



下载本文档
版权说明:本文档由用户提供并上传,收益归属内容提供方,若内容存在侵权,请进行举报或认领
文档简介
1、.原位杂交探针大体可分为三类:寡核苷酸探针,cDNA探针,RNA探针。寡核苷酸探针由25bp左右的核苷酸组成,通常可以由公司合成,由于其序列较短,因此特异性较强,原位杂交时可以区分家族基因,同一基因的不同剪切体,cDNA探针长约500bp左右,可以通过非对称PCR扩增合成,由于探针式DNA,可以有效的避免降解,但DNA和RNA的结合不如RNA与RNA结合强,通常不采用,RNA探针长约500bp左右,通过体外转录合成,如果设计合理,其特异性是可以得到保证的,其主要缺点是容易被RNAse酶降解。查看原位杂交相关的文献发现,2000年以前的原位杂交常使用放射性标记的寡核苷酸探针,通过胶片曝光来显色,
2、2000年以后的文献常使用RNA探针。许多肾脏发育的文献虽然有很多原位杂交数据,但却没有附带上探针序列或者用于探针模板克隆的引物,通过了解厦门黄老师斑马鱼和昆明毛炳宇爪蟾中原位杂交探针设计方法,我们可以采用RNA探针。文献中很难找到关于RNA探针设计的原则,有的文献报道直接用cDNA合成RNA探针。借鉴爪蟾中原位杂交探针设计流程,以小鼠FGF10的探针设计为例进行介绍。1. 在NCBI数据库中下载该FGF10的mRNA全序列,然后用FGF10的全长在NCBI中进行BLAST比对分析,比对数据库选择mouse genome+transcript,比对程序选择somewhat similar se
3、quence。 Zebrafish seqRNAs得出的比对结果中有一幅图谱,显示比对序列与数据库中序列的相似性,探针应设计在与其它基因不存在明显相似性的区段,在比对结果的图谱中选择可变区。如下图黑色框区域。2. 估计黑色框碱基在FGF10 mRNA中的大致范围,在这个范围内选择长约500bp的序列设计探针。根据上图信息,我们选择FGF1030003800的范围进行探针设计。agcac agaggcacaa tgctttggtt tatgggtata ggttgcattt 3301 tgtggtgttc tttcaacttg ttttctgaca aatgggattt ttaaaatgta t
4、acttcttgt 3361 ggttggattc tgtatgttag agtttaattg gtaactgagt ctaaaggctc taatgtaatg 3421 aatctctaga agaactaggt atcttttttt acttttattt taaaataata attatacctg 3481 acacatgacc atggaccacc cacaaccaaa attaaatgtt tggggagaca aactatagta 3541 ttcagtgaca agggtaacag caaatagtgc agacgttgga ttcttatttc actttgccat 3601 t
5、tagattact aaagagacta tgtgtaaaca gtcatcatta tagtactcaa gacattaaac 3661 agcttctagc aaaatgtatc aaagcttgca gagtccaaaa atagaaaaca tctttccccc 3721 tctcccaccc tacatttccc cctgtatgca tcctaacaga gat底纹标注的为引物序列3. 将设计好的探针序列在UCSC上再次比对分析,genome选择mouse,query type选择translated RNA,点击submit,保证搜索出的条目只有目标基因,如果存在其它非目标匹配项(既不是来自FGF基因的序列),则需要重新选择一段探针序列。你可以点击browser浏览一下所设计的探针序列是否是FGF10的序列以及所在位置。在选择探针序列时,尽量选择3端的区域,避开可能的选择性剪切,同时也要避免mRNA的末端序列,因为可能存在翻译终止序
温馨提示
- 1. 本站所有资源如无特殊说明,都需要本地电脑安装OFFICE2007和PDF阅读器。图纸软件为CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.压缩文件请下载最新的WinRAR软件解压。
- 2. 本站的文档不包含任何第三方提供的附件图纸等,如果需要附件,请联系上传者。文件的所有权益归上传用户所有。
- 3. 本站RAR压缩包中若带图纸,网页内容里面会有图纸预览,若没有图纸预览就没有图纸。
- 4. 未经权益所有人同意不得将文件中的内容挪作商业或盈利用途。
- 5. 人人文库网仅提供信息存储空间,仅对用户上传内容的表现方式做保护处理,对用户上传分享的文档内容本身不做任何修改或编辑,并不能对任何下载内容负责。
- 6. 下载文件中如有侵权或不适当内容,请与我们联系,我们立即纠正。
- 7. 本站不保证下载资源的准确性、安全性和完整性, 同时也不承担用户因使用这些下载资源对自己和他人造成任何形式的伤害或损失。
最新文档
- 人防工程施工经济效益和社会效益
- 企业与消费者权益的边界与防范
- 2024-2025学年高中化学 第3章 第3节 用途广泛的金属材料说课稿 新人教版必修1
- 油菜与其他作物的轮作与间作技术
- 教联体发展中的课程体系创新与构建
- 面向未来的智能化高校辅导员培训模式
- 影视产业与地方文化创意产业的互动关系
- 校园应急救护教育的数字化转型与创新应用
- 乡村土地资源优化配置的策略
- 提升服务铸就专业
- 2024智能交通系统架构设计试题及答案
- 热泵技术考试题及答案
- 旅游英语考试试题及答案
- 【课件】人体的骨骼课件北师大版生物七年级下册
- (市质检)莆田市2025届高中毕业班第四次教学质量检测政治试卷(含答案解析)
- 中国2型糖尿病防治指南(2020年版)
- 轮式拖拉机的设计计算书
- 机械手培训图片与课件
- 天津中煤进出口有限公司笔试
- 2024北京通州区三年级(下)期末语文试题及答案
- 看守所业务知识培训课件
评论
0/150
提交评论