清华大学微生物学.ppt

第十章微生物分类和鉴定,基本概念：分类（classification），根据各种细菌的相似性和进化关系将其分为类群，排放在适当的分类单元中。鉴定（identification），是分类的操作过程，经过一系列测定来确定所研究的菌株属于哪个类群。命名（nomenclature），根据命名的国际法则对所鉴定的菌株给以科学名称（学名）。,第一节通用分类单元,一、种以上的系统分类单元（一）7级分类单元界Kingdom门Phylum纲Class目Order科Family属Genus种Species微生物种下单位-亚种subspecies，subsp.变种variety，var.致病变种pathovar，pv.,第一节通用分类单元,一、种以上的系统分类单元（二）种的概念种(species):是一个基本分类单元，它是一大群表性特征高度相似、亲缘关系及其接近、与同属内其他物种有明显差异的一大群菌株的总称。新种（speciesnova）：指权威性的分类、鉴定手册中从未记载过的一种新分离并鉴定的微生物。,二、学名（一）双名法依照国际命名法则，采用瑞典科学家林奈（CarlvonLinne）在1753年提出的双名法：学名=属名+种加词+（首次定名人）+现名定名人+现名定名年份,斜体字,正体字（一般省略）,例1.大肠埃希氏菌（简称“大肠杆菌）Escherichiacoli（Migula）CastellanietChalmers例2.枯草芽孢杆菌Bacillusubtilis（Ehrenberg）Cohn1872,第一节通用分类单元,（二）三名法,二、学名,学名=属名+种加词+符号subsp.或var.+亚种或变种加词,斜体字,正体字（一般省略）,斜体字,例1.苏云金芽孢杆菌腊螟亚种Bacillusthuringiensissubsp.galleria,Pseudomonassyringaepv.tabaci,例2.丁香假单胞烟草致病变种,第一节通用分类单元,（三）有关学名的其他知识1.属名表示该微生物主要特征，单数，第一个字母大写属名什么时候可以缩写？2.种名加词代表一个物种的次要特征，字首一律小写Bacillussp.一种芽孢杆菌Bacillusspp.若干芽孢杆菌,二、学名,第一节通用分类单元,（一）亚种进一步细分种时所用的单元，一般指除某一明显而稳定的特征外，其余鉴定特征与模式种相同的种。命名按照三名法,三、亚种以下分类名词提出和使用不受国际命名规则的限制,第一节通用分类单元,（四）菌株菌株又称品系（在病毒中称为毒株或株），他表示任何由一个独立分离的单细胞（或单个病毒粒）反制而成的纯遗传型群体及其一切后代。菌株的名字可以随意确定。一般用字母加编号。如：EscherichiacoliK12,三、亚种以下分类名词,第一节通用分类单元,菌株菌落菌苔斜面菌种克隆分离物,掌握以下名词,第二节微生物在生物界的地位一、生物的界级分类学说,二界（1753年）,三界（1860年）,四界（1956年）,五界（1969年）,六界（1977年）,三域（1978年）,动物界,植物界,二界（1753年）,1753年瑞典学者林奈，在其名著植物种志中首次提出了动物界和植物界。,动物界,植物界,原生生物界,三界（1860年）,1860年，德国动物学家E.H.Haeckel建议在动物界和植物界之外，增加一个由低等生物构成的第三界-原生生物界。,四界（1956年）,动物界,植物界,原生生物界,菌类,1956年，Copeland分为动物界、植物界、原生生物界（原生动物、真菌、部分藻类）和菌类（细菌和蓝细菌）,1959年，Whittaker：动物界、植物界、原生生物界和菌物界,1974年，Leedale等：动物界、植物界、真菌和原核生物界,动物界,植物界,原生生物界,真菌界,原核生物界,1969年，R.H.Whittaker：动物界、植物界、原生生物界、真菌界和原核生物界,原核生物界,原生生物界,植物界,菌物界,动物界,病毒界,1949年，Jahn等提出六界系统：动物界、后生植物界、原生生物界、真菌界、原核生物界和病毒界。1977年，我国学者王大耜提出：动物界、植物界、原生生物界、真菌界、原核生物界和病毒界。,1978年，美国C.R.Woese等对大量微生物和其他生物进行16S和18SrRNA的寡核苷酸测序，并比较其同源性，提出三域学说ThreeDomainsTheory,细菌域,古生菌域,真核生物域,第三节微生物的分类系统纲要,美国微生物学会伯杰氏细菌鉴定手册苏联克拉西里尼科夫细菌和放线菌的鉴定法国普雷沃细菌分类学,二、菌物分类系统纲要,第四节微生物分类和鉴定的方法,通常把微生物的分类鉴定方法分成5个不同水平：细胞的形态和习性细胞组分蛋白质水平核酸水平计算生物学,(一)经典的鉴定指标,形态生理生化反应生长特性生活史，有性生殖情况血清学反应对噬菌体的敏感性其他,(二)自动化鉴定技术,1.API细菌数值鉴定系统法国2.“Biolog”全自动和手动细菌鉴定系统美国,二、微生物分类鉴定中的现代方法,G+C碱基比例的测定G+C碱基比例相差多少，可以认为是不同的种G+C碱基比例相差多少，可以认为是不同的属核酸杂交G+C碱基比相差多少，鉴定需要做核酸杂交？16SrRNA碱基测序,(三)细菌数值分类,采用较多的分类特征根据“等重原则”各个特征不分