Blast结果的详细解析

Blast 结果的详细解析结果的详细解析 Posted on 2009 年年 7 月月 9 日日 by boyun 要使用程序对 blast 结果进行解析、分析，就必须对 BLAST 的结果形式有深入的 了解，本篇文章将向你详细说明 Blast 结果的数据结构，供参考。这里的指的是 blast 默认的结果，也是我们应用最多的结果。 3.14.1. 结结果果文文件件的的结结构构 一个 BLAST 的结果文件，大致结构如下： 每个 blast 结果文件都以固定的 header 开头，里面包含了 BLAST 程序名称，版本 与 Reference 信息。接下来包含一个或多个 Query，每个 query 包含以下内容： Query information Sequences producing significant alignments Subjects Query information 是对一个 query 序列的基本信息描述，Sequences producing significant alignments 是对所有 subjects 的简要 list。每个 subjects 是 query 序列 在数据库中比对上的一条序列。 3.14.2. HEADER 每个 blast 结果文件都以固定的 header 开头，里面包含了 BLAST 程序名称，版本 与 Reference 信息。 blast 结果解读-header 3.14.3. QUERY 每个 blast 结果文件包含一个或多个 Query，每个 query 包含以下内容： Query information Sequences producing significant alignments Subjects blast 结果解读-Query 3.14.4. QUERY INFORMATION Query information 是对一个 query 序列的基本信息描述。该部分包括 Name：Fasta 序列对于序列描述的部分（见本文档 section1.2 部分说明） Accession：接收号，或者 location Description：序列描述 Length：序列的长度 Database：用户使用的数据库信息 3.14.5. SEQUENCES PRODUCING SIGNIFICANT ALIGNMENTS 该处的信息是所有 subjects 的简要 list。 blast 结果解读-subjects list 3.14.6. SUBJECTS 每个 subjects 是 query 序列在数据库中比对上的一条序列。每个 subject 部分包括 Subject 序列信息 一个或多个 alignment 3.14.7. SUBJECT 序序列列信信息息 Subject 序列信息包括该序列的： Name：Fasta 序列对于序列描述的部分 Accession：接收号，或者 location Description：序列描述 Length：序列的长度 BLAST-subjects 3.14.8. ALIGNMENT 一个 query 序列和一个 subject 序列的比对结果，可能是一个或多个 alignment， 每个 alignment 包括如下信息，其中 strand，frame 和 positives 三项，随着所用 blast 程序的不同而有变动： Score：281 Expect：2e-54 Percent_identity Identities bits ：110 Length Mismatches= Length Identities Gaps：为空时，Gaps=0 Strand （blastn） Frame （blastx，tblastn，tblastx） Positives (blastp, blastx，tblastn，tblastx) Query_start Query_end Subject _start Subject _end BLAST-subjects 3.14.9. 数数据据结结构构总总结结 比对结果分三个层次 Query 下面有一个或者多个 Subject，一个 Subject 下面有多个 Alignments。 Query 从“Query=” 开始到下一个 “Query=”或者文件结束 Subjec