实验六蛋白质结构分析与预测

实验六：蛋白质结构分析与预测,杜娟dujuannx,基因与蛋白质组学数据分析,实验项目六：蛋白质结构分析与预测一、实验目的和要求：掌握蛋白质二级、三维结构预测服务器的使用和结果分析；掌握常用大分子空间结构显示软件的使用方法；,2,3,实验内容1蛋白质二级结构预测,以人基质金属蛋白酶MMP14(Matrixmetalloproteinase)序列为例，介绍SOPMA的二级结构预测方法。,人基质金属蛋白酶MMP14(Matrixmetalloproteinase,MMP14)氨基酸序列的fasta形式可从NCBI的蛋白质数据库获得(gi|4826834|ref|NP_004986.1|matrixmetalloproteinase14preproproteinHomosapiens)。,4,SOPMA二级结构预测方法,（1）进入SOPMA主页(http:/npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_sopma.html)；,（2）在“Pasteaproteinsequencebelow”下的空白处提交蛋白序列（原始序列），可以在参数中进行符合我们要求的设置，然后点击“SUBMIT”按钮进行分析；,5,人民卫生出版社8年制及7年制临床医学等专业用生物信息学,（3）查看结果，主要含有alphahelix(Hh)-螺旋，Extendedstrand(Ee)延伸链，Betaturn(Tt)-转角，Randomcoil(Cc)无规卷曲。其中Hh有150个氨基酸，占25.77%；Ee有110个氨基酸，占18.90%；Tt有52个氨基酸，占8.93%；Cc有270个氨基酸，占46.39%。Hh、Cc和Ee贯穿于整个氨基酸链，Tt主要分布在氨基酸链的第300个氨基酸之后。,6,SOMPA预测结果,7,第一步：进入SWISS-MODEL三级结构预测服务器主页,实验内容2以人MMP14序列为实例应用SWISS-MODEL服务器自动模式,第二步：选择“StartModeling”粘入MMP14蛋白质序列；在这里可以填写E-mail地址，将结果发送至电子邮箱，也可以在新的网页上直接展示；,8,MSPAPRPPRCLLLPLLTLGTALASLGSAQSSSFSPEAWLQQYGYLPPGDLRTHTQRSPQSLSAAIAAMQKFYGLQVTGKADADTMKAMRRPRCGVPDKFGAEIKANVRRKRYAIQGLKWQHNEITFCIQNYTPKVGEYATYEAIRKAFRVWESATPLRFREVPYAYIREGHEKQADIMIFFAEGFHGDSTPFDGEGGFLAHAYFPGPNIGGDTHFDSAEPWTVRNEDLNGNDIFLVAVHELGHALGLEHSSDPSAIMAPFYQWMDTENFVLPDDDRRGIQQLYGGESGFPTK,粘贴protein.txt中一条蛋白质序列,MMP,输入用户Email（选填）,dujuannx,9,10,选择1slm作为模板,11,12,13,14,15,16,1.对于以下蛋白质序列，这是来自于什么物种的什么蛋白？用SOPMA方法预测这个蛋白的二级结构，将预测结果第一部分整理到实验报告里；第36位是什么氨基酸？处于什么二级结构？第186-192区间的氨基酸处于什么二级结构？2.用Swissmodel预测其三级结构，利用Pymol观察所得三级结构，写出所用的模版蛋白PDB代码，将二者双序列比对的结果整理到实验报告里。MGNTLLEALNVRVVGNGERVLVLAHGFGTDQSAWQRILPYFLPHFRIILYDLVCAGSVNPDYFDFRRYTTLDAFVDDLLNILDALGVDRCAYVGHSVSAMIGILASIRRPELFTKLVLIGASPRFLNDHDYHGGFEEGEIEKVFSAMEANYDAWVHGFAPLSVGADVPAAVREFSRTLFNMRPDITLFVSRTIFNSDLRGVLGLVKVPCCIIQTAKDVSVPTSVALYLKNHLGGRNTVEMLNVEGHLPHLSAPMLLAPVLRRALSR3.利用pymol观察并做出所得到三维结构的图，蛋白用cartoon显示，这个蛋白包含多少个螺旋和折叠？图片整理到实验报告中。将SOPMA的预测的结果和Swissmodel预测的结果进行对比，两者结论是否相同？,作业,实验报告,到网络教学平台-基因与