《医学遗传学》第六章 多基因遗传病.ppt

第六章多基因遗传病,数量性状的多基因遗传,Minorgene:微效基因Majorgene:主效基因,Additiveeffect:累积效应,Polygenicinheritance:多基因遗传,Multifactorialinheritance:多因子遗传,Multifactorialtraitsarethosewhichresultfromaninteractionbetweenmultiplegenesandoftenmultipleenvironmentalfactors.,复杂性(状)疾病（complexdisease):人类的许多常见病、先天畸形、恶性肿瘤等是由许多对基因控制的。这些基因协同作用，即通过所谓的累加效应（additiveeffect），再受一定的环境因素作用,遗传因素和环境因素相互作用，最终形成明显的表现型(即产生某些性状、疾病或畸形)。这类疾病也称为复杂性状疾病（complexdisease）。遗传易感性（多对基因的累加效应）环境因素随机因素复杂性状疾病,diabetes,hypertension,schizophrenia,Intelligence,cleftpalate,neuraltubedefects,Obesity,Mostcommondiseases,ComplexTraits,质量性状,Qualitativetrait:genetictraitswhicharepresentorabsent.Onehasthetraitornot.,数量性状,Qualitativetrait.,Quantitativetrait:genetictraitswhicharemeasurablecharacteristics.,数量性状分布,质量性状分布,数量性状与质量性状变异呈不连续分布的性状称为质量性状(qualitativetrait)，常表现出23个峰。变异连续分布的性状称为数量性状(quantitativetrait)，常表现出单峰（常态分布）。例如人身高的分布，血压的分布。,控制数量性状的多基因特点：共显性、微效基因、累积效应。虽然数量性状由多基因控制，但每一对基因的遗传仍符合孟德尔分离和自由组合规律。,PAABBCCXaabbccF1AaBbCcAaBbCcXAaBbCc,ABCaBCAbCABcabCAbcaBcabc,ABCaBCAbCABcabCAbcaBcabc,F1：一种基因型，一种表现型。F2：64种基因型，7种表现型。,QuantitativeTrait,HumanEyeColor,Gaussiandistribution,thebell-shapedcurve,QuantitativeTrait,Qualitativetrait,Quantitativetrait,在多基因遗传病中，若干作用微小但有累加作用的易感基因使个体具有得病的遗传因素，这种由遗传素质决定一个个体的多基因遗传病的风险称为易感性(susceptibility)。一个个体由遗传素质和环境条件共同作用所决定得多基因遗传病的风险则称为易患性(liability)。,阈值学说与复杂性疾病的发生,Belowthethresholdthetraitisnotexpressed.Individualsabovethethresholdhavethedisease.,Thethresholdmodelformultifactorialtraits,易患性的变异在人群中也呈正态分布，大部分个体的易患性接近平均值，当一个个体的易患性高达一定的限度后即会得病，这由易患性所导致的多基因遗传病的发病限度称为阈值(threshold)。一个群体的易患性平均值可以从该群体的发病率作出估计，阈值与均数相距越远，其阈值就越高，发病率就越低。反之亦然。,复杂性疾病的再发风险估计主要因素：群体发病率和遗传度(heritability)遗传度的含义是多基因累加效应在复杂性疾病发生中的作用大小。通常用百分比表示。,对遗传度的说明1.是一个统计学概念，针对群体而不是用于个体。2.相对特定的群体而言，如果遗传变异更改，或者环境变异更改，所得的遗传度自然也随之更改。3.遗传度的估算仅适合于没有遗传异质性，也没有主基因效应的疾病。,发病风险估计Edward公式：f=pf：患者一级亲属的发病率p：人群发病率多数多基因病的群体发病率为0.1%1%，遗传率为70%80%。如果群体发病率过高或过低，则以上公式要进行校正。,例：,我国人群中，唇裂+腭裂的患病率为0.17%，其遗传度为76%，患者一级亲属的发病率：f=p=0.00174%,一般群体发病率、遗传率与患者一级亲属发病关系图解,原发性高血压的群体发病率约为6，遗传率为62，从图中可查出一级亲属的再发风险率为16。如按Edward公式计算则为24.5。,一个家庭中患病人数越多时，意味着再发风险越高。,1.累积效应,多基因病发病风险估计,2.病情严重程度与发病风险多基因病中基因的累加效应还表现在病情的程度上。因为病情严重的患者必定带有更多的易感基因，其父母也会带有较多的易感基因使易患性更接近阈值。,一侧唇裂患者,一侧唇裂患者+腭裂,同胞再发风险4.21%,两侧唇裂患者+腭裂,同胞再发风险5.74%,同胞再发风险2.46%,3.性别与发病风险,某种多基因遗传病的发病存在两性差异时,表明不同性别的发病阈值是不同的。群体发病率较低即阈值较高那个性别的个体患病，则患者亲属的发病风险较高。,有性别差异域值的分布图,域值,4.亲缘关系与发病风险,多基因遗传病有家族聚集倾向，患者亲属发病率高于群体发病率，但亲属发病率随着与先证者的亲缘关系级数递增而剧减，向着群体发病率靠扰。,亲缘关系与精神分裂症患病风险,多基因遗传、易感性、易患性、阈值、遗传度的概念。多基因遗传病的遗传度的估算方法。质量性状与数量性状的特点。影响多基因遗传病再发风险的因素。,疾病的基因组学,遗传标志（geneticmarkers）,遗传标记必须满足的二点特性：多态性与位置已知。SNP:大于1%，causativeSNPs,functionalSNPs,遗传标志（geneticmarkers）,遗传标记必须满足的二点特性：多态性与位置已知。SNP:大于1%，causativeSNPs,functionalSNPsSTR：微卫星标记，如(XX)n，(XXX)n，(XXXX)n；其中最常用的为(CA)n。,recombination,Theformationofnewcombinationoflinkedgenesbycrossingover(breakageandrejoining)betweentheirloci.,遗传重组,重组值的计算,连锁（linkage）,位于同一条染色体上的基因或者遗传标记，它们在减数分裂产生配子的时候，如果倾向于把处在同样染色体上的等位基因共分离到同一个配子中去，这时基因或遗传标记之间的关系称为连锁。,问题：什么是紧密连锁？强连锁？不连锁？,LinkageDisequilibrium(LD),Thepreferentialoccurrenceofadiseasegeneisassociatedwithspecificallelesoflinkedmarkers.LDisthenon-randomassociationbetweenallelesattwoloci.TheextentofLDistypicallymeasuredbyD.,连锁不平衡,单倍型（haplotype）,单倍型：同一条染色体上紧密相连的两个或两个以上多态位点的状态的组合。,PhenotypeBlackeyeGATATTCGTACGGA-TBrowneyeGATGTTCGTACTGAATBlackeyeGATATTCGTACGGA-TBlueeyeGATATTCGTACGGAATBrowneyeGATGTTCGTACTGAATBrowneyeGATGTTCGTACTGAAT,HaplotypesAG-2/6GTA3/6AGA1/6,SNP,SNP,SNP,重组热点划分成的单倍型块（haplotypeblock）,在单倍型块中选取标志性位点（tagSNP）,基本概念,allele,allelefrequency,genotype,phenotypegeneticmakersrecombinationlinkagelinkagedisequilibrium(LD),D,linkagemaphaplotype,疾病对象收集家系收集如何从疾病入手疾病家系分析,疾病对象收集,疾病对象包括：疾病家系同胞对散发患者，三口之家设立对照（隔离群体，随机群体）,家系收集,34代以上有多个患者疾病确诊(客观标准)该疾病的外显率要高(外显不全？延迟显性？)注意收集其他理化指标,如何从疾病入手,诊断患者异常a.患者的生化异常代谢异常,酶异常蛋白异常b.患者的形态学特征异常短指/趾c.患者的行为学特征异常唐氏综合征患者智力低下2.从临床异常-蛋白异常-基因异常,LinkageAnalysis(Study),Linkagestudiestypicallyusefamilieswithmultipleaffectedindividualsideallyincludingthreeormoregenerationstoidentifygeneticregionsthataremorelikelytobeinheritedwithadiseaseorbiologicalresponsethanwouldbeexpectedbyrandomchance.,连锁分析,利用连锁的原理研究致病基因与参考位点（marker）的关系，通常采用家系分析的方法来估计两个基因的重组率，进行基因定位。常用最大似然法（Maximumlikelihood）分析，用连锁分数（LODscore）表示其值为两位点呈连锁的机率与不呈连锁的机率比的对数值。大于1，提示有连锁关系；大于3，连锁相对于不连锁的可能性为一千倍；小于2，否定连锁；介于2和1之间时，需增大样本量。,连锁分析的流程图,搜集家系材料,明确疾病的诊断,采集DNA样品,分析遗传模式和标记的基因型,疾病基因染色体定位,定位区域致病基因的鉴定（突变检测）和克隆,Co-segregationofdiseaselocusanddiseasephenotype,8,7,6,5,4,3,2,1,Sample+in-lanestd.,AllelicLadder,160bp,200bp,WhatareShortTandemRepeats?,(tetranucleotide),LinkageAnalysisMethods,LinkagePackageMLINK,LODSCORE进行两点法的连锁分析所需基本文件家系*.Ped参数*.Par:外显率、拟表型率、疾病基因等位基因频率、误诊率、遗传模式Makeped.exe,LIFS/GVLS,LIFSVLS,Affected,Normal,137,143,137,143,几个研究实例,A1型短指症IHH基因乳腺癌基因BRCA1,2,某一A-型短指/趾家系,家系I/II/III中IHH基因的突变情况,乳腺癌基因BRCA1,2