SAGEtech上海华冠生物芯片有限公司PPT课件

1、上海华冠生物芯片有限公司上海华冠生物芯片有限公司Shanghai HuaGuan Biochip Co., Ltd.CATGSAGE TagAAAAAAAAAAAAAAAAATTTTTTTTTTTTTTTTTAverage 256 base pairsSAGESAGE技术的理论基础技术的理论基础l首先，一段来自于任一转录本特定区域的“标签” (Tag)，即长度仅1014bp的短核苷酸序列，就已包含了足够的信息以特异性地确定该转录本。l例如：一个10碱基的序列能有410=1048576种不同的排列组合，而人类基因组据估计仅编码80000种转录本，因此在理论上每一个10碱基标签就能够代表一种转录本

2、的特征序列。第1页/共19页l将短片段两两随机配对，形成双标签体 (Ditag)，在标签的种类、数量极大丰富的情况下，完全相同的双标签体出现的概率趋近于零。l将这些双标签体相互连接、集中形成长的DNA分子，对其进行测序将能得到大量连续的单个标签，并能以连续的数据形式进行处理。这样就可对数以千计的mRNA转录本进行批量分析。而在数据处理时将重复出现的双标签体剔除，即可避免由于PCR反应的非均一化扩增而引入的数据偏差；同时，各转录本的表达水平也就可以用特定标签被测得的次数来进行精确定量了。CATGSAGE Tag 3SAGE Tag 4SAGE Tag 1SAGE Tag 2CATGSAGE Ta

3、g 5SAGE Tag 6SAGESAGE技术的理论基础技术的理论基础上海华冠生物芯片有限公司上海华冠生物芯片有限公司Shanghai HuaGuan Biochip Co., Ltd.CATG第2页/共19页上海华冠生物芯片有限公司上海华冠生物芯片有限公司Shanghai HuaGuan Biochip Co., Ltd.CATGAAAAAAAAAAAAAAAAATTTTTTTTTTTTTTTTTAAAAAAAAAAAAAAAAATTTTTTTTTTTTTTTTTGTACAAAAAAAAAAAAAAAAATTTTTTTTTTTTTTTTTAAAAAAAAAAAAAAAAATTTTTTTTTT

4、TTTTTTTCATGAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTTTTTTTTTTTTTTTCATGBSAGESAGE技术的实验流程技术的实验流程第3页/共19页SAGESAGE技术的实验流程技术的实验流程AAAAAAAAAAAAAAAAATTTTTTTTTTTTTTTTTCATGAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTTTTTTTTTTTTTTTCATGBCATGABGTACCATGABGTACCATGGTACCATGSAGE Tag 3SAGE Tag 4SAGE Tag 1SAGE Tag 2CATGSAGE Tag 5SAGE Tag 6CATG上海华冠生物芯片有限公司上海华冠生物芯

5、片有限公司Shanghai HuaGuan Biochip Co., Ltd.第4页/共19页相关技术的比较相关技术的比较方法方法EST法法芯片芯片 / 微阵列法微阵列法SAGE法法通量通量较低可高可低高操作操作简便性简便性简单易操作，但需大规模测序支持技术难度高，需专门点样、扫描等硬件设备支持技术难度高，需大规模测序支持可定量性可定量性不可定量可定量可定量灵敏度灵敏度精确度精确度较低较高高检测基因检测基因是否已知是否已知已知、未知均有，可用于发现新基因通常为检测已知基因已知、未知均有，可用于发现新基因上海华冠生物芯片有限公司上海华冠生物芯片有限公司Shanghai HuaGuan Bioch

6、ip Co., Ltd.第5页/共19页SAGESAGE技术的应用技术的应用正常细胞或组织基因表达谱研究疾病相关基因表达研究染色体表达图谱绘制基因功能研究药物作用机制的研究毒理学研究 寻找新的基因上海华冠生物芯片有限公司上海华冠生物芯片有限公司Shanghai HuaGuan Biochip Co., Ltd.第6页/共19页SAGESAGE技术的应用技术的应用lOwing to the low level of expression, the novel transcripts are difficult to identify using the EST approach but they

7、 have been detected as novel SAGE tags using the sensitive SAGE technique. And 65 of them are derived from novel transcripts.lCertification:lThe error rate for SAGE tags is 2% per tag.lThese novel transcripts are not only present in some rare cell types but also in many common tissues.lThe majority

8、of genes in the human genome are expressed at low levels.* New opinion (by San Ming Wang, 2003) Number of GenesLevel of ExpressionEST技术检测水平技术检测水平SAGE技术检测水平技术检测水平上海华冠生物芯片有限公司上海华冠生物芯片有限公司Shanghai HuaGuan Biochip Co., Ltd.第7页/共19页SAGESAGE技术的优点和缺点技术的优点和缺点l 较全面获取生物的基因表达信息，较全面获取生物的基因表达信息，l 对基因序列没有选择性对基因序列

9、没有选择性l 所需的样品量极少所需的样品量极少 (100 ng mRNA)l SAGE技术具有较好的重复性技术具有较好的重复性l 发现新基因发现新基因l 设备简单设备简单l 同表达谱芯片技术具有互补性和挑战性同表达谱芯片技术具有互补性和挑战性l 成本较高，方法较复杂成本较高，方法较复杂l 10 bp序列表征基因尚有缺陷序列表征基因尚有缺陷上海华冠生物芯片有限公司上海华冠生物芯片有限公司Shanghai HuaGuan Biochip Co., Ltd.第8页/共19页SAGESAGE技术的发展技术的发展l鉴于SAGE文库中的Tag序列仅10个碱基，即使加上4个碱基的特定锚定酶切位点也就共14个

10、碱基，在实际研究工作中其特异性尚有欠缺、包含的信息量较少，不便于后续工作，因此其相应的补充性、改良性技术也颇引人注目：GLGI技术：技术：l即Generation of Longer cDNA fragments from SAGE tags for Gene Identification，通过PCR技术将10碱基的SAGE tag延伸至平均约250bp长的3EST序列，用于验证SAGE结果、以及对未知基因的进一步研究。CATGSAGE TagAAAAAAAAAAAAAAAAATTTTTTTTTTTTTTTTTAverage 256 base pairsGeneral Prime A上海华冠生

11、物芯片有限公司上海华冠生物芯片有限公司Shanghai HuaGuan Biochip Co., Ltd.第9页/共19页SAGESAGE技术的发展技术的发展LongSAGE技术：技术：l即通过改变限制性内切酶及其相应的DNA识别位点，将普通SAGE tag的（104）长度扩大至（174），这样其特异性相应提高，且可作为探针直接从cDNA文库中筛选出带有目标基因的克隆。其不足之处在于：测序量和成本亦相应提高。CATGLongSAGE TagAAAAAAAAAAAAAAAAATTTTTTTTTTTTTTTTTAverage 256 base pairs上海华冠生物芯片有限公司上海华冠生物芯片有限

12、公司Shanghai HuaGuan Biochip Co., Ltd.第10页/共19页SAGESAGE分析软件分析软件上海华冠生物芯片有限公司上海华冠生物芯片有限公司Shanghai HuaGuan Biochip Co., Ltd.第11页/共19页SAGESAGE结果分析结果分析上海华冠生物芯片有限公司上海华冠生物芯片有限公司Shanghai HuaGuan Biochip Co., Ltd.第12页/共19页SAGESAGE结果分析结果分析上海华冠生物芯片有限公司上海华冠生物芯片有限公司Shanghai HuaGuan Biochip Co., Ltd.第13页/共19页SAGESA

13、GE结果分析结果分析上海华冠生物芯片有限公司上海华冠生物芯片有限公司Shanghai HuaGuan Biochip Co., Ltd.第14页/共19页SAGESAGE结果分析结果分析BinFrequencyProgressiveFrequency01891890.00000101890.00000561950.00001112060.00005452510.0001162670.0005643310.001563870.0051635500.01956450.0551711620.150916710.5588475551.07408295More08295Total8295上海华冠生物芯片

14、有限公司上海华冠生物芯片有限公司Shanghai HuaGuan Biochip Co., Ltd.第15页/共19页本公司本公司SAGESAGE技术服务项目现况技术服务项目现况l 目前，国内首家能够进行成熟而稳定的目前，国内首家能够进行成熟而稳定的SAGE技术服技术服务市场化运作的企业。务市场化运作的企业。l 现有的客户主要为中国科学院上海生命科学研究院下现有的客户主要为中国科学院上海生命科学研究院下属成员单位以及张江高科技园区内的一些科研单位。属成员单位以及张江高科技园区内的一些科研单位。l 已有已有20余个余个SAGE及及1个个LongSAGE案例的成功经验，案例的成功经验，样本涉及下列多个物种的群体、个体、胚胎，器官、样本涉及下列多个物种的群体、个体、胚胎，器官、组织和细胞等：组织和细胞等：上海华冠生物芯片有限公司上海华冠生物芯片有限公司Sha