医学文献检索pubmed

刘春艳北京大学医学图书馆信息咨询部liucy,PubMed生物医学数据库检索方法与技巧,主要内容,PubMed概况PubMed数据来源PubMed检索机制PubMed检索运算符PubMed检索方法结果的显示、打印、保存其他辅助功能,1.PubMed概况,创建机构：美国国家医学图书馆下设的美国生物技术信息中心(NCBI)1997年6月开始向全球开放特色：具有收录范围广、内容全、检索途径多、检索体系完备等特点，部分文献还可在网上直接免费获得全文。,2.PubMed数据来源,MEDLINE：pubmed-indexedformedlineInProcessCitations：每天收录，尚未经规范处理的数据。pubmed-inprocessPublisher-SuppliedCitations：由出版商提供的电子文献，每条记录标有PubMed-assuppliedbyPublisher。,3.PubMed检索机制,自动转换匹配功能(AutomaticTermMapping),对于输入的检索词，PubMed先按一定的词表顺序进行对照匹配和转换，再进行检索。词表匹配转换顺序是：MeSH表期刊刊名表短语表作者索引如果在以上4个表中都找不到相匹配的词，PubMed将把短语分开，以单词为单位，分别重复以上的过程，检索时各个词之间是AND逻辑关系。如果仍找不到相匹配的词，则用单个词在所有字段查找，各个词之间也是AND逻辑关系。,3.1自动转换匹配功能,人重组三叶因子（humanrecombinanttrefoilfactor）,(humansMeSHTermsORhumansAllFieldsORhumanAllFields)ANDrecombinantAllFieldsAND(trefoilfactorSupplementaryConceptORtrefoilfactorAllFields),4.PubMed检索运算符,逻辑运算符,逻辑运算符,逻辑“与”运算AND：检索式写成AandB，表示文献中同时包含检索词A和检索词B的文献才是命中文献。AIDSandtherapy逻辑“或”运算OR：检索式写成AorB，表示包含检索词A的文献或者包含检索词B的文献或者同时包含检索词A和B的文献为命中文献。AIDSorAcquiredImmunodeficiencySyndrome逻辑“非”运算NOT：检索式写成AnotB，表示包含检索词A同时不包含检索词B的文献为命中文献。HepatitisnotAnimal,IP地址：LeukemialeukaemiaAllFieldsORleukemiaMeSHTermsORleukemiaAllFields,PubMed网址,基本检索,高级检索,主题检索,临床咨询,5.PubMed检索方法,5.1基本检索5.2高级检索5.3主题检索5.4临床咨询,5.1基本检索,默认检索字段为主题、作者、期刊,关键词、词(词组)或短语：输入任意关键词：livercancer、Lungcancer；带有双引号”作为短语检索：”cancertherapy”；带有连接号”-”作为一个词组检索：interleukin-6。限制检索字段：如livercancerti作者：SmithJ、仅知道作者姓，则必须加上字段标识，如：Smithau2002年以后的文献若文中有作者全称可用全称检索如：JoshuaLederberg,5.1基本检索,期刊刊名：可用期刊全称：GENETHERAPYTA；可用期刊简称：JAMATA；(TheJournaloftheAmericanMedicalAssociation)复杂表达式：livercancerANDaflatoxin带有摘要文献的检索：livercancerANDhasabstract,5.1基本检索,分析该检索课题，包含两个方面：肝癌：livercancer；酒精：alcohol两个主题之间的逻辑关系是AND，即livercancerANDalcohol,基本检索举例：肝癌和酒精的关系,基本检索举例：肝癌和酒精的关系,输入：livercancerANDalcohol,“肝癌和酒精的关系”的基本检索结果,5.2高级检索,高级检索,5.2高级检索,分析该检索课题，包含两个方面：作者为：马大龙（madl）；作者单位为：北京大学（pekinguniversity）。,高级检索举例：北京大学医学部马大龙教授发表的文献,高级检索举例：北京大学医学部马大龙教授发表的文献,输入：madl,Pekinguniversity,高级检索举例：北京大学医学部马大龙教授发表的文献,5.3主题检索,根据medline数据主题标引的规范性，利用主题词进行的研究，对提高查全率、查准率会有相当的帮助。,点击MeSHDatabase打开主题检索界面,高级检索,主题检索,基本检索,5.3主题检索,主题词(headings)：,直接、准确表达主题概念的词或词组。每个概念只能用一个主题词表达如：肿瘤cancerCarcinomaTumorNeoplasm,Neoplasm,副主题词：用于对主题词的某一特定方面加以限定，强调主题概念的某些专指方面。如：治疗（therapy）、外科学（surgery）、代谢（metabolism）、诊断（diagnosis）主题词与副主题词之间的组配检索，起到对主题词的限定作用，是主题词具有更高的专指性，缩小检索范围，保证检索结果的准确性。如：白血病的药物治疗leukemia/drugtherapy但并不是每个副主题词和任何主题词都能进行组配使用，每个副主题词具有一定的专指性，其使用范围仅限于它后面括号内的类目。,副主题词(subheadings)：,TI-Bisoprolol:opportunitiesinthetreatmentofhypertension.AB-Bisoprolol(bisoprololfumarate)-cardioselectiveblocker,doesnotpossessintrinsicsympathomimeticandmembranestabilizingactivity.Themainindicationsforbisoprololarearterialhypertension(AH)andheartfailure.Thisarticleprovidesanoverviewoftheliteratureonthepotentialusesofbisoprololinthetreatmentofhypertension.Thefeaturesofthepharmacokineticsofthedrug.Thedataontheeffectivenessofbisoprololinhypertensionandtolerabilityinpatientswithconcomitantdisorders.AU-MinushkinaLOSO-Kardiologiia.2012;52(6):80-5.MH-Adrenergicbeta-1ReceptorAntagonists/administration&dosage/adverseeffects/pharmacokineticsMH-BiologicalAvailabilityMH-*Bisoprolol/administration&dosage/adverseeffects/pharmacokineticsMH-ComorbidityMH-*CoronaryDisease/complications/drugtherapy/physiopathologyMH-*Drugs,Generic/economics/pharmacokineticsMH-*HeartFailure/complications/drugtherapy/physiopathologyMH-HumansMH-*Hypertension/complications/drugtherapy/physiopathologyMH-PerioperativeCare/methodsMH-TherapeuticEquivalencyMH-TreatmentOutcome,MH-Adrenergicbeta-1ReceptorAntagonists/administration&dosage/adverseeffects/pharmacokineticsMH-BiologicalAvailabilityMH-*Bisoprolol/administration&dosage/adverseeffects/pharmacokineticsMH-ComorbidityMH-*CoronaryDisease/complications/drugtherapy/physiopathologyMH-*Drugs,Generic/economics/pharmacokineticsMH-*HeartFailure/complications/drugtherapy/physiopathologyMH-HumansMH-*Hypertension/complications/drugtherapy/physiopathologyMH-PerioperativeCare/methodsMH-TherapeuticEquivalencyMH-TreatmentOutcome,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,分析该检索课题，有2个概念：长春新碱（Vincristine）、白血病（leukemia）：对长春新碱来说是利用其治疗疾病，故其应组配副主题词“治疗应用（therapeuticuse）”；对白血病来说是利用药物来治疗，故其应组配副主题词“药物疗法（drugtherapy）”。同时这两个概念之间是AND的关系。,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第1步：检索长春新碱/治疗应用,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第1步：检索长春新碱/治疗应用,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第1步：检索长春新碱/治疗应用,副主题词,主要主题词,不扩展下位树,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第1步：检索长春新碱/治疗应用,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第1步：检索长春新碱/治疗应用,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第2步：检索白血病/药物疗法,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第2步：检索白血病/药物疗法,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第2步：检索白血病/药物疗法,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,第2步：检索白血病/药物疗法,主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献,5.4临床咨询和系统评价,可以使用户方便快捷地检索到有关临床方面的文献，如临床疾病的诊断、治疗、病因和预后等；也可以用它来检索临床实践过程中遇到的一些具体问题，如系统性综述、元分析、临床试验、循证医学、实践指导以及有关遗传学方面的问题等。,5.4临床咨询和系统评价,临床咨询,系统评价,检索医学遗传学研究方面的文献,6.结果的显示、打印、保存,显示保存、打印,6.1结果的显示,显示格式：系统提供的显示格式很多，一般较常用的有以下4种：（1）Summary：为默认显示格式。显示的信息包括文献的标题、著者、出处、PMID、综述出版类型、非英文文献的原文语种等。（2）Abstract：显示信息除了文献标题、著者、出处等基本信息外，还包括摘要信息，以便用户了解文献详细内容。,（3）MEDLINE：以MEDLINE数据库的记录格式来显示检索结果。字段内容主要包括PMID、题目、摘要、作者、作者地址、语种、出版类型、出处、MeSH、文献ID、出版状态等。,6.1结果的显示,6.1结果的显示,保存记录在“sendto”下拉菜单中选择“File”，可完成将记录保存为文件。选择“E-mail”，则可将结果发送至邮箱。在检索结果显示页面可将某一次检索的全部记录或标记记录保存；而“Clipboard”页面可用于保存一次或多次检索的结果记录。,6.2检索结果的保存,6.2检索结果的保存,7其他辅助功能,7.1检索策略的存储和调用7.2全文链接7.3相关文献链接,7.1检索策略的存储和调用,使用MyNCBI(Cubby)首先要登记注册保存检索策略定期浏览新的检索结果,7.2全文链接-摘要格式显示,7.2全文链接-打开单篇详细页面,7.3相关文献链接,7.3相关文献链接,综合检索实例,腹痛的并发症检索课题中包含两个主要概念：腹痛、并发症采用主题词途径和基本途径相结合方法进行检索。,第一步，输入相应的主