SELDI-MS-MALDI-TOF-MS和二维电泳做蛋白的对比

SELDI-MS、MALDI-TOF-MS与二维电泳蛋白质的比较从论坛整理SELDI技术的最大检测值为150KD，但由于飞行时间的检测管短，一般的检测分子量范围为1000-20KD，最适合该检测的分子量范围为2000-10000。 在有买PS的机会中，我和密码gin公司技术部主任交流过几次，SELDI-TOF技术的最大检测值好像最大可以在300KD以下，据他的一次实验结果，从峰值型来看比较好的范围是3000-20000MALDI-TOF-MS在理论上为500KD以上，但实用上可检测的值也在300KD以下。TOF-MS不是为了鉴定蛋白质，只能测定分子量。由于SELDI的TOF性能有限，用SELDI测定只能得到蛋白质的分子量，不能鉴定蛋白质。 即使使用芯片原位酶解制作PMF，分子量误差也大2，精度不够。Ciphergen的PBSII机器说明书中记载了500KD，根据我们的经验，只要实验控制和芯片选择良好，100KD-250KD的蛋白质就能产生很好的结果。 操作愚蠢时，500Da-60000Da成为有效的检测范围。 SELDI检测大分子量蛋白质的效果很少，不是飞行管长度的问题，飞行管长度可以决定分辨率，同时影响灵敏度。 实际上，飞行管越长，高丰富的大分子量蛋白质的检查往往越不容易。SELDI的原理本身确定，存在大量小分子量蛋白质和肽时，大分子量蛋白质的检测必然较差PS测定蛋白质分子量的重要目的之一是鉴定蛋白质。用TOF-MS制作PMF的话，能够鉴定蛋白质的，只是比现在的MS/MS成功率低。 在MS/MS出现之前用PS鉴定蛋白质是经典的方法。 在军科院、复旦等地鉴定蛋白质的一般流程为PMF (鉴定为50%)-MS/MS(PST ) (鉴定为7080 % )-sequence (de novo ) (8095 % )。在SELDI芯片上用insitu分解蛋白质，就能制作PMF，同样能鉴定蛋白质。 加入溶出PH不同酸的方法，也可以用SELDI-TOF检测蛋白质的PI。 具有MW和PI，除了已知的样本信息(例如，种类的来源、可能的功能等)之外，基本上能够确定要检测出哪种蛋白质。用SELDI-TOF完全做不到。 非常复杂的混合蛋白质的肽片段，现在也只能通过短官技术，即LC/LC-MSn、质谱仪用离子陷阱。 一般来说，复杂肽的混合物，适合Q-TOF和Q-STAR这样的液体质并用质量分析。SELDI-TOF的最大特征是，分子量根据蛋白质而不同，从而达到了识别两个样品之间差异的目的，其功能目前也仅限于此。 样品消化成多肽片段后，虽然图像很好，但由于没有强有力的质量分析支持，无法确定多肽片段的起源，结果毫无用处。在5000以下的分子中几乎检测不出二维电泳，在TRICINE中的效果也差，因此在小分子量“10KD的蛋白质分子”中，直接在SELDI中检测是最有效的。 由于二维电泳有一步平衡，在平衡过程中小蛋白分子从IPG凝胶“泄漏”到平衡液中，所以对10，000 d的蛋白分子，在二维中无法检测，在TRICINE中无力。 但是，并不是所有的蛋白质都漏出，所以也有可能得到小的分子蛋白质。 为了得到尽可能多的小分子，最好缩短平衡时间，减少不必要的平衡。Autoflex MALDI TOF飞行时间质谱仪，介绍了他的功能可以决定序列。附上参数，供内行参考1 .质量范围： 500，000 da2 .分辨率：线性分辨率4,000 (样品为多肽)反射模式的分辨率为20，000 (样品为胰岛素)三。 灵敏度：线性模式的灵敏度： 1fmol的信噪比大于100:1 (样品为多肽)。反射模式的灵敏度： 1fmol的信噪比大于100:1 (样品为多肽)。100 attomol，信噪比大于20:1 (样品为neurotensin )4 .分辨率和灵敏度能够同时得到高分辨率和灵敏度分析10摩尔/ul ACTH clip 18-39，可以得到10，000分辨率5 .质量精度线性模式质量精度内标准法：质量精度 35ppm(多肽)外标准法：质量精度 100 ppm反射模式质量精度内标准法：质量精度 10 ppm(多肽)外标准法：质量精度 50 ppm串联质量分析模式的质量精度： 6 .串联质量分析功能具有lid (激光工业发射)、cid (协同发射)、isd (信源发射)、LIFT等不同的串联质量分析功能，cid的碰撞能达到8Kev，罗伊MS/MS预备离子能量强：分辨率超过200(FWHM )串联质量分析的灵敏度： 2fmol Glu-Fib，碎片1056的S/N107 .反射器源内衰减功能(ISD )ISD功能强，精度高，能直接检测大蛋白，不需要酶解8 .稳定性外面可以保持24小时(多肽混合物)9 .蛋白质组学数据库检索软件(Biotools )具有内部网和互联网功能，使用MASCOT搜索引擎此软件支持肽谱、MS/MS谱、质量标记和非定序三、主要应用范围和功能1 .蛋白质研究正确的分子量测定宽线性范围提供了正确的定量能力。肽质量指纹图鉴定蛋白质denovo多肽测序等蛋白质序列的鉴定2 )具有lid、CID、ISD、LIFT等不同的串联质量