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文档简介

.,基因启动子序列的查找,.,一、基因序列查找,NCBI选择“Gene”输入基因的名字（eg.p53）-Search,.,基因序列查找,选择特定物种的p53基因eg.TP53(human),.,基因序列查找,获得TP53基因的详细信息：基因名称、全称、别名、类型等。下拉获得更多详细信息,.,基因序列查找,基因组结构：不同版本中，此基因在染色体中的位置、转录方向等。,.,基因序列查找,基因组区域，转录，产出：p53基因在不同转录本中的信息点击GenBank,.,GenBank:获得基因详细信息：位置、定义、登录号、版本、特征、碱基序列等。,.,基因序列查找,FASTA:获得基因的全部序列（包括非转录区序列）。,.,启动子序列的查找,1、在NCBI中查找所需的基因（以p53为例）查找P53的基因序列；,.,启动子序列的查找,1、在NCBI中查找所需的基因（以p53为例）选择特定物种的P53基因，例如human.,.,启动子序列的查找,1、在NCBI中查找所需的基因（以p53为例）获得humanp53基因的详细信息,.,启动子序列的查找,2、确定此基因在染色体上的位置和转录方向（正向/反向）；在染色体上的位置：Chromosome17-NC_000017.11转录方向：从右向左，反向转录，说明启动子区与第一外显子区位于此段基因的右侧。,.,启动子序列的查找,3、确定启动子区与第一外显子区的长度；获得FASTA格式的序列信息，右侧为此段基因的长度：7668402-7687550bp.启动子区位于基因5端2000bp，即7687550-7689550bp,.,启动子序列的查找,3、确定启动子区与第一外显子区的长度；查找第一外显子的位置：在p53基因的详细信息页面中查找mRNA的详细信息，确定其在基因序列中的位置。,.,启动子序列的查找,3、确定启动子区与第一外显子区的长度；进入P53基因mRNA的详细信息界面,.,启动子序列的查找,3、确定启动子区与第一外显子区的长度；进入P53基因mRNA的详细信息界面，找到exon（第一外显子）的位置：1-174bp,.,启动子序列的查找,3、确定启动子区与第一外显子区的长度；进入P53基因FASTA信息的界面，确定第一外显子的长度：第一外显子位于基因5端1-174bp的位置，由于基因为从右向左反向转录，第一外显子位于启动子（7687550-7689550bp）的左侧174bp：7687376-7687550bp；第一外显子+启动子：7687376-7689550bp,.,启动子序列的查找,4、下载启动子区与第一外显子区的序列；数据保存为FASTA格式,.,启动子序列的查找,4、下载启动子区与第一外显子区的序列；数据保存为FASTA格式，用word打开。,.,启动子序列的查找,4、下载
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