伯杰氏细菌系统分类学手册

1、 伯杰氏细菌系统分类学手册伯杰氏细菌系统分类学手册伯杰氏细菌系统分类学手册（“Bergrys Manual of Systematic Bacteriology”），第二版，2001 年春，Springer-Verlag 公司，Gerge M. Garrity, Mattew Winters和Nenise B. Searles 第二版五卷本与第一版相比又有较大改动，与第八、第九版伯杰氏细菌鉴定学手册也有明显区别。它不是根据表型，而是以系统发生（进化）的框架为基础。参照了16S rDNA的序列。编辑们预计在手册第一卷到最后一卷出版的5、6年间，可能会再发现100多个新属。他们会不断修订错误，在后

2、继出版的各卷中，出一个新的分类大纲。伯杰氏手册公司的网站（/bergeys）也会定期更新。第二版的第一卷在2001年5月出版；第二卷在2004年2月出版。 古生菌域 （Domain “Archaea”）1. 第AI门 泉古生菌门(Crenarchaeota phy. nov.)第I纲 热变形菌纲(Thermoprotei class. nov.)第I目 热变形菌目(Thermoproteales)第I科 热变形菌科(Thermoproteaceae)第I属 热变形菌属(Thermoproteus)第II属 热杆菌属(Caldivirga)第III属 热棒菌属(Py

3、robaculum)第IV属 热枝菌属(Thermocladium)第II科 热丝菌科(Thermofilaceae)第I属 热丝菌属(Thermofilum)第II目 硫还原古球菌目(Desulfurococcales ord. nov.)第I科 硫还原古球菌科(Desulfurococcaceae)第I属 硫还原古球菌属(Desulfurococcus)第II属 (Acidolobus)第III属 气热菌属(Aeropyrum)第IV属 浆果状火球菌属(Ignicoccus)第V属 葡萄嗜热菌属(Staphylothermus)第VI属 斯梯特氏菌属(Stetteria)第VII属 恐硫球

4、菌属(Sulfophobococcus)第VIII属 热盘菌属(Thermodiscus gen. nov.)第IX属 耐热球菌属(Thermosphaera)第II科 热网菌科(Pyrodictiaceae)第I属 热网菌属(Pyrodictium)第II属 栖高温菌属(Hyperthermus)第III属 热叶菌属(Pyrolobus)第III目 硫化叶菌目(Sulfolobales)第I科 硫化叶菌科(Sulfolobaceae)第I属 硫化叶菌属(Sulfolobus)第II属 酸菌属(Acidianus)第III属 生金球菌属(Metallosphaera)第IV属 栖冥河菌属(St

5、ygiolobus)第V属 硫代谢球菌属(Sulfurisphaera)第VI属 硫化球菌属(Sulfurococcus)2.第AII门 广古生菌门(Euryarchaeota phy. nov.)第I纲 甲烷杆菌纲(Methanobacteria class. nov.)第I目 甲烷杆菌目(Methanobacteriales)第I科 甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae)第I属 甲烷杆菌属(Methanobacterium)第II属 甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)第III属 甲烷球形菌属(Methanosphaera)第IV属 甲烷嗜热杆菌属(Metha

6、nothermobacter)第II科 甲烷嗜热菌科(Methanothermaceae)第I属 甲烷嗜热菌属(Methanothermus)第II纲 甲烷球菌纲(Methanococci class. nov.)第I目 甲烷球菌目(Methanococcales)第I科 甲烷球菌科(Methanococcaceae)第I属 甲烷球菌属(Methanococcus)第II属 甲烷嗜热球菌属(Methanothermococcus gen. nov.)第II科 甲烷热球菌科(Methanocaldococcaceae fam. nov.)第I属 甲烷热球菌属(Methanocaldococcus

7、 gen. nov.)第II属 甲烷干热菌属(Methanotorris gen. nov.)第II目 甲烷微菌目(Methanomicrobiales)第I科 甲烷微菌科(Methanomicrobiaceae)第I属 甲烷微菌属(Methanomicrobium)第II属 甲烷袋状菌属(Methanoculleus)第III属 产甲烷袋菌属(Methanofollis)第IV属 产甲烷菌属(Methanogenium)第V属 叶形甲烷菌属(Methanolacinia)第VI属 甲烷盘菌属(Methanoplanus)第II科 甲烷粒菌科(Methanocorpusculaceae)第I属

8、 甲烷粒菌属(Methanocorpusculum)第III科 甲烷螺菌科(Methanospirillaceae fam. nov.)第I属 甲烷螺菌属(Methanospirillum)未定属第I属 产甲烷石状菌属(Methanocalculus)第III目 甲烷八叠球菌目(Methanosarcinales)第I科 甲烷八叠球菌科(Methanosarcinaceae)第I属 甲烷八叠球菌属(Methanosarcina)第II属 甲烷拟球菌属(Methanococcoides)第III属 甲烷喜盐菌属(Methanohalobium)第IV属 甲烷嗜盐菌属(Methanohalophi

9、lus)第V属 甲烷叶菌属(Methanolobus)第VI属 甲烷微球菌属(Methanomicrococcus)第VII属 甲烷盐菌属(Methanosalsum gen.nov.)第II科 鬃毛甲烷菌科(Methanosaetaceae fam.nov.)第I属 鬃毛甲烷菌科属(Methanosaeta)第III纲 盐杆菌纲(Halobacteria class. nov.)第I目 盐杆菌目(Halobacteriales)第I科 盐杆菌科(Halobacteriaceae)第I属 盐杆菌属(Halobacterium)第II属 盐盒菌属(Haloarcula)第III属 盐棒杆菌属(H

10、alobaculum)第IV属 盐球菌属(Halococcus)第V属 富盐菌属(Haloferax)第VI属 盐几何形菌属(Halogeometricum)第VII属 盐杆状菌属(Halorhabdus)第VIII属 盐红菌属(Halorubrum)第IX属 盐栖菌属(Haloterrigena)第X属 无色嗜盐菌属(Natrialba)第XI属 钠线菌属(Natrinema)第XII属 嗜盐碱杆菌属（Natronobacterium）第XIII属 嗜盐碱球菌属(Natronococcus)第XIV属 嗜盐碱单胞菌属(Natronomonas)第XV属 碱红菌属(Natronorubrum)

11、第IV纲 热原体纲(Thermoplasmata class. nov.)第I目 热原体目(Thermoplasmatales ord. nov.)第I科 热原体科(Thermoplasmataceae fam. nov.)第I属 热原体属(Thermoplasma)第II科 嗜酸古菌科(Picrophilaceae)第I属 嗜酸古菌属(Picrophilus)第III科 铁原体科(Ferroplasmataceae)第I属 铁原体属(Ferroplasma)第V纲 热球菌纲(Thermococci class. nov.)第I目 热球菌目(Thermococcales)第I科 热球菌科(Th

12、ermococcaceae)第I属 嗜热球菌属(Thermococcus)第II属古老球菌属(Palaeococcus)第III属 热球菌属(Pyrococcus)第VI纲 古生球菌纲(Archaeoglobi class. nov.)第I目 古生球菌目(Archaeoglobales ord. nov.)第I科 古生球菌科(Archaeoglobaceae fam. nov.)第I属 古生球菌属(Archaeoglobus)第II属 铁球菌属(Ferroglobus)第VII纲 甲烷嗜高热菌纲(Methanopyri class. nov.)第I目 甲烷嗜高热菌目(Methanopyrale

13、s ord. nov.)第I科 甲烷嗜高热菌科(Methanopyraceae fam. nov.)第I属 甲烷嗜高热菌属(Methanopyrus)3.细菌域“Bacteria”第BI门 产液菌门(Aquificae phy. nov.)第I纲 产液菌纲(Aquificae class. nov.)第I目 产液菌目(Aquificales ord. nov.)第I科 产液菌科 (Aquificaceae fam. nov.)第I属 产液菌属(Aquifex)第II属 热杆菌属(Calderobacterium)第III属 氢杆菌属(Hydrogenobacter)第IV属 热发状菌属(The

14、rmocrinis)未定属第I属 脱硫杆状菌属(Desulfurobacterium)4.第BII门 栖热袍菌门(Thermotogae phy. nov.)第I纲 栖热袍菌纲(Thermotogae class. nov.)第I目 栖热袍菌目(Thermotogales ord. nov.)第I科 栖热袍菌科(Thermotogaceae fam. nov.)第I属 栖热袍菌属(Thermotoga)第II属 闪烁杆菌属(Fervidobacterium)第III属 地袍菌属(Geotoga)第IV属 石袍菌属(Petrotoga)第V属 栖热腔菌属(Thermosipho)5.第BIII门

15、 热脱硫杆菌门(Thermodesulfobacteria phy. nov.)第I纲 热脱硫杆菌纲(Thermodesulfobacteria class. nov.)第I目 热脱硫杆菌目(Thermodesulfobacteriales ord. nov.)第I科 热脱硫杆菌科(Thermodesulfobacteriaceae fam. nov.)第I属 热脱硫杆菌属(Thermodesulfobacterium)6.第BIV门 异常球菌栖热菌门(Deinococcus-Thermus)第I纲 异常球菌纲(Deinococci class. nov.)第I目 异常球菌目(Deinococ

16、cales)第I科 异常球菌科(Deinococcaceae)第I属 异常球菌属(Deinococcus)第II目 栖热菌目(Thermales ord. nov.)第I科 栖热菌科(Thermaceae fam. nov.)第I属 栖热菌属(Thermus)第II属 稍热菌属(Meiothermus)7.第BV门 金矿菌门(Chrysiogenetes phy. nov.)第I纲 金矿菌纲(Chrysiogenetes class. nov.)第I目 金矿菌目(Chrysiogenales ord. nov.)第I科 金矿菌科(Chrysiogenaceae fam. nov.)第I属 金矿

17、菌属(Chrysiogenes)8.第BVI门 绿屈挠菌门(Chloroflexi phy. nov.)第I纲 绿屈挠菌纲(Chloroflexi)第I目 绿屈挠菌目(Chloroflexales)第I科 绿屈挠菌科 (Chloroflexaceae)第I属 绿屈挠菌属（Chloroflexus）第II属 绿丝菌属(Chloronema)第III属 螺丝菌属(Heliothrix)第II科 颤绿细菌科 (Oscillochloridaceae)第I属 绿颤细菌属(Oscillochloris)第II目 滑柱菌目(Herpetosiphonales)第I科 滑柱菌科(Herpetosiphona

18、ceae)第I属 滑柱菌属(Herpetosiphon)第BVII门 热微菌门(Thermomicrobia phy. nov.)第I纲 热微菌纲(Thermomicrobia class. nov.)第I目 热微菌目(Thermomicrobiales ord. nov.)第I科 热微菌科(Thermomicrobiaceae fam. nov.)第I属 热微菌属(Thermomicrobium)第BVIII门 硝化螺菌门(Nitrospira phy. nov.)第I纲 硝化螺菌纲(Nitrospira)第I目 硝化螺菌目(Nitrospirales)第I科 硝化螺菌科(Nitrospir

19、aceae)第I属 硝化螺菌属(Nitrospira)第II属 钩端螺菌属(Leptospirillum)第III属 磁细菌属(Magnetobacterium)第IV属 热脱硫弧菌属(Thermodesulfovibrio)第BIX门 铁还原杆菌门(Deferribacteres phy. nov.)第I纲 铁还原杆菌纲(Deferribacteres class. nov.)第I目 铁还原杆菌目(Deferribacterales ord. nov.)第I科 铁还原杆菌科(Deferribacteraceae fam. nov.)第I属 铁还原杆菌属(Deferribacter)第II属

20、氮还原弧菌属(Denitrovibrio)第III属 弯枝菌属(“Flexistipes”)第IV属 地弧菌属(Geovibrio)未定属第I属 互养菌属(Synergistes)第BX门 蓝细菌门(Cyanobacteria)第I纲 蓝细菌(Cyanobacteria)第I亚组 第I科第 I形态属 管孢蓝细菌属(Chamaesiphon)第 II形态属 色球蓝细菌属(Chroococcus)第 III形态属 蓝细菌属(Cyanobacterium)第IV形态属 蓝菌属(Cyanobium)第 V形态属 蓝丝菌属(Cyanothece)第VI属 蓝菌属(Dactylococcopsis)第VI

21、I形态属 粘杆菌属(Gloeobacter)第 VIII形态属 粘球蓝细菌属(Gloeocapsa)第 IX形态属 粘杆蓝细菌属(Gloeothece)第 X形态属 微囊蓝胞菌属(Microcystis)第 XI形态属 原绿球菌属(Prochlorococcus)第 XII形态属 原绿蓝细菌属(Prochloron)第 XIII形态属 聚球蓝细菌属(Synechococcus)第XIV形态属 集胞蓝细菌属(Synechocystis)第II亚组第I科第I形态属 蓝囊胞菌属(Cyanocystis)第II形态属 小皮果蓝细菌属(Dermocarpella)第III形态属 斯塔尼尔氏菌属(Stan

22、ieria)第IV形态属 异球蓝细菌属(Xenococcus)第II科第I形态属 拟色球蓝细菌属(Chroococcidiopsis)第II形态属 粘八叠球菌属(Myxosarcina)第III形态属 宽球蓝细菌属(Pleurocapsa)第III亚组 第一科第I形态属 节螺蓝细菌属(Arthrospira)第II形态属 博氏蓝细菌属(Borzia)第III形态属 发毛针蓝细菌属(Crinalium)第IV形态属 吉特勒氏线状蓝细菌属(Geitlerinema)第V属 盐螺旋藻属(Halospirulina)第VI形态属 纤发鞘丝蓝细菌属(Leptolyngbya)第VII形态属 湖丝蓝细菌属

23、(Limnothrix)第VIII形态属 鞘丝蓝细菌属(Lyngbya)第IX形态属 微鞘蓝细菌属(Microcoleus)第X形态属 颤蓝细菌属(Oscillatoria)第XI形态属 浮霉丝状蓝细菌属(Planktothrix)第XII形态属 原绿丝蓝细菌属(Prochlorothrix)第XIII形态属 假鱼腥蓝细菌属(Pseudanabaena)第XIV形态属 螺旋蓝细菌属(Spirulina)第XV形态属 斯塔尔氏蓝细菌属(Starria)第XVI形态属 束蓝细菌属(Symploca)第XVII形态属 束毛蓝细菌属(Trichodesmium)第XVIII形态属 灰线蓝细菌属(Tyc

24、honema)第IV亚组第I科第I形态属 鱼腥蓝细菌属(Anabaena)第II形态属 项圈蓝细菌属(Anabaenopsis)第III形态属 蓝束丝蓝细菌属(Aphanizomenon)第IV形态属 蓝螺菌属(Cyanospira)第V形态属 拟筒孢蓝细菌属(Cylindrospermopsis)第VI形态属 筒孢蓝细菌属(Cylindrospermum)第VII形态属 节球蓝细菌属(Nodularia)第VIII形态属 念珠蓝细菌属(Nostoc)第IX形态属 伪枝蓝细菌属(Scytonema)第II科第I形态属 眉蓝细菌属(Calothrix)第II形态属 胶须蓝细菌属(Rivulari

25、a)第III形态属 单歧蓝细菌属(Tolypothrix)第V亚组第I科第I形态属 拟绿胶蓝细菌属(Chlorogloeopsis)第II形态属 飞氏蓝细菌属(Fischerella)第III形态属 吉特勒氏蓝细菌属(Geitleria)第IV形态属 (Iyengariella)第V形态属 拟念珠蓝细菌属(Nostochopsis)第VI形态属 真枝蓝细菌属(Stigonema)第BXI门 绿菌门(Chlorobi phy. nov.)第I纲 “绿菌纲”(“Chlorobia”)第I目 绿菌目(Chlorobiales)第I科 绿菌科(Chlorobiaceae)第I属 绿菌属(Chlorob

26、ium)第II属 绿臂菌属(Ancalochloris)第III属 绿滑菌属(Chloroherpeton)第IV属 暗网菌属(Pelodictyon)第V属 突柄绿菌属(Prosthecochloris)第BXII门 变形杆菌门(Proteobacteria phy. nov.)第I纲 “阿耳法变形杆菌纲”(“Alphaproteobacteria”)第I目 红螺菌目(Rhodospirillales)第I科 红螺菌科 (Rhodospirillaceae)第I属 红螺菌属(Rhodospirillum)第II属 固氮螺菌属(Azospirillum)第III属 磁螺菌属(Magnetosp

27、irillum)第IV属 棕色螺菌属(Phaeospirillum)第V属 红篓菌属(Rhodocista)第VII属 红螺旋菌属(Rhodospira)第VII属 海玫瑰菌属(Rhodothalassium)第VIII属 玫瑰弧菌属(Rhodovibrio)第IX属 蔷薇螺菌属(Roseospira)第X属 斯科曼氏球菌属(Skermanella)第II科 醋杆菌科(Acetobacteraceae)第I属 醋杆菌属(Acetobacter)第II属 嗜酸菌属(Acidiphilium)第III属 酸球形菌属(Acidisphaera)第IV属 酸胞菌属(Acidocella)第V属 酸单胞

28、菌属(Acidomonas)第VI属 (Asaia)第VII属 脆弱球菌属(Craurococcus)第VIII属 葡糖酸醋杆菌属(Gluconacetobacter)第IX属 葡糖杆菌属(Gluconobacter)第X属 副脆弱球菌属(Paracraurococcus)第XI属 红球形菌属(Rhodopila)第XII属 玫瑰球菌属(Roseococcus)第XIII属 星状菌属(Stella)第XIV属 扎瓦尔金氏菌属(Zavarzinia)第II目 立克次氏体目(Rickettsiales)第I科 立克次氏体科(Rickettsiaceae)第I属 立克次氏体属(Rickettsia)

29、第II属 东方体属(Orientia)第III属 沃尔巴克氏体属(Wolbachia)第II科 埃里希氏体科(Ehrlichiaceae)第I属 埃里希氏体属(Ehrlichia)第II属 埃及小体属(Aegyptianella)第III属 无形小体属(Anaplasma)第IV属 考德里氏体属(Cowdria)第V属 新立克次氏体属(Neorickettsia)第VI属 (Xenohaliotis)第III科 “全孢螺菌科”(“Holosporaceae”)第I属 全孢螺菌属(Holospora)第II属 杀手杆菌屑(Caedibacter)第III属 溶菌属(Lyticum)第IV属 多核

30、杆菌属(Polynucleobacter)第V属 类杀手杆菌属(Pseudocaedibacter)第VI属 共生小体属(Symbiotes)第VII属 罩杆菌属(Tectibacter)第VIII属 (Odyssella)第III目 红杆菌目(Rhodobacterales)第I科 红杆菌科(Rhodobacteraceae)第I属 红杆菌属(Rhodobacter)第II属 阿赫兰氏菌属(Ahrensia)第III属 下水道球菌属(Amaricoccus)第IV属 南极杆菌属(Antarctobacter)第V属 芽殖杆菌属(Gemmobacte r)第VI属 海氏菌属(Hirschia)

31、第VII属 生丝单胞菌属(Hyphomonas)第VIII属 海洋杆状菌属(Maricaulis)第IX属 甲基盒菌属(Methylarcula)第X属 十八杆菌属(Octadecabacter)第XI属 副球菌属(Paracoccus)第XII属 小红卵菌属(Rhodovulum)第XIII属 玫瑰菌属(Roseibium)第XIV属 (Roseinatronobacter)第XV属 粉红活动菌属(Roseivivax)第XVI属 玫瑰杆菌属(Roseobacter)第XVII属 玫瑰变色菌属(Roseovarius)第XVIII属 红色单胞菌属(Rubrimonas)第XIX属 鲁杰氏菌属

32、(Ruegeria)第XX属 箭头菌属(Sagittula)第XXI属 斯塔雷氏菌属(Staleya)第XXII属 斯塔普氏菌属(Stappia)第XXIII属 亚硫酸盐杆菌属（Sulfitobacter）第IV目 鞘氨醇单胞菌目(“Sphingomonadales”)第I科 鞘氨醇单胞菌科(“Sphingomonadaceae”)第I属 鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）第II属 芽单泡菌属(Blastomonas)第III属 赤细菌属(Erythrobacter)第IV属 赤微菌属(Erythromicrobium)第V属 红单胞菌属(Erythromonas)第VI属 产卟啉杆菌

33、属(Porphyrobacter)第VII嘱 根单胞菌属(Rhizomonas)第VIII属 橙色杆菌属（Sandaracinobacter）第IX属 发酵单咆菌属(Zymomonas)第V目 柄杆菌目(Caulobacterales)第I科 柄杆菌科(Caulobacteraceae)第I属 柄杆菌属(Caulobacter)第II属 不粘柄菌属(Asticcacaulis)第III属 短波单胞菌属(Brevundimonas)第IV属 苯基杆菌属(Phenylobacterium)第VI目 “根瘤菌目”(“Rhizobiales”)第I科 根瘤菌科(Rhizobiaceae)第I属 根瘤菌

34、属(Rhizobium)第II属 土壤杆菌属(Agrobacterium)第III属 嗜碳菌属(Carbophilus)第IV属 螯合杆菌属(Chelatobacter)第V属 剑菌属(Ensifer)第VI属 中华根瘤菌属(Sinorhizobium)第II科 巴尔通氏体科(Bartonellaceae)第I属 巴尔通氏体属(Bartonella)第III科 市鲁氏菌科(Brucellaceae)第I属 布鲁氏菌属(Brucella)第II属 枝面菌属(Mycoplana)第III属 苍白杆菌属(Ochrobactrum)第IV科 “叶瘤杆菌科”(“Phyllobacteriaceae”)第

35、I属 叶瘤杆菌属(Phyllobacterium)第 II属 异根瘤菌属(Allorhizobium)第III属 氨基杆菌属(Aminobacter)第IV属 污水菌属(Aquamicrobium)第V属 废水杆菌属(Defluvibacter)第VI属 中间根瘤菌属(Mesorhizobium)第VII属 假氨基酸杆菌属(Pseudaminobacter)第V科 “甲基孢囊菌科”(“Methylocystaceae”)第I属 甲基孢囊菌属(Methylocystis)第II属 甲基球形菌属(Methylopila)第III属 甲基弯曲菌属(Methylosinus)第VI科 “拜叶林克氏菌科

36、”(“Beijerinckiaceae”)第I属 拜叶林克氏菌属(Beijerinckia)第II属 螯台球菌属(Chelatococcus)第III属 德克斯氏菌属(Derxia)第IV属 （Methylocella）第VII科 “慢生根瘤菌科”(“Bradyrhizobiaceae”)第I属 慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium)第II属 阿菲波菌属(Afipia)第III属 土壤单胞菌属(Agromonas)第IV属 芽生杆菌属(Blastobacter)第V属 包西氏菌属(Bosea)第VI属 硝化杆菌属(Nitrobacter)第VII属 寡养菌属(Oligotropha)第V

37、III属 红假单胞菌属(Rhodopseudomonas)第VIII科 生丝微菌科(Hyphomicrobiaceae)第I属 生丝微菌属(Hyphomicrobium)第II属 臂微菌属(Ancalomicrobium)第III属 屈曲杆菌属(Ancylobacter)第IV属 角微菌属(Angulomicrobium)第V属 水杆菌属(Aquabacter)第VI属 固氮根瘤菌属(Azorhizobium)第VII属 绿芽菌属(Blastochloris)第VIII属 戴沃斯菌属(Devosia)第IX属 双歧微菌属(Dichotomicrobium)第X属 线状微球菌属(Filomicr

38、obium)第XI属 芽殖菌属(Gemmiger)第XII属 双头菌属(Labrys)第XIII属 耗甲基杆菌属(Methylorhabdus)第XIV属 土微菌属(Pedomicrobium)第XV属 突柄微菌属(Prosthecomicrobium)碧XVI属 红微菌属(Rhodomicrobium)第XVII属 红游动菌属(Rhodoplanes)第XVIII属 塞里伯氏菌属(Seliberia) 第 XIX属 (Starkeya)第XX属 黄色杆菌属(Xanthobacter)第IX科 “甲基杆菌科”(“Methylobacteriaceae”)第I属 甲基杆菌属(Methylobac

39、terium)第II属 甲基杆菌属(Protomonas)第III属 玫瑰单胞菌属(Roseomonas)第X科 “红菌科”(“Rhodobiaceae”)第I属 红菌属(Rhodobium)第II纲 “贝塔变形杆菌纲”(“Betaproteobacteria”)第I目 “伯克霍尔德氏菌目”(“Burkholderiales”)第I科 “伯克霍尔德氏菌科”(“Burkholderiaceae”)第I属 伯克霍尔德氏菌属(Burkholderia)第II属 贪铜菌属(Cupriavidus)第III属 劳特罗普氏菌属(Lautropia)第IV属 (Pandoraea)第V属 热丝菌属(Ther

40、mothrix)第II科 “罗尔斯通氏菌科”(“Ralstoniaceae”)第I属 罗尔斯通氏菌属(Ralstonia)第III科 “草酸杆菌科”(“Oxalobacteraceae”)第I属 草酸杆菌属(Oxalobacter)第II属 杜擀氏菌属(Duganella)第III属 草螺菌属(Herbaspirillum)第IV属 紫色杆菌属(Janthinobacterium)第V属 (Massilia)第VI属 地神菌属(Telluria)第IV科 产碱杆菌科(Alcaligenaceae)第I属 产碱杆菌属(Alcaligenes)第II属 无色杆菌属(Achromobacter)第I

41、II属 鲍特氏菌属(Bordetella)第IV属 居鸽菌属(Pelistega)第V属 萨特氏菌属(Sutterella)第VI属 泰勒氏菌属(Taylorella)第V科 丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)第I属 丛毛单胞菌属(Comamonas)第II属 食酸菌属(Acidovorax)第III属 水杆菌属(Aquabacterium)第IV属 短单胞菌属(Brachymonas)第V属 戴尔福特菌属(Delftia)第VI属 氢噬胞菌属(Hydrogenophaga)第VII属 艾德昂菌属(Ideonella)第VIII属 纤发菌属(Leptothrix)第IX属 极胞菌属(

42、Polaromonas)第X属 红育菌属(Rhodoferax)第XI属 玫瑰色半光合菌属(Roseateles)第XII属 红长命菌属(Rubrivivax)第XIII属 球衣菌属(Sphaerotilus)第XIV属 (Tepidimonas)第XV属 硫单胞菌属(Thiomonas)第XVI属 贪噬菌属(Variovorax)第II目“嗜氢菌目”(“Hydrogenophilales”)第I科“嗜氢菌科”(“Hydrogenophilaceae”)第I属 嗜氢菌属(Hydrogenophilus)第II属 硫杆菌属(Thiobacillus)第III目 “嗜甲基菌目”(“Methylop

43、hilales”)第I科 “嗜甲基菌科”(“Methylophilaceae”)第I属 嗜甲基菌属(Methylophilus)第II属 甲基小杆菌属(Methylobacillus)第III属 食甲基菌属(Methylovorus)第IV目 奈瑟氏球菌目(“Neisseriales”)第I科 奈瑟氏球菌科(Neisseriaceae)第I属 奈瑟氏球菌属(Neisseria)第II属 小链菌属(Alysiella)第III属 水螺菌属(Aquaspirillum)第IV属 链状球菌属(Catenococcus)第V属 色杆菌属(Chromobacterium)第VI属 艾肯氏菌属(Eiken

44、ella)第VII属 甲酸弧菌属(Formivibrio)第VIII属 紫色小杆菌属(Iodobacter)第IX属 金氏菌属(Kingella)第X属 微枝杆菌属(Microvirgula)第XI属 嗜脯氨酸菌属(Prolinoborus)第XII属 西蒙斯氏菌属(Simonsiella)第XIlI属 透明颤菌属(Vitreoscilla)第XIV属 福格斯氏菌属(Vogesella)第V目 “亚硝化单胞菌目”(“Nitrosomonadales”)第I科 “亚硝化单胞菌科”(“Nitrosomonadaceae”)第I属 亚硝化单胞菌属(Nitrosomonas)第II属 亚硝化螺菌属(N

45、itrosospira)第II科 螺菌科(Spirillaceae)第I属 螺菌属(Spirillum)第III科 嘉利翁氏菌科(Gallionellaceae)第I属 嘉利翁氏菌属(Gallionella)第VI目 “红环菌目”(“Rhodocyclales”)第I科 红环菌科 (Rhodocyclaceae)第I属 红环菌属(Rhodocyclus)第II属 固氮弧菌属(Azoarcus)第III属 (Azonexus)第IV属 固氮螺菌属(Azospira)第V属 固氮弧菌属(Azovibrio)第VI属 铁杆菌属(Ferribacterium)第VII属 丙酸杆状菌属(Propioni

46、bacter)第VIII属 丙酸弧菌属(Propionivibrio)第IX属 索氏菌属(Thauera)第X属 动胶菌属(Zoogloea)第III纲 “伽马变形菌纲”(“Gammaproteobacteria”)第I目 “着色菌目“(“Chromatiales”)第I科 着色菌科(Chromatiaceae)第I属 着色菌属(Chromatium)第II属 异着色菌属（Allochromatium）第III属 可变杆菌属(Amoebobacter)第IV属 盐着色菌属(Halochromatium)第V属 盐硫杆菌属(Halothiobacillus)第VI属 等着色菌属(Isochrom

47、atium)第VII属 闪杆菌属(Lamprobacter)第VIII属 闪囊菌属(Lamprocystis)第IX属 海洋着色菌属(Marichromatium)第X属 亚硝化球菌属(Nitrosococcus)第XI属 斐佛氏菌属(Pfennigia)第XII属 杆状色菌属(Rhabdochromatium)第XIII属 热着色菌属(Thermochromatium)第XIV属 硫碱球菌属(Thioalkalicoccus)第XV属 荚硫菌属(Thiocapsa)第XVI属 硫球菌属(Thiococcus)第XVII属 囊硫菌属(Thiocystis)第XVIII属 网硫菌属(Thiodi

48、ctyon)第XIX属 第XX属 盐荚硫菌属(Thiohalocapsa)第XXI属 硫明卵菌属(Thiolamprovum)第XXII属 板硫菌属(Thiopedia)第XXIII属 热红球菌属(Thiorhodococcus)第XXIV属 硫红弧菌属(Thiorhodovibrio)第XXV属 硫螺旋菌届(Thiospirillum)第II科 外硫红螺菌科（Ectothiorhodospiraceae）第I属 外硫红螺菌属(Ectothiorhodospira)第II属 非红单胞菌属(Arhodomonas)第III属 需盐红螺菌属(Halorhodospira)第IV属 硝化球菌属(Ni

49、trococcus)第V属 硫红螺菌属(Thiorhodospira)第II目酸硫杆菌目 (Acidithiobacillales) 第I科酸硫杆状菌科(Acidithiobacillaceae) 第I属酸硫杆状菌属(Acidithiobacillus) 第II科热硫杆状菌科(Thermithiobacillaceae) 第I属热硫杆状菌属(Thermithiobacillus)第III目 “黄单胞菌目”(“Xanthomonadales”)第I科 “黄单胞菌科”(“Xanthomonadaceae”)第I属 黄单胞菌属(Xanthomonas)第II属 弗拉特氏菌属(Frateuria)第I

50、II属藤黄单孢菌属 (Luteimonas)第IV属 溶杆菌属(Lysobacter) 第V属 涅瓦河菌属(Nevskia)第VI属 假黄单胞菌属(Pseudoxanthomonas)第VII属 罗思河小杆菌属(Rhodanobacter)第VIII属 寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)第IX属 木杆菌属(Xylella)第IV目 “心杆菌目”(“Cardiobacteriales”)第I科 心杆菌科(Cardiobacteriaceae)第I属 心杆菌属(Cardiobacterium)第II属 腐蹄杆菌属(Dichelobacter)第III属 萨顿氏菌属(Suttonell

51、a)第V目 “硫发菌目”(“Thiotrichales”)第I科 “硫发菌科”(“Thiotrichaceae”)第I属 硫发菌属(Thiothrix)第II属 无色菌属(Achromatium)第III属 贝日阿托氏菌属(Beggiatoa)第IV属 亮发菌属(Leucothrix)第V属 大单胞菌属(Macromonas)第VI属 硫小杆菌属(Thiobacterium)第VII属 硫珍珠状菌属(Thiomargarita)第VIII属 辫硫菌属(Thioploca)第IX属 硫螺菌属(Thiospira)第II科 “鱼立克次氏体科”(“Piscirickettsiaceae”)第I属 鱼

52、立克次氏体属(Piscirickettsia)第II属 解环菌属(Cycloclasticus)第III属 氢弧菌属(Hydrogenovibrio)第IV属 噬甲基菌属(Methylophaga)第V属 硫微螺菌属(Thiomicrospira)第III科 “弗朗西斯氏菌科”(“Francisellaceae”)第I属 弗朗西斯氏菌属(Francisella)第VI目 “军团菌目”(“Legionellales”)第I科 军团菌科(Legionellaceae)第I属 军团菌属(Legionella)第II科 “考克斯氏体科”(“Coxiellaceae”)第I属 考克斯氏体属(Coxiel

53、la)第II属 立克次氏小体属(Rickettsiella)第VII目 甲基球菌目(Methylococcales)第I科 甲基球菌科(Methylococcaceae)第I属 甲基球菌属(Methylococcus)第II属 甲基杆菌属(Methylobacter)第III属 喜热噬甲基菌属(Methylocaldum)第IV属 甲基微菌属(Methylomicrobium)第V属 甲基单胞菌属(Methylomonas)第VI属 甲基球状菌属(Methylosphaera)第VIII目 “海洋螺菌目”(“Oceanospirillales”)第I科 “海洋螺菌科”(“Oceanospiri

54、llaceae”)第I属 海洋螺菌属(Oceanospirillum)第II属 浴者菌属(Balneatrix)第III属 海床杆菌属(Fundibacter)第IV属 海单胞菌属(Marinomonos)第V属 海螺菌属(Marinospirillum)第VI属 海神单胞菌属(Neptunomonas)第II科 盐单胞菌科(Halomonadaceae)第I属 盐单胞菌属(Halomonas)第II属 食烷菌属(Alcanivorax)第III属 肉胞菌属(Carnimonas)第IV属 色盐杆菌属(Chromohalobacter)第V属 德莱氏菌属(Deleya)第VI属 发酵细菌属(Z

55、ymobacter)第IX目 假单胞菌目(Pseudomonadales)第I科 假单胞菌科(Pseudomonadaceae)第I属 假单胞菌属(Pseudomonas)第II属 氮单胞菌属(Azomonas)第III属 固氮菌属(Azotobacter)第IV属 纤维弧菌属(Cellvibrio)第V属 金色单胞菌属(Chryseomonas)第VI属 黄色单胞菌属(Flaviomonas)第VII属 俊片菌属(Lampropedia)第VIII属 中嗜杆菌属(Mesophilobacter)第IX属 桑葚状球菌属(Morococcus)第X属 寡源杆菌属(Oligella)第XI属 根杆菌属(Rhizobacter)第XII属 皱纹单胞菌属(Rugamonas)第XIII属 蛇形菌属(Serp