【ppt】-linux并行计算平台搭建及应用王彦棡2010年5月

,Linux并行计算平台搭建及应用王彦棡2010年5月,主要内容,基础知识MPI的配置如何使用Linux并行计算环境,基础知识,Linux是一套免费使用和自由传播的类Unix操作系统，它主要用于基于x86系列CPU的计算机上。这个系统是由世界各地的成千上万的程序员设计和实现的。其目的是建立不受任何商品化软件的版权制约的、全世界都能自由使用的Unix兼容产品。,基础知识,/bin: 存放常用命令 /etc: 系统管理所要的配置文件和子目录 /home: 存放用户主目录的地方 /lib: 系统基本的动态链接库 /opt: 可以选择的 /proc: 虚拟系统, 是由系统初起时内存中产生的 /tmp: 存放各程序执行时所产生的临时文件 /usr: 占空间最大的目录，用户的很多应用程序和文件几乎全在这个目录中,常用cmd命令操作, 常用目录文件操作： ls/cd/rm/mkdir/cp/mv/cat/tar 编辑器vim。 man手册工具。 对于删除修改等危险操作和不熟的命令切记要谨慎执行。,主要内容,基础知识MPI的配置如何使用Linux并行计算环境,设置无密码的远程登录-SSH （基于公钥认证方式）,创建密钥对执行：ssh-keygen -t dsa (或rsa,则之后对应文件名dsa改为rsa)遇到问题直接回车即可。该命令将会在/.ssh目录下创建id_dsa和id_dsa.pub两个密钥文件，其中id_dsa保存私钥，id_dsa.pub保存公钥。,设置无密码的远程登录-SSH,在目标机器上对本机公钥授权将上一步中本机生成的公钥文件中的内容，复制到目标机器的/.ssh/authorized_keys文件中，则可以实现本机该用户对目标机器的无密码访问。scp /.ssh/id_dsa.pub :tmpfilessh “cat tmpfile /.ssh/authorized_keys”*注：如果之前共享了/home目录，则每台机器上的authorized_keys文件实际是同一个，只需在本机操作该文件即可。,MPICH安装配置,下载MPICH(最新版1.2.7p1)： /mpi/mpich1/downloads/mpich.tar.gz配置(./configure config-args)编译(make)安装(make install)简单测试(编译和执行例程),MPICH安装配置,一个典型配置实例：./configure -cc=gcc -c+=g+ -fc=gfortran -f90=gfortran -rsh=ssh -with-device=ch_p4 -enablef77 -enable-f90 -prefix=/opt/mpich*注1：如使用gfortran编译器进行Fortran语言绑定，需要事先设定环境变量export F77_GETARGDECL= 。*注2：make install安装时可能会在复制pi3f90报错，这实际不影响安装，是由于src/fortran/configure中没能自动检测到Fortran 90程序后缀造成的，可在该文件相关位置进行修改，使其产生正确输出。,MPICH2安装配置,一个典型配置实例：./configure -prefix=/usr/local/mpich2 -enable-cxx -enable-f77 -enable-f90 CC=icc CXX=icpc F77=ifort F90=ifort*注：MPICH2的C+接口实现中存在一个BUG，这会造成在使用mpicxx编译C+程序时编译器报告SEEK_SET等宏被重复定义的告警信息，设置编译选项-DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK可以忽略这个问题。,主要内容,基础知识MPI的配置如何使用Linux并行计算环境,如何登录和上传文件,Windows本身不支持SSH登录，必须使用第三方模拟终端程序登录系统，用支持STFP或SCP的软件上传文件。 PUTTY NetTerm/SecureNetTerm Xmanager/SecureCRT.Linux系统在不同的桌面环境下启动终端后，直接执行ssh命令远程登录，用scp命令远程拷贝文件。 Gnome-terminal Xterm Konsole,常用路径变量,对于BASH，登录之后执行以下两个配置文件： .bash_profile .bashrc需要着重注意的几个环境变量： PATH 可执行程序搜索路径 MAN_PATH man工具手册搜索路径 LD_LIBRARY_PATH 动态链接库搜索路径环境变量的设置会影响到编译时是否使用了正确的编译环境，是否能生成正确的可执行文件。,PBS,提交作业： qsub -l nodes=:ppn= -q scriptfile 查看和跟踪作业： qstat -f jobid tracejob 删除作业： qdel 作业输出信息： scriptfile.o(jobid) / scriptfile.e(jobid),LSF,提交作业： bsub -n -q -o exefile args 查看和跟踪作业： bjobs -l jobid bhist 删除作业： bkill 作业输出信息： bsub中output指定,并行环境下应用软件安装移植,如软件带有configure自动配置程序，选择合适的参数进行配置，再进行make编译。 典型配置安装过程：tar zxvf .tar.gz 解压(cd xxxxxx)./configure configargsmakemake install 查看README、INSTALL文件或是doc目录下相关文档，或是执行configure -help可以了解configure配置的相关参数含义和选项。,并行环境下应用软件安装移植,如无configure程序，找到关键的Makefile文件，并根据当前的实际环境进行修改后执行make进行编译。 Makefile文件中常遇到的一些变量有：CC/CXX C/C+编译器FC/F77/F90 Fortran/Fortran77/Fortr