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文档简介

1、BeforeAfterQuantile normalizationAffymetrix，illumina芯片由于有探针重复，可以利用统计方法计算出一个统计性的P值或者score值，筛选差异表达基因单通道单通道Oligo芯芯片，尤其是片，尤其是affymetrix芯片芯片数据分析用得数据分析用得较多较多双通道双通道cDNA芯片数据分析用得较多芯片数据分析用得较多基因表达数据矩阵基因表达数据矩阵 (Affymetrix GeneChip oligonucleotide arrays)sam/ref基因表达数据矩阵基因表达数据矩阵 (glass slides)数据矩阵数据矩阵, ,基因数远大于样品数

2、基因数远大于样品数 对任意一个基因来说对任意一个基因来说,样本值是特征值样本值是特征值,数据的维数是数据的维数是M对任意一个样本来说对任意一个样本来说,基因值是特征值基因值是特征值,数据的维数是数据的维数是N聚类时考虑基因之间的相似性，从数学上讲聚类时考虑基因之间的相似性，从数学上讲就是看对应的就是看对应的M维数据之间的相似性维数据之间的相似性新算法新算法新角度新角度合并多种方法合并多种方法降维是指将样降维是指将样本从输入空间本从输入空间通过线性或非通过线性或非线性映射到一线性映射到一个低维空间。个低维空间。 降维可以减少无用信息和冗余信息，将高维数据转换降维可以减少无用信息和冗余信息，将高维数据转换为易于处理的低维数据，减少了后续步骤处理的计算量为易于处理的低维数据，减少了后续步骤处理的计算量，当降至三维以下时还可用于可视化技术，当降至三维以下时还可用于可视化技术，从而发挥人从而发挥人在低维空间感知上的优点，发现数据集的空间分布、聚在低维

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