用PhyML构建系统发育树ppt课件.ppt

PhyML系统发育树构建,2012-11-28,1,PhyML简介,PhyML是采用最大似然法估计核苷酸或氨基酸序列系统发生分析的软件。,2,PhyML3.0:newalgorithms,methodsandutilities,http:/www.atgc-montpellier.fr/phyml/,3,PhyML可以在线使用了,4,PhyML分析序列步骤,一、输入的序列格式要求二、PhyML中各项参数的设置及程序的运行三、结果解释,5,一、输入的序列格式要求,要求为phylip格式，扩展名为“.phy”。序列可通过软件ClusterX或网页直接生成。将fasta格式的文件直接拷贝到网页上，即能形成。网址为：http:/www.ebi.ac.uk/cgi-bin/readseq.cgi，,有两种序列展示方式，一种为交互式的，即interleaved，另一种为顺序式的，即sequential。如下图。一定要注意。因为后面的PhyML设置中，需要这一项参数设置。,6,二、PhyML中各项参数的设置及程序的运行,有四大步，进行参数的设置。如下。其中InputData的格式要求见上一页。,7,下面几步以张延明做的为参考，自己做时，先用jModelTest算出最佳替代模型，如GTR+I。,其它的参数设置见下，并做相应的调整。只是其中的alpha不知道是怎么得来的。jModelTest中，相应的GTR+I中没有alpha值。对于其中的各参数的设置意义，见说明书。,8,数据输入,9,进入Menu：InputData界面,此选项为序列信息：包括DNA或蛋白序列以有序列为交互或连续（？）。不用设置，输入+进入下一个menu,10,进入Menu：Substitutionmodel界面,这一步设置进化模型。phyML3.0可直接提供数种模型，每一个模型均代表一种碱基替代类型。除GTR外，其它模型均可设置其中的具体参数。同时还可以自已订置替代模型。其中自己订置替代模型一般为通过modeltest3.7获得的最佳模型。,Ts/tvratio（fixed/estimated）只在K80,HKY85orTN93models中选择才有意义。Proportionofinvariablesites(fixed/estimated)默认为0.Thegammashapeparametercanbefixedbytheuserorestimatedviamaximum-likelihood.,11,根据modeltest3.7软件选择出的最佳模型，需要自己定制进化模型，键入M多次将选项改为custom,12,Custom详细设置说明,这个选项为是否优化各碱基的比率，可以选是也可选否，影响不大,这个选项为自己设置或让程序自己估计碱基的比率，一般可以自己根据modeltest3.7获得的最佳模型修改。以下为自己设置的方法及结果，先键入E，然后根据AIC标准选择模型提供的碱基比例依次键入。,13,四个碱基比例键入后，E选项变为userdefined,14,键入K，设置进化模型，为自己定制的模型起名字,15,根据modeltest结果依次键入碱基替代模型,16,自定义碱基替代模型成功,17,这一步设置可变位点的比例。,18,这一步设置碱基替代的类别数，默认为4，最佳一般为6,*这一步为设置是否优化替代参数，自己订置一定要选为no,否则最终替代参数会与设置的有差异。,19,根据modeltest3.7获得的最佳模型中的数据修改,20,Substitutionmodel最终设置好示意图,21,进入Menu：TreeSearching界面,22,是否优化树的结构，选Yes,起始树的类型，有三种，选默认,最优树的寻找方法的设置，有三种：NNI（最省时），SPR（最费时，但最能反应种的关系），BEST（上面两者的平衡），这个设置我们选SPR,S选项设置为SPR后出现R选项，更改为Yes,23,进入Menu：BranchSupport界面,24,对构建的系统发育树进行统计分析，也相当重要。A：表示用本软件自已的3个方法对结果进行统计分析（速度较快，但应用不广）（不推荐用）B：bootstrap分析，应用最广，相当费时，但可以接受，一般设置为100次。,25,Menu：BranchSupport选项设置完成,26,设置好后，输入Y，开始构建系统发育树。,27,系统发育树构建完成后文件夹内会多出以下文件。用TreeView软件打开trees文件查看系统发育树,28,我自己的运行结果文件如右图