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文档简介

1、第四章 核酸序列分析 本章相关软件和其他上机资料，请在下周上机前从 下载，提前做好上机准备。4.1 常规分析 4.1.1 序列检索 （entrez on ncbi, srs on embl) 4.1.2 组分分析（碱基组成、分布，分子量） 4.1.3 序列变换（互补序列，反向序列，反向互补序列） 4.1.4 限制性酶切分析（寻找酶切位点）核酸序列组分分析实例bioedit 载入序列输出结果dnastardnastar的editseq复制粘贴载入序列转换为反向序列反向序列反向互补序列用dnaman对rgdv s8片段编码区进行限制性酶切分析搜索查询序列选择cds从文件载入序列复制粘贴载入序列限制

2、性酶切进行参数设置酶选择结果分析在线限制性酶切分析工具（例如nebcutter）nebcutter序列提交界面分析结果4.2比对分析 序列比对（sequence alignment) blast (basic local alignment search tool) blast子程序：blastn， blastp，blastx， tblastn，tblastx 相关数据库blast主页（ncbi)输入查询序列双序列比对 blast2sequences (ncbi) 实例分析 比较rgdv s8广西分离物与泰国分离物序列（互补/重复/转作 现象）提交序列bl2seq参数设置比对结果多序列比对提取

3、序列打开clustalx载入序列界面（序列文件应放在全英文目录下）比对参数设置双序列比对参数设置aln文件可用bioedit软件打开4.3 基因结构识别 4.3.1 orf识别及其可靠性验证 1. orf (open reading frame) 2.验证依据（1，第三位碱基2，密码子使用的一致性3，序列比对） 3. 真核生物边界序列的识别 4.kozak规则 5.orf分析工具（如orf finder）实例分析（page 94）4.3.2 启动子及转录因子结合位点分析 1启动子： 原核生物：（转录起始位点+1，-10序列，-35序列，cap序列-70-40）， 真核生物（核心启动子元件，起始位点，tatabox，上游启动子元件upe，caat框，gc框） 常用工具promoter scan4.3.3 重复序列分析 哺乳动物基因组存在大量重复序列：高度重复序列，中度重复

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