刘艳北京大学医学图书馆信息咨询部liucybjmueducn

1、刘春艳北京大学医学图书馆信息咨询部pubmed生物医学数据库检索方法与技巧主要内容qpubmedpubmed概况 qpubmed数据来源qpubmed检索机制qpubmed检索运算符qpubmed检索方法q结果的显示、打印、保存q其他辅助功能1. pubmed概况p创建机构：美国国家医学图书馆下设的美国生物技术信息中心(ncbi)n1997年6月开始向全球开放p特色：具有收录范围广、内容全、检索途径多、检索体系完备等特点，部分文献还可在网上直接免费获得全文。2. pubmed数据来源pmedline：poldmedline：pin process citations：每天收录，尚未经规范处理的

2、数据。p超出medline收录期刊范围的一般科学、化学期刊也被标引了主题词。ppublisher-supplied citations：由出版商提供的电子文献。p来自ncbi bookshelf的大部分书和书章节。3. pubmed检索机制n自动转换匹配功能n(automatic term mapping)n截词检索n短语检索n检索框中输入的未加标签的词匹配顺序nmesh(医学主题词)转换表n期刊翻译表n作者全称转换表（2002年以后）n作者索引n研究者 (合作伙伴)全称转换表n研究者(合作伙伴)索引3.1 自动转换匹配功能自动转换匹配功能n如果在以上表中都找不到相匹配的词，pubmed将把短

3、语分开，以单词为单位，分别重复以上的过程，检索时各个词之间是and逻辑关系。如果仍找不到相匹配的词，则用单个词在所有字段查找，各个词之间也是and逻辑关系。nleukemianleukaemiaall fields or leukemiamesh terms or leukemiaall fields人重组三叶因子（human recombinant trefoil factor）n(humansmesh terms or humansall fields or humanall fields) and recombinantall fields and (trefoil factorsupp

4、lementary concept or trefoil factorall fields)3.2 3.2 截词检索截词检索n”*”n如：键入”flavor*”，系统会找到那些前一部分是flavor的单词（如flavored, flavorful, flavoring等），并对其分别进行检索。n如果这类词少于600个，pubmed会逐个词检索，若超过600个（如：ca*），pubmed将显示警告信息，要求增加词汇的开头字母数量。n截词功能只限于单词，对词组无效。如：”infection*”包括”infections”，但不包括”infection control”等。n注意：使用截词检索功能时

5、，pubmed系统会自动关闭词汇转换功能。3.3 3.3 强制检索强制检索n双引号（“”）来强制系统进行短语检索。n例如，在pubmed主页的检索提问框中键入”single cell”，并用双引号引起来，系统会将其作为一个不可分割的词组在数据库的全部字段中进行检索。n使用双引号检索，会自动关闭词汇转换功能。n”single cell” (27203篇结果，篇结果，2015-3-11)nsingle cellall fieldsnsingle cell（393788篇结果，篇结果，2015-3-11 ）n(single personmesh terms or (singleall fields

6、and personall fields) or single personall fields or singleall fields) and (cellsmesh terms or cellsall fields or cellall fields)4. pubmed检索运算符n逻辑运算符nand nornnot逻辑运算符n逻辑“与”运算and： 检索式写成a and b，表示文献中同时包含检索词a和检索词b的文献才是命中文献。 aids and therapy n逻辑“或”运算or： 检索式写成a or b，表示包含检索词a的文献或者包含检索词b的文献或者同时包含检索词a和b的文献为命

7、中文献。 aids or acquired immunodeficiency syndromen逻辑“非”运算not： 检索式写成a not b，表示包含检索词a同时不包含检索词b的文献为命中文献。 hepatitis not animalnip地址：pubmed 网址基本检索高级检索主题检索临床咨询 5. pubmed检索方法n5.1 基本检索n5.2 高级检索n5.3 主题检索n5.4 临床咨询5.1 基本检索mesh主题词、作者、标题、文中单词或短语、期刊名称，或者这些部分的任意组合关键词、词(词组)或短语： 输入任意关键词：liver cancer、lu

8、ng cancer； 带有双引号” ”作为短语检索：”cancer therapy”； 带有连接号”-”作为一个词组检索：interleukin-6。作者：smith j 、 仅知道作者姓，则必须加上字段标识，如： smithau2002年以后的文献若文中有作者全称可用全称检索如：joshua lederberg5.1 基本检索期刊刊名： 可用期刊全称：gene therapyta； 可用期刊简称：jamata；(the journal of the american medical association) 5.1 基本检索n分析该检索课题，包含两个方面： n肝癌：liver cancer；

9、n酒精：alcoholn两个主题之间的逻辑关系是and，即nliver cancer and alcohol 基本检索举例：肝癌和酒精的关系基本检索举例：肝癌和酒精的关系输入：liver cancer and alcohol“肝癌和酒精的关系”的基本检索结果基本检索练习n脊柱后凸（ kyphosis ）引起迟发性瘫痪（ late-onset paralysis ）5.2 高级检索高级检索5.2 高级检索n分析该检索课题，包含两个方面： n作者为：马大龙（ma dl）；n作者单位为： 北京大学（peking university）。 高级检索举例：北京大学医学部马大龙教授发表的文献高级检索举例：

10、北京大学医学部马大龙教授发表的文献输入：ma dlpeking university高级检索举例：北京大学医学部马大龙教授发表的文献高级检索练习nhcv基因型（ genotype ）与t细胞反应的相关性5.3 主题检索n根据medline数据主题标引的规范性，利用主题词进行的研究，对提高查全率、查准率会有相当的帮助。点击mesh database打开主题检索界面高级检索主题检索基本检索5.3 主题检索主题词(headings)：n直接、准确表达主题概念的词或词组。每个概念只能用一个主题词表达如：肿瘤ncancer ncarcinomantumornneoplasmnneoplasmn副主题词：

11、用于对主题词的某一特定方面加以限定，强调主题概念的某些专指方面。n如：治疗（therapy）、外科学（surgery）、n 代谢（metabolism）、 诊断（diagnosis）n主题词与副主题词之间的组配检索，起到对主题词的限定作用，是主题词具有更高的专指性，缩小检索范围，保证检索结果的准确性。n如：白血病的药物治疗n leukemia/drug therapyn但并不是每个副主题词和任何主题词都能进行组配使用，每个副主题词具有一定的专指性，其使用范围仅限于它后面括号内的类目。副主题词(subheadings)：nti - bisoprolol: opportunities in the

12、 treatment of hypertension.nab - bisoprolol (bisoprolol fumarate) - -cardioselective blocker, does not possessn intrinsic sympathomimetic and membrane stabilizing activity. the main indicationsn for bisoprolol are arterial hypertension (ah) and heart failure. this articlen provides an overview of th

13、e literature on the potential uses of bisoprolol in then treatment of hypertension. the features of the pharmacokinetics of the drug. the n data on the effectiveness of bisoprolol in hypertension and tolerability inn patients with concomitant disorders.nau - minushkina lonso - kardiologiia. 2012;52(

14、6):80-5.nmh - adrenergic beta-1 receptor antagonists/administration & dosage/adversen effects/pharmacokineticsnmh - biological availabilitynmh - *bisoprolol/administration & dosage/adverse effects/pharmacokineticsnmh - comorbiditynmh - *coronary disease/complications/drug therapy/physiopathologynmh

15、- *drugs, generic/economics/pharmacokineticsnmh - *heart failure/complications/drug therapy/physiopathologynmh - humansnmh - *hypertension/complications/drug therapy/physiopathologynmh - perioperative care/methodsnmh - therapeutic equivalencynmh - treatment outcomenmh - adrenergic beta-1 receptor an

16、tagonists/administration & dosage/adversen effects/pharmacokineticsnmh - biological availabilitynmh - *bisoprolol/administration & dosage/adverse effects/pharmacokineticsnmh - comorbiditynmh - *coronary disease/complications/drug therapy/physiopathologynmh - *drugs, generic/economics/pharmacokinetic

17、snmh - *heart failure/complications/drug therapy/physiopathologynmh - humansnmh - *hypertension/complications/drug therapy/physiopathologynmh - perioperative care/methodsnmh - therapeutic equivalencynmh - treatment outcome主题词查找nhypertension主题检索举例：长春新碱（vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献n分析该检索课题，有2个概念：长春

18、新碱（vincristine ） 、白血病（leukemia）：n对长春新碱来说是利用其治疗疾病，故其应组配副主题词“治疗应用（therapeutic use）”；n对白血病来说是利用药物来治疗，故其应组配副主题词“药物疗法（drug therapy）”。n同时这两个概念之间是and的关系。主题检索举例：长春新碱（vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献第1步：检索长春新碱/治疗应用主题检索举例：长春新碱（vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献第1步：检索长春新碱/治疗应用主题检索举例：长春新碱（vincristine ）治疗白血病（leukemi

19、a）的文献第1步：检索长春新碱/治疗应用副主题词主要主题词不扩展下位树主题检索举例：长春新碱（vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献第1步：检索长春新碱/治疗应用主题检索举例：长春新碱（vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献第1步：检索长春新碱/治疗应用主题检索举例：长春新碱（vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献第2步：检索白血病/药物疗法主题检索举例：长春新碱（vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献第2步：检索白血病/药物疗法主题检索举例：长春新碱（vincristine ）治疗白血病（leuk

20、emia）的文献第2步：检索白血病/药物疗法主题检索举例：长春新碱（vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献第2步：检索白血病/药物疗法主题检索举例：长春新碱（vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献主题词检索练习n西布曲明（sibutramine）的副作用5.4 临床咨询和系统评价n可以使用户方便快捷地检索到有关临床方面的文献，如临床疾病的诊断、治疗、病因和预后等；n也可以用它来检索临床实践过程中遇到的一些具体问题，如系统性综述、元分析、临床试验、循证医学、实践指导以及有关遗传学方面的问题等。 5.4 临床咨询和系统评价临床咨询系统评价检索医学遗传

21、学研究方面的文献6. 结果的显示、打印、保存n显示n保存、打印6.1 结果的显示n显示格式：系统提供的显示格式很多，一般较常用的有以下3种：n（1）summary：为默认显示格式。显示的信息包括文献的标题、著者、出处、pmid、综述出版类型、非英文文献的原文语种等。n（2）abstract：显示信息除了文献标题、著者、出处等基本信息外，还包括摘要信息，以便用户了解文献详细内容。n（3）medline：以medline数据库的记录格式来显示检索结果。字段内容主要包括pmid、题目、摘要、作者、作者地址、语种、出版类型、出处、mesh、文献id、出版状态等。6.1 结果的显示6.1 结果的显示n保

22、存记录n在“send to”下拉菜单中选择“file”，可完成将记录保存为文件。n选择“e-mail”，则可将结果发送至邮箱。n在检索结果显示页面可将某一次检索的全部记录或标记记录保存；而“clipboard”页面可用于保存一次或多次检索的结果记录。6.2 检索结果的保存 6.2 检索结果的保存 7 其他辅助功能n7.1 检索策略的存储和调用n7.2 全文链接n7.3 相关文献链接7.1 检索策略的存储和调用n使用my ncbi(cubby)n首先要登记注册n保存检索策略n定期浏览新的检索结果7.2 全文链接-摘要格式显示7.2 全文链接-打开单篇详细页面7.3 相关文献链接7.3 相关文献链接综