NTSYS软件使用详细说明资料讲解

1、NTSYS 软 件 使 用 详 细说明Ntsys2.1软件使用详细说明. 数据处理方法1.1：excel5/95格式数据1）首先得到 0/1 数据，输入 excel中，格式如图所示：其中 1 表示数据格式为 rectangular data matrix， 12表示数据共 12 行（本例aflp01.xls。3）采用 NTedit 数据编辑器打开所保存的文件 fileopen file in a grid ，在文 件类型中选择 excel 格式，找到要分析的文件并打开，查看是否有错误，或需要 修改的地方，没有问题后，保存为 .nts 格式。1.2：txt 格式数据1）另一种数据处理方法，首先在

2、 excel 中得到数据，如下图（注意：第 行与第一种方法不同， 1表示数据格式为 rectangular data matrix；12B表示共 12 行（本例中表示 12个个体，行标签位于数据主体的开始， B表示 Beginning of each row）， 30L表示共 30列（本例中表示 30个位点， L ：label表示列标 签）， 0表示无缺失）或者如下图格式（其中第一行为 1 12L 30L 0，解释略；第二行为每行的行标签；第三行为每列的列标签；第四行起为数据主体。）：2）格式及数据都处理好之后，点文件另存为，保存为文本文件 .txt 格式。3）得到 txt 格式文件后，即可直

3、接用 ntsys 进行分析（只要格式正确， ntsys 可以对 txt 文件进行分析，而不用再转换或保存成 .nts 格式）。1.3：直接采用 NTedit 进行数据的输入和保存1）对于数据量不大的数据，可以直接采用 NTedit 进行数据的输入，如图 所示：2）数据输入好后，点击 filesave file 将数据保存 .nts 格式. 计算遗传距离矩阵或相似性矩阵（ distance matrix or similarity matrix ）对于 0/1 数据和定性数据：打开 ntsys 软件，在 similarity 模块中选择simqual， input file 中输入要分析的文件名

4、称，如 aflp01.nts，计算方法中矩阵系 数 coefficient 选择 dice， output file 命名输出文件名称如 aflp01-dice。之后点 compute，得到相似性矩阵。注： 1.本例中由于个体是按行排列的，所以要在 By rows?进行勾选（x 表 选中）。如果个体是按列进行排列的，则不勾选。2. 系数可根据要求选择不同的系数，如 DICE，J，SM，PHI 等。3. DICE，J只能得到相似性矩阵，可以采用 1-dice系数，或者 1-J系数得到 距离矩阵。4. simqual 只针对定性数据或二元数据（ 0/1），对于其它数据如 DNA 数据 则采用 si

5、mgend进行遗传距离计算，对于定量数据或间隔数据则采用simint 计算距离矩阵。三. 聚类分析（ clustering ）3.1 SAHN 进行 upgma聚类分析1）在得到相似性矩阵或距离矩阵文件之后，采用 clustering 模块中的SAHN ，input file 选择相似性矩阵文件，如 aflp01-dice.nts，output file 命名输出 文件的名称，如 aflp01-dice-upgma.nts，聚类方法中选择 upgma，in case of ties选择 find 或者 warn，点击 compute得到结果，在程序左下角可以看到图标， 点击即可得到聚类结果2）

6、Upgma聚类结果如图所示，在该图中可点击 options 菜单对聚类图的文 字格式和线条样式等进行修改，以得到满意的图片。3）Cophenetic相关性检验Upgma 聚类分析之后，为了检验聚类结果的好坏，一般要进行copheneticcorrelation分析，操作如下：在 clustering模块中选择 Coph，如下图， input tree 中输入聚类分析得到的结果文件，如 aflp01-dice-upgma.nts，在输出文件中命名 aflp01-coph.nts，点击 compute，得到 cophenetic值文件。计算完成后在 graphics 模块中选择 MxComp ，在

7、 input file 1 （x）中选择相似性矩阵文件，如 aflp01- dice.nts，在 input file 2 （ y）中选择 coph 计算得到的文件，如 aflp01-coph.nts， number of permutation可选择 1000 次，或不选。点击 compute。计算结束后得到分析结果，会出现矩阵比较图 matrix comparison 和correlation test结果，如下面的两个图所示（相关性系数为 r=0.842，说明聚类结 果较好）。4）upgma聚类分析 batch上述的分析步骤可以采用 batch 进行批处理分析，命令如下（将下面的命 令保

8、存到文本文件，再保存成 *.ntb 格式）： Compute a distance matrix*simqual o=aflp01.nts r=dice.nts c=dice d=row Do a cluster analysis of the distance matrix*sahn o=dice.nts r=tree.nts cm=upgma Display phenogram*tree o=tree.nts Compute cophenetic values*coph o=tree.nts r=coph.nts Compute the cophenetic correlation*mxc

9、omp x=coph.nts y=dice.nts3.2 NJ聚类分析 -Njoin1）得到距离矩阵： Simqual 只能得到各种相似性矩阵，如 DICE或 J相似 性矩阵，但进行 NJ 聚类分析是，需要距离矩阵数据，可以采用 1-相似性矩阵 的方法得到距离矩阵（采用 excel 进行，但比较麻烦，还没有找到快捷的方法。transf命令中好像没有 1-矩阵的操作，只有矩阵 -1 的操作，好像也没有负值变成 正值的操作）。当然也可以采样其它的命令如 simgend 或 simint 得到 DIST 、欧式或其它距离矩阵之后进行 NJ 分析；或者采用其它的分析软件如 Genalex 软件 得到距

10、离矩阵用于 ntsys 分析。2）打开 ntsys的clustering模块，选择 Njoin 命令， input file 中输入距离矩 阵文件，命名保存的 tree 和graph文件， in case of ties中选择 find ， maximum no. tied trees中的数字不能小于 OTUs 的个数。点击 compute，即得到 nj 聚类树。四. PCoA分析或 PCA分析4.1 PCoA 分析1）在得到相似性或距离矩阵之后，在output&transf 模块中选择 Dcenter 命令， input 和 output中分别输入要分析的数据和结果文件的名称。点击 comp

11、ute进行分析，将数据进行 Dcenter 转换。之后在 ordination 模块中选择 eigen，选择要分析的文件，如 dcent.nts，numer ofdimensions中选择 3 或者 2（分别得到三维或二维图形，），命名 eigenvactor和 eigenvalue文件名称，点击 compute，得到分析结果。分析完成后界面上会出现 图标，点击进去可查看二维和三维 图形，并可进行修改保存等操作。2）在得到 eigenvactor文件后，可采用 graphics模块下的 mod3d 命令，显 示 pcoa分析图， input file 中选择保存的 eigenvactor文件，

12、 plot by rows 不选，进行分析，如下图所示。3）进行 mod3d分析时可以在 plot symbol input file 中可输入样本分组文件，如下图所示（其中 1 1 20L 0表示数据类型为 1；共 1行， 20列数据； 0表 无缺失，数据主体为 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2等，表示哪个个体定义的分组为 1，那个为分组 2 等等）在定义分组进行分析后，得到的二维或三维 plot 图中，可以在 plot option中对各个分组显示采用的图标以及字体大小等参数进行修改，如图所示。当然plot symbol input file 也可以不输入，即全部个体为同

13、一分组。注：上述分析采用的是 0/1 或者定性数据，在采用数量或连续数据进行分析时，要先采用 output&transf 模块中的 stand命令对数据进行标准化处理，然 后在采用 simint 命令分析得到相似或不相似矩阵，然后采样 Dcenter 命令对数据进行中心化处理，之后在采用 eigen 命令进行分析。4)PCoA 分析 batch命令五. 相关性分析( mantel test)1）Mantel test 可对两个矩阵的相关关系进行检验，这是由于对于某一特点 的研究对象，可能有不同角度的特征描述，如根据表型数据得到表型距离矩 阵，根据分子数据得到遗传距离矩阵，或者根据样本间地理位置得到地理距离 矩阵，得到这些矩阵数据之后，我们可能会想了解不同描述间有没有相关关系 （如遗传距离与地理距离之间相关性），这时即可进行矩阵的相关性分析。2）具体操作如下：首先根据其它的软件如 AFLPdat 或 Genalex 等软件根据 地理位置计算地理距离矩阵（例如 X），打开 ntsys软件，根据 simint 命令计算 遗传距离矩阵（如 Y），之后在 graphics模块下选择 MxComp ，input file 中选 择要比较的距离矩阵文件，