R语言入门和使用技巧

R语言入门和使用技巧,LijunJin,Contents,Chapter1.Introduction,Introduction,R语言的概述定义：R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件，它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。功能:R是一套完整的数据处理、计算和制图软件系统。R语言的发展1980年（贝尔实验室）R完善（MathSoft公司的统计科学部）R系统（Auckland大学的RobertGentleman和RossIhaka）Risfree！R语言的运用免费，开源，统计模块齐全避免了像商业软件在固定的分析过程中存在的问题用户可以得知其中的计算会暗含着何种漏洞或错误可自由计算任何想计算的统计量（包括图形）,Introduction,资源网站资源：R主页：/统计之都：/TheRGraphGallery：http:/addictedtor.free.fr/graphiques/Bioconductor：/RGraphicalManua：http:/www.oga-,Rcharts,基本运算符号,符号命令或运算提示符+续行符基本算术运算例子+4+5-5-4*5*4/4/545赋值符例子=x=5xx-5assignassign(“x”,5)求助符例子?parhelp()help(par)整除%/%5%/%3余数%5%3,向量,数值型text(exp(1i*2*pi*(1:K)/K),col=2,cex=2)par(ann=F,new=T)plot(1:10,1:10,main=text(.)examplesn,+sub=RisGNU,butnot.)mtext(Latin-1accentedchars:,side=3)points(c(6,2),c(2,1),pch=3,cex=5,col=green)text(6,2,thetextisCENTEREDaround(x,y)=(6,2)bydefault,col=4,cex=.8)text(2,1,orLeft/Bottom-JUSTIFIEDat(2,1)byadj=c(0,0),+adj=c(0,0)text(4,9,expression(hat(beta)=(Xt*X)-1*Xt*y),col=8)text(4,8.4,expression(hat(beta)=(Xt*X)-1*Xt*y),col=11,cex=2)text(4,7,expression(bar(x)=sum(frac(xi,n),i=1,n),col=12,cex=2)title(text(.)examplesn),legendandgrid,legend(x,y=NULL,legend,fill=NULL,col=par(col),lty,lwd,pch,angle=45,density=NULL,bty=o,bg=par(bg),box.lwd=par(lwd),box.lty=par(lty),box.col=par(fg),pt.bg=NA,cex=1,pt.cex=cex,pt.lwd=lwd,xjust=0,yjust=1,ersp=1,ersp=1,adj=c(0,0.5),text.width=NULL,text.col=par(col),merge=do.linespdf(overlap.CF_ANT.Methylation.level.region.relation.pdf,height=8,width=12);x=0:10y=4+8*xpar(bty=7,mar=c(9,8,2,0.5),mgp=c(5,1,0);n-data.frame(mt,c(2:8)barplot(t(as.matrix(n),col=c(2:8),axes=F,ylim=c(0,0.12),width=1,beside=T,ylab=Relativemethylaionlevel,cex.lab=2);axis(1,at=y,lab=F)text(y-1,-0.017,labels=mt,1,srt=45,xpd=T,cex=1.7,font.lab=2,cex.lab=2)axis(2,las=1,cex.axis=1.8,font.axis=2)legend(topright,legend=c(CF_Egg,CF_larva,CF_Major,CF_Minor,CF_male,CF_Q,CF_VQ),pch=15,col=c(2:8),cex=1.5);,barplot2charts,library(gplots)hh-t(VADeaths)1,1mybarcol-gray20ci.l-hh*0.85ci.u-hh*1.15barplot2(hh,ci.l=ci.l,ci.u=ci.u,plot.ci=TRUE,col=3,axes=F),barplot2charts,library(gplots)hh-t(VADeaths),5:1mybarcol-gray20ci.l-hh*0.85ci.u-hh*1.15mpplot(hc3,hang=-1);plot(hc4,hang=-1)par(opar)d0.4),col=terrain.colors,trace=none,=none,Rowv=NA,labRow=,labCol=c(FEM,NFEM,SRM,NSRM)heatmap.2(z,xlab=,ylab=,na.rm=T,revC=T,keysize=2,symkey=min(x0.4),col=topo.colors,trace=none,=none,Rowv=NA,labRow=,labCol=c(FEM,NFEM,SRM,NSRM)heatmap.2(z,xlab=,ylab=,na.rm=T,revC=T,keysize=1.8,symkey=min(x0.4),col=rainbow,trace=none,=none,Rowv=NA,labRow=,labCol=c(FEM,NFEM,SRM,NSRM)heatmap.2(z,xlab=,ylab=,na.rm=T,revC=T,keysize=1.8,symkey=min(x0.4),col=heat.colors,trace=none,=none,Rowv=NA,labRow=,labCol=c(FEM,NFEM,SRM,NSRM)heatmap.2(z,xlab=,ylab=,na.rm=T,revC=T,keysize=1.8,symkey=min(x0.4),col=gray.colors,trace=none,=none,Rowv=NA,labRow=,labCol=c(FEM,NFEM,SRM,NSRM),练习题,1./ifs5/PC_PA_UN/ANIMAL/USER/GROUP2/jinlijun/Rcourse/barplot.txt将这个文件的数据可视化。（barplot）2./ifs5/PC_PA_UN/ANIMAL/USER/GROUP2/jinlijun/Rcourse/pie.txt将这个文件的数据可视化。（pie）3./ifs5/PC_PA_UN/ANIMAL/USER/GROUP2/jinlij