网络药理筛选方法简介

1、网络药理虚拟筛选方法简介网络药理虚拟筛选方法简介刘刘 培培2013-2-25什么是网络药理学？v从系统生物学和生物网络平衡的角度阐释疾病从系统生物学和生物网络平衡的角度阐释疾病的发生发展过程；的发生发展过程；v从改善或恢复生物网络平衡的整体观角度认识从改善或恢复生物网络平衡的整体观角度认识药物与机体的相互作用并指导新药发现。药物与机体的相互作用并指导新药发现。 在高通量组学数据分析、计算机模拟计算及在高通量组学数据分析、计算机模拟计算及网络数据库检索的基础上，进行生物网络的网络数据库检索的基础上，进行生物网络的构建及分析，进而进行药物作用机制的研究构建及分析，进而进行药物作用机制的研究及创新药

2、物的发现及创新药物的发现2网络药理学的研究思路v思路一：根据根据公共数据库和公开发表的已有公共数据库和公开发表的已有数据，建立特定药物作用机制网络预测模型，数据，建立特定药物作用机制网络预测模型，预测药物作用靶点预测药物作用靶点/ /机制，从生物网络平衡的机制，从生物网络平衡的角度解析药物作用的药理学机制；角度解析药物作用的药理学机制；v思路二：利用利用各种组学技术以及高内涵各种组学技术以及高内涵/ /高通高通量技术，观察药物对模型量技术，观察药物对模型( ( 分子、细胞、组织分子、细胞、组织或或/ /和动物和动物) ) 的作用或模型对药物的作用，针的作用或模型对药物的作用，针对所产生的大量数

3、据，采用生物信息学的手段对所产生的大量数据，采用生物信息学的手段分析和构建药物分析和构建药物- -靶点靶点- -疾病网络，建立预测模疾病网络，建立预测模型，进而解析所研究药物的网络药理学机制型，进而解析所研究药物的网络药理学机制。3虚拟筛选步骤v一、准备待筛选分子v二、靶点筛选v三、通路筛选v四、网络药理图4一一 、准备待筛选分子、准备待筛选分子Chembiooffice2008以上版本作图，文件以上版本作图，文件格式须为格式须为sdf5二、二、 靶点筛选靶点筛选1/pharmmapper/点击此处上传分子结构，每次只能投入1个分子结构6Jod ID是下载结果的

4、“密码”7下载结果8Fit为分子和靶点的匹配为分子和靶点的匹配度，越度，越高代表越匹配高代表越匹配。靶点名称靶点名称与人类相关的靶点代码与人类相关的靶点代码9三三 、通路的筛选、通路的筛选 将前面工作中得到的与人类相关的靶点代码全部换成类似于P00517 的形式，以投入博奥数据库得到与靶点相关的通路。以靶点PDPK1_HUMAN 为例：/此为蛋白编号靶点蛋白名称10将得到靶点编号投入到博奥数据库http:/ / ），也可使用其他作图软件。），也可使用其他作图软件。17点击对形状和背景进行更

5、改节点连线背景18为了方便对图进行编辑和更改，我们可以导入attributes。令通路等于2，化合物名称等于3。可在此处专一的对化合物、靶点。通路进行更改颜色19也可以专一性的进行形状的更改20网络药理学与实验相关的环节网络药理学与实验相关的环节v基于实验结果构建网络所需基本数据的获取基于实验结果构建网络所需基本数据的获取v对所建立的网络预测模型进行实验验证对所建立的网络预测模型进行实验验证 目前网络药理学研究在实验研究水平所目前网络药理学研究在实验研究水平所涉及的相关技术除了组学涉及的相关技术除了组学( ( 基因组、蛋白质基因组、蛋白质组、代谢组和糖组等组、代谢组和糖组等) ) 技术外，主要包括技术外，主要包括3 3 个方面个方面: :高通量高通量/ /高内涵技术、双高