MATERIALS STUDIO

1、materials studio materials studio学习资料 1、问：用ms构造晶体时要先确立空间群,可是那些空间群的代码是啥意思啊,看不懂,我想做的是聚乙烯醇的晶体,嘿嘿,也不知道去哪 可以查到它的空间群 答：a、要做晶体，首先要查询晶体数据，然后利用晶体数据再建立模型。晶体数据主要是文献，或者一些数据库，比如ccdc。 你都不知道这个晶体是怎么样的，怎么指定空间群呢？要反过来做事情哦：） b、我不知道你指示的代码是数字代码还是字母代码,数字代码它对应了字母的代码，而字母的代码它含盖了一些群论的知识(晶系,对 称操作等),如果要具体了解你的物质或者材料属于那一个群，你可以查阅一

2、下相关的手册,当然你要了解一些基本的群论知识.ms自带 了一些材料的晶体结构,你可以查询一下. 2、问：各位高手，我用ms中的castep进行运算。无论cpu是几个核心，它只有一个核心在工作。这个怎么解决呢？ 答：请先确认以下几个问题： 1，在什么系统下装，是否装了并行版本。 2，计l 现在运行rundmol3.sh时，脚本停在 $ms_install_root/mpich/bin/mpirun $nolocal -np $nproc $ms_install_root/dmol3/bin/dmol3_mpi.exe $rootname $dmol3_data 这一处，没法执行这一命令 并行运算

3、时，出现以下pixxxx(x为数字)输出 ibm-console 0 /home/: error while loading shared libraries: libcxa.so.3: cannot open shared object file: no such file or directory 答：假如你有materials studio 3.1的iso版本以及licene.dat。在linux机器上的用户名为firefox。下面是安装materials studio3.1 linux版本的步骤 1、假定把materials studio3.1的iso文件mount到/home/fir

4、efox/ms目录，切换到root帐号下，然后用下面的命令如下： mount -o loop /home/firefox/ms_modeling.iso /home/firefox/ms 2、文件mount上去后，退出root帐号，回到firefox帐号。然后到/home/firefox/ms/unix目录，运行下面的： ./install 3、开始按提示安装了 1）、指定你要materials studio安装到的目录，比如/home/firefox/materialsstudio 2）、下面就是指定你所需要安装的模块了，根据自己的需要选择，当然也可以全部选上 3）、然后指定你license

5、_pack所在的目录，我们假定也是放到/home/firefox/materialsstudio/license_pack目录中，那么先建 立这样的目录：mkdir /home/firefox/materialsstudio/license_pack 接着按提示enter。开始安装licens_pack了。 4）、下面把你所得到的licene文件msilic.lic拷贝到 /home/firefox/materialsstudio/license_pack/licenses目录中，并改名为 msilicense.dat。 5)、把/home/firefox/materialsstudio/li

6、cense_pack/licenses/msilicense.dat完整的文件名按提示输入。这些完成后。就基本 安装好了。下面就是把gateway运行起来。 4、到/home/firefox/materialsstudio/gateway目录，运行下面的命令： ./msgateway_control_18888 start 提示说gateway start succeeded - running as process xxxx。后，就启动成功了。 5、在ie的地址栏输入，127.0.0.1:18888/ ; 则页面会显示该机器上已经安装好的计算模块 基本就安装成功了。(注意之处：不要用root

7、安装它)。 7、问：我想对nayf4的电子云分布进行模拟计算,请各位高手指点怎么计算? 如果有nayf4的结构的话,请分享一下. 答：如果是晶体的话，可以找相关的文献看晶格常数和原子坐标，自己构建模型后计算 如果没有文献，可以上无机晶体结构数据库icsd查询，如果查到，直接导出来 就可以用ms算了 电子云分布算一下电子密度就可以了 可以用dmol和castep 如果要某个轨道的电子云，dmol算homolumo上下若干个轨道 castep算能带 最后那visulizer看电子云密度图就ok了 8、问：各位高手请教一下用demolj计算分子轨道怎么看humo,lumo图，其中的黄色蓝色代表什么啊

8、，谢谢了 答：dmol计算的时候选择properties里面的orbitals 把homo和lumo选上 然后计算，算完以后打开analysis对话框 选择orbitals，就看到你算的homo和lumo了，然后import就在模型中可以看见homo和lumo了 9、求助有ms并行计算经验的朋友解答一下 我虽然在linux cluster并行成功了，但是并行的时候cpu计算利用率很不均衡也不稳定 有时候100%有时候0% 而且计算到一定程度的时候会变换运行程序在linux中的进程名 换了一次之后cpu使用就开始出现不均衡的情况，有一个cpu 90%+，别的都是2-5%的样子进程处与sleepi

9、ng状态只有那一个cpu在run 另外说一下我每个节点的硬件配置相同，用的是castep模块，k点数是cpu数的整数倍，但是算能带的时候不知道如何调节k点数目， 不均衡不知道是不是算能带的时候导致k点在每个cpu上分布不均造成的 还想问一下 我各个节点都是同一个交换机下的机器，nfs的效率如何评估 答：a、你应该看看内存的使用率,一般如果内存不足,会造成你说的现象 b、所有节点空闲内存都在50%以上啊，发现只有一个节点的cpu占用的厉害 别的不超过10% c、你选用的几个cpu进行计算,如果是一个,那就是你发生的问题原因,如果不是一个,而是选择几个cpu进行计算,那么应该是节点之间 的通讯问题

10、了,这需要进行机群的的调节了 10、问：castep能算pdos的自旋情况吗 答：可以计算体系的自旋态密度 alpha和beta分别为自旋向上和自旋向下 total spin是总自旋 计算的时候必须把自旋极化spin polarized 选上才能画自旋态密度 11、问：大家帮忙看看这是什么问题 我再用demol计算动力学的时候,不管怎么设置参数它老出现这个提示 error: scf iterations not converged in 50 iterations message: scf not converging. choose or set you may also need to c

11、hange spin or use symmetry resubmit dmol3 message: dmol3 job failed error: dmol3 exiting 请教高手这是什么原因啊? 答：scf not converging. choose or set 无法收敛，加大计算步数。 你错误的原因是体系在50步内不能收敛,你可以增加收敛计算步数,比如增加到100 系统提示你改变和的设置参数(这两个参数在设置对话框中),还提出建议让你改变自旋和对 称设置来试一试。 不收敛，解决方法一加大圈数，dmol3 calculationselectronic标签下more选项scf选项，中max. scf cycles加大，最多 1000圈，如果1000圈收敛不了 就用方法二，加大smearing 在scf标签下把orbital occypancy下面的勾打上，然后设置smearing 设置重小到大逐渐增大，smearing如果很大，虽然能收敛但是最后的构型有问题。 做ms计算，我的感觉是没有必要一步算到位，就是说你的计算精度（能量，力等等）可以一步一步来，或者是smearing慢慢变小，这 样容易收敛些。 12、新手请教几个不专业的问题 1.(1x