单核苷酸多态性及其应用

1、单核苷酸多态性及其应用单核苷酸多态性及其应用 位于染色体上某一区域的一组相关联的snp等位位点被称作单倍型(haplotype)，相邻snps的等位位点倾向于以一个整体遗传给后代. 根据snp在基因组中的分布位置可分为: 基因编码区snp(csnp) 基因调控区snp(psnp) 基因间随机编码区snp(rsnp) 等三类。 csnp又可分为2种： 同义csnp(synonymous csnp)： 非同义csnp(non-synonymous csnp) 同义csnp： snp所导致的编码序列改变并不影响其所翻译的蛋白质的氨基酸序列，突变碱基与未突变碱基的含义相同； 非同义csnp： 指碱基序

2、列的改变可使以其为蓝本翻译的蛋白质序列发生改变，从而影响蛋白质的功能。这种改变常常是导致生物性状改变的直接原因。 位于基因调控区的snp则会影响基因表达量的多少，因此，这两类snp在功能和疾病发生发展方面具有更重要的意义。 供者受者5 3 taqman 探针探针 供者受者5 3 taqman 探针探针 供者受者5 3 引物目标序列受者5 3 引物 供者目标序列 供者受者 供者受者 焦磷酸测序法 焦磷酸测序法(pyrosequencing)是一种不依赖平板胶或毛细管电泳，不依赖dna的荧光标记/激发/检测体系的序列分析技术，适用于已知序列的dna片段进行验证分析，适用于已知snp的序列验证及基因

3、分型。 焦磷酸测序法主要是由四种酶催化同一反应体系中的酶级联反应: 包括dna聚合酶、硫酸化酶、萤光素酶和双磷酸酶; 反应底物为adenosine 5phosphosulfate(aps)和萤光素。 反应体系还包括待测序的dna单链和测序引物 在每一轮测序反应中，加入一种dntp。 如该dntp与模板配对，聚合酶就可以催化该dntp掺入到引物链中并释放焦磷酸基团(ppi)。 掺入的dntp和释放的焦磷酸的物质的量相等，反应时datp由deoxyadenosine alfa-thio triphosphale(datpas)替代 因为dna聚合酶对datpas的催化效率比对datp的催化效率高，

4、且datp是萤光素酶的底物，datpcts不是。 硫酸化酶催化aps和ppi形成atp，其物质的量和焦磷酸一致。 pcr扩增链亲和素包裹的微孔板 + 碱变性持续缓慢升温 2002年10月，国际人类基因组单体型图计划(hapmap计划)正式启动，截至目前已有超过150万snps被精确定位于各染色体上，并且已根据这些snps对来自4个不同人种的269份dna样品进行了基因分型。 后期目标是要使总密度达到每500bp有一个snp。通过不同个体基因组dna的基因分型和频率计算，绘制更加精密的单倍型图谱。人类基因单体型图的绘制完成，将为我们精确定位复杂疾病(如糖尿病，癌症，心脏病，脑猝和哮喘等)易感基因提供重要信息。 2 snp与疾病易感基因的相关性分析 当一个遗传标记的频率在患者中明显超过非患者时就表明该标记可能与这种疾病相关、随着大量代谢通路和上百万snps的确认，snp作为新一代遗