第四章成岩阶段有机质的微生物分解和演变

1、第四章第四章 成岩阶段有机质的成岩阶段有机质的 微生物分解和演变微生物分解和演变一、微生物的作用一、微生物的作用二、腐殖质的组成、结构及性质二、腐殖质的组成、结构及性质三、缩合作用三、缩合作用腐殖质的形成腐殖质的形成四、腐殖质的演化及成岩阶段产物四、腐殖质的演化及成岩阶段产物 上覆压力不大，温度不高(低于50-60)，富含孔隙水，无机矿物与有机质混杂，底栖生物尤其是微生物活跃，组成了复杂的体系。 它们与新的埋藏环境不相适应，将在内部发生一系列生物化学、物理化学作用，改变沉积物的原始性质，以达到新的稳定和平衡。1、无机矿物经受了压实、定向、矿物转化、重结晶作用等固结成岩。2、湖沼中堆积的大量高等

2、植物残体经过泥炭阶段形成了褐煤。3、沉积物中分散有机质，在早期低温低压下不足以发生普遍的化学反应，而以作用为主。 大部分原始有机质被微生物分解和选择性吸收，剩余的组分和参与的微生物残体一起，经还原、缩聚等作用形成了腐植质和干酪根。 地球上生物可分为三大类动物、植物和原生生物。 原生生物即普通所指的微生物任何显微尺度显微尺度的生物。 原生生物原核生物和真核生物， 原核生物包括和蓝细菌(蓝藻)； 真核生物包括原生动物、藻、粘菌。 原核是没有核膜、核仁等结构的染色质体。 真核是有核膜、核仁、染色体等结构。 对地质体内有机质进行改造的主要是以腐生为主的和。只有异养腐生的细菌和真菌，它们以有机质为养料，

3、并使部分有机物矿质化，以便重新被光合生物所利用。这类微生物在有机质的改造和在有机碳的生物-地化循环中，起了十分重要的作用。 按照细菌生活的环境，可将其分为(好气性细菌)和(嫌气性细菌)。 必须在有氧环境里生活。在有氧情况下它们将葡萄分解为二氧化碳和水，释放出大量能量，这一过程称有氧呼吸。 只能生活在缺氧环境下，如甲烷菌、硫酸盐还原菌等。它们可利用葡萄糖中的结合氧，将其分解为二氧化碳和其它代谢产物，释放出少量能量。这一过程称为发酵或无氧呼吸。 有许多细菌是兼性的，可在不同环境下采用不同的呼吸方式。从生物进化上说，最早出现是厌氧细菌，以后才有光合细菌和喜氧细菌。 微生物体积小，细胞能与环境直接接触

4、，有利于细胞吸收大量营养物质和排除废物，因而代谢作用迅速、活动力强； 微生物生殖率大、世代时间短，能在短时间内繁殖大量的群体，有利于适应变化剧烈的新环境，能在环境相差极大的空间中生长和繁殖。 微生物生存条件： 温度可以从-10到105 压力高达1000atm 介质pH值可从1到11，最适宜的pH值范围是6.5到8。 细菌可以在淡水和高饱和盐溶液中大量繁殖。 在一些极端环境，如火山热泉、冰冻极区、酸性热泉、高盐湖中都有细菌存在。微生物生长最重要的限制因子是营养物质。只在有大量有机物质存在，这种或那种群落的微生物就会大量生、繁殖。 土壤是微生物生存的基地，是最适合它们生长、繁殖的栖所。微生物分布：

5、 土壤表层，无论在数量上和种类上都比深层土内多。 在水体及水底淤泥和沉积物中，也大量分布着多种微生物。 分布于水表层和上层大都是好气型微生物。 而在深水或滞水水底、水底细粒沉积物中大都是嫌气型生物。 在沉积物上部几十米范围内微生物活动十分活跃，但随深度增加其数量急剧减少，而且可以由好气性细菌活动为主转变为嫌气性细菌活动为主。深度(cm)嫌气型细菌好气型细菌嫌气/好气031 160 00074 000 0001:644614 000314 0001:2114168 90056 0001:624263 10010 4001:344465 70028 1001:566682 3004 2001:2加

6、利福尼亚洲圣地亚哥湾近代沉积中细菌数量 微生物的代谢途径十分错综复杂，但从方向上分两大类： 分解途径分子结构由大变小被简单化吸收利用营养物质 合成途径分子结构由小变大被复杂化生成新的细胞物质 有机化合物是异养微生物的主要碳源和能源 细菌、真菌等通过细胞表面以吸收营养物质，故营养物质必须是小分子溶质才能透过细胞质膜而进入细胞。自然界和沉积物中的各种有机化合物都可被不同类型的异养微生物利用作为营养物质，但大部分大分子化合物必须由胞外酶分解成小分子化合物后，才能跨膜运输，被微生物细胞所吸收。有机有机大分子大分子有机有机小分子小分子微生物微生物吸收吸收胞外酶分解跨膜运输细胞膜 不同的微生物分泌不同的胞

7、外酶，可分解利用不同的有机物。 一些简单的作为微生物主要碳源和能源的化合物，如葡萄糖、果糖等几乎所有微生物都能利用。而纤维素、半纤维素、甲壳素、果胶质、木质素、芳香化合物、无机化合物等只能为具专化胞外酶的专化微生物所利用。 小分子化合物经过细胞膜进入细胞后，还要由酶来降解中间产物再合成多种氨基酸、核苷酸、脂肪酸和糖类等进而合成蛋白质、核酸、类脂和多糖等。有机营有机营养物质养物质新的微生物新的微生物细胞物质细胞物质一系列复杂的生化转变在生物圈-有机圈中，微生物是无处不在、无所不能。 根据异养假说，。 在生态系统中，。 。 对生物元素地化循环贡献：。 改造、代谢有机质。 参与（或促进）形成。从起源

8、意义上说，没有微生物就没有生命和生命的进化。从起源意义上说，没有微生物就没有生命和生命的进化。在动物、植物、微生物在动物、植物、微生物“三足鼎立三足鼎立”的生态系统中，异养的生态系统中，异养微生物是必不可少的成员微生物是必不可少的成员分解者分解者与的区别在于： a. 有氧呼吸有氧参加，最终使有机质彻底氧化成CO2和H2O。也就是它既大量消耗有机质，又大量消耗氧。前者对有机质沉积、保存有害；后者造成无氧还原环境，对其它有机质沉积保存有利。 而发酵和无氧呼吸没有氧参与，分解主要产物仍是有机物。特别是发酵作用可以说主要是改造有机质，而不是消耗有机质。故还原环境及在其中进行的发酵作用有利于有机质的沉积

9、和保存。 b. 有氧呼吸比发酵效率约高10倍。 c. 在氧化环境下几乎所有有机质都能降解。在还原环境的发酵作用只能部分被发酵氧化。 氮素的循环：氮是生物蛋白质、核酸、酶的重要元素成分。虽然分子态氮(N2)是丰富的，约占地球大气成分约80%，但在化学性质上是惰性的，不能为大多数生物直接利用。它们需要的是化合态氮源硝酸、亚硝酸、氨等，而这些在土壤和水中都是比较贫乏的，常成为生物生长发育的限制因子。将分子态氮转化成化合态氮的固氮作用是氮素循环的关键环节。细菌是完成这一过程的最主要生物类群。90%以上的固氮作用由细菌代谢完成。最重要的非共生固氮作用者是兰细菌。生物残体的蛋白质和核酸经微生物分解形成氨，

10、氨经专化好气细菌氧化成亚硝酸，亚硝酸再氧化成硝酸。硝酸盐是供植物利用的主要有效含氮物质，氨转化成硝酸的作用称硝化作用。另一类专化细菌，可使硝酸还原成氮气(称反硝化作用 ) 又返回大气。实线氮原子的氧化作用虚线氮原子的还原作用硫素循环硫素循环：硫酸盐是水中普遍存在的矿物质。大多数的微生物利用：硫酸盐是水中普遍存在的矿物质。大多数的微生物利用硫酸盐硫酸盐作为作为主要的硫源主要的硫源。在细胞蛋白质和酶中都含有硫。在生理上。在细胞蛋白质和酶中都含有硫。在生理上是仅次于磷的重要矿质元素。元素硫和硫化氢也只有先氧化成硫酸是仅次于磷的重要矿质元素。元素硫和硫化氢也只有先氧化成硫酸盐才能为生物所利用。而硫氧化

11、细菌则可将硫化氢氧化成硫酸根为盐才能为生物所利用。而硫氧化细菌则可将硫化氢氧化成硫酸根为生物提供硫源。生物提供硫源。另一类硫酸盐还原菌可将水体和孔隙水中的硫酸盐还原成硫化氢，另一类硫酸盐还原菌可将水体和孔隙水中的硫酸盐还原成硫化氢，造成强还原环境，有利于有机质的沉积和保存。造成强还原环境，有利于有机质的沉积和保存。在还原环境中，只有部分硫能进入细菌细胞中。大部分在还原环境中，只有部分硫能进入细菌细胞中。大部分S S2-2-可与金属可与金属元素结合成金属硫化物。在粘土软泥中铁很丰富。元素结合成金属硫化物。在粘土软泥中铁很丰富。S S2-2-与与FeFe结合成水结合成水硫铁矿和陨硫铁矿，最后转化为

12、硫铁矿和陨硫铁矿，最后转化为黄铁矿黄铁矿(FeS(FeS2 2) )实线硫原子的氧化作用虚线硫原子的还原作用 改造、代谢有机质改造、代谢有机质 一方面各类微生物在酶的催化下对几乎所有有机质具有非凡的联合分具有非凡的联合分解吸收能力解吸收能力，其中包括生油能力不强的大量纤维素、半纤维素、木质素等高等植物的主要成分。另一方面，也是在酶催化下，微生物又以惊人的速以惊人的速度合成新细胞物质度合成新细胞物质，进行生长繁殖。 微生物的生物化学组成结构，与高等植物生化组成大不相同。 微生物是高类脂、高蛋白质；而高等植物则是高纤维素、高木质素。 也就是说，通过微生物代谢活动，使沉积物中不太有利生油的有机质通过

13、微生物代谢活动，使沉积物中不太有利生油的有机质改造成更加有利生油的有机质改造成更加有利生油的有机质。 参与或促进形成甲烷气、腐植质和干酪根。参与或促进形成甲烷气、腐植质和干酪根。 在年青沉积物中，由大分子生物化合物降解的产物（糖类、氨基酸、脂肪酸等）的含量随深度增加而迅速减少。 这是由于：。 同时，一些不能水解和不溶于有机溶剂的组分越来越丰富，占沉积物中有机质的75%95%，这就是土壤中的（Humic Material）。 腐殖质是土壤、现代沉积物中主要有机组成，土壤中碳的60%70%存在于腐殖质中。它是生物（主要是植物）残体经细菌分解后聚合的有机物，既没有固定的元素组成没有固定的元素组成，也

14、没有特定的化学性质没有特定的化学性质。 腐殖质通常分为三类： 富啡酸（FA）、胡敏酸（HA）、胡敏素 腐殖酸腐殖酸对有机质的演化提供重要信息对有机质的演化提供重要信息 现代分析技术（电子显微镜、X衍射、核磁共振等）对腐殖酸研究表明： 腐殖酸不是单一的纯有机化合物，而是 腐殖酸主要由C、H、O、N、S元素组成。不同的腐殖质其元素含量变化很大。 对腐殖质的研究主要集中于腐殖酸上不同沉积环境中形成的腐殖酸，其元素含量有一定差别。0.05 可将近代可将近代沉积物有机质沉积物有机质分为两类：分为两类： 主要来源主要来源于于高等植物高等植物，在土壤、泥炭在土壤、泥炭中的是真正腐中的是真正腐殖质。殖质。 而

15、主要来而主要来源于源于水生生物水生生物，在还原环境下在还原环境下形成的物质可形成的物质可称为腐泥质。称为腐泥质。 ：腐殖酸或多或少溶于碱性、弱酸性及中性溶液，如NaOH、KOH、(NH4)2PO4、草酸、酒石酸，也溶于醇、醛、酮、吡啶等有机溶剂。 腐殖酸由极小球状微粒组成，粒径810nm，具有胶体特性。其表面积大、粘度较高、吸附力强，可吸附其它分子和粒子。 ：由于腐殖酸中酸性基团上活泼氢的存在使其具有弱酸性，其酸性强度取决于羧基和酚羟基的含量。 富啡酸强于胡敏酸富啡酸强于胡敏酸 缩合作用缩合作用 羧基较少羧基较少 中性胡敏素中性胡敏素 ：加热腐殖酸，随温度升高，碳含量增加，氧含量减少。2504

16、00：侧链断裂；500以上腐殖酸“核”分解；540不再含氧。 ：没有固定的分子量。 湖泊腐殖酸分子量约6400，沼泽泥炭腐殖酸分子量约7600。从富啡酸到胡敏酸分子量逐渐增加，富啡酸约6262000，胡敏酸20002000000。 一般认为：腐殖质是生物体（尤其是高等植物）的残体被微生物分解成小分子化合物，这些小分子化合物部分被微生物吸收，剩余部分在微生物作用和参与下发生缩合作用，形成腐殖（泥）物质。NH2CH2COOHNCH2COOHONHCH2COOHOONHCH2COOHNCHCOOHOHNHCH2COOHCHOCOOHNH2OHNHCH2COOHOHOHNH2CH2COOH4H+ 4e

17、中间产物缩合褐色含氮聚合物H-C=O 丨 (CHOH)n 丨 CH2OHR-N-H 丨H-C-OH 丨 (CHOH)n 丨 CH2OHR-N CH 丨 (CHOH)n 丨 CH2OH=R-N-H 丨H-C 丨 (CHOH)n-1O 丨H-C 丨 CH2OHRNH2H2O醛糖加成合成物席夫碱N-取代的葡萄胺R-N-H H-C 丨H-C-OH 丨 (CHOH)n-1 丨 CH2OH=+ H+R-N-H 丨H-C C-OH 丨 (CHOH)n-1 丨 CH2OH=- H+R-N-H 丨 CH2 丨 C=O 丨 (CHOH)n-1 丨 CH2OH席夫碱阳离子烯醇N-取代的1-氨基1-脱氧2-酮糖重排脱水作用裂解作用裂变褐色含氧聚合物和共聚物 从FAHA，CO；羧基、酚羟基消去，酸度；失去氨基，N；芳香缩合度，分子量。最后转化为不溶于有机溶剂和碱溶液的中性聚合物胡敏素。 以高等植物为主来源的有机质经过腐殖化作用腐殖型干酪根。 以水生生物为主来源的有机质经过腐泥化作用腐泥型干酪根。结结 论论1指沉积有机质在青年沉积物固结成岩过程中，在低温低压条件下经历的以和为主的一系列演化。2微生物分泌各种具高催化效率、高专一化的胞外酶将各种有机质分解成小分子单体，被微生物吸收。结结 论论3体积小、形态简单；种类繁多、高度专一；适应力强、无处不在；代谢力强、繁殖迅速，因而是生命起源的，生态