.,限制检索范围,ras,.,.,排除某种类型的序列,.,限制分子类型,.,限制分子类型,.,限制基因位点,.,限制基因位点,.,限制序列片段的显示,.,限制序列片段的显示,.,限制数据来源,.,限制数据来源,.,限制数据修订日期,.,限制数据修订日期,.,.,特征栏辅助检索,限制检