MIDI微生物鉴定脂肪析系统PLFA应用案例及其它

1、midi微生物鉴定（脂肪酸分析）系统plfa 应用案例及其它颜淑玮2011.1.4plfa分析原理pplfa定义 plfa 是磷脂脂肪酸(phospholipid fatty acid) 的英文缩写。plfa 是构成活体细胞膜的重要组分p群落分析基本原理 部分plfa 总是出现在同一类群的微生物中, 而在其它类群的微生物中很少出现pplfa混合样本分析 根据不同类群微生物的指示性plfa不同, 通过提取和分析指示性plfa , 测定其含量, 可定量反映活体微生物中不同类群的生物量及总生物量。应用范围p指示环境因素变化对微生物群落变化的影响（包含菌根共生，植物与微生物相互作用）领域细分p环境与资

2、源科学p农林牧渔科学p植物与土壤科学p海洋、水文/水利、河流/湖泊科学p生态与环境保护科学其他群落分析方法pdna测序（sts-pcr（sequence-tagged site）+t-rflp/dgge/tgge；二代测序仪，100万条序列/次）pboilog法（碳源代谢差异） plfa分析优势： 灵敏度、准确性（sd小）；取样便利，保真性；工作量；成本（二代测序10万rmb/次）midi在plfa中的优势pmidi 提取及分析方法由于低成本、其简单性、可同时处理大量样品而被广泛应用于土壤微生物群落研究pgc-ms进行plfa分析 微生物指示性plfa的特异性文库 工作量midi plfa方法

3、研发中！（预计3月底完成第一步）pplfa特征性脂肪酸文库(c9-c30)p标准化提取方法（2天 2小时）pgc分析时间：15minpplfa专用标准品$2000 plfa研究案例分析p文献标题： the effects of mineral fertilizer and organic manure on soil microbial community and diversity p研究单位： 南京师范大学 化学与环境学院及生命科学学院 p杂志名称：plant soilp接收日期：2009-3-25分析方法及结果脂肪酸分组：细菌（革兰氏阳性/阴性、嗜氧/好氧）、真菌、放线菌含量小于1%及单

4、一样本中检出的plfa被剔除分析，检出29种显著plfas。用plfa总量（19:0 fame内标法定量）表征微生物总量，主要含量组成为cy17:0, 16:0, 2- and 3-oh-fas, 18:19, 18:26,9 及 a17:0，占总量约40%。分析结论1 细菌及放线菌plfa含量在om+npk样本中最高，n样本中最低 om+npk施肥方式显著刺激土壤原核生物生长，单纯n肥施肥方式则有抑制作用（导致酸化降低微生物群落丰度及多样性）2 土壤中细菌特别是革兰氏阴性菌含量最高，对土壤施肥方式更敏感，相对于真菌及放线菌指示性更强。3 革兰氏阳性及厌氧菌plfa含量在om样本中最高，而真菌

5、plfa在npk样本中最高 革兰氏阳性菌对有机肥敏感而真菌对无机肥敏感4 真菌plfa含量在npk样本中最高，p样本中最低 npk均衡施肥对土壤真菌生长重要4与1不一致 细菌、真菌对有机肥和无机肥应答不同pca（principal component analysis ）原理p多样本多维分析（以脂肪酸为维） 二维界面显示 （ex. pc1 vs. pc2）p最大程度展示系统变异（pc1pc2) 当累计方差贡献率大于80%，可全面反映系统变异p样本固有性质在反映变异情况的二维主成分界面上得以展现，由其本身性质决定丛集或分离。pca案例一pca案例二主成分的组成因素：第一主成分主要综合微生物plfa总量和细菌plfa 第二主成分主要综合“真菌/细菌”及真菌plfa微生物鉴定应用注意点p优势 一步鉴定到株型(菌库中已有菌株），亲缘性分析可分型p弱势 肠道菌（遗传高度相关）鉴定准确性为属级，推荐使用碳源利用鉴定法关于配置p2011年midi发布最新gc配置，已转发大家，请注意更新p安捷伦提供电脑默认为win7系统，与midi不兼容。建议自购电脑或提前告知安捷伦销售更改发货电脑系统。 谢 谢！有问题吗？欢迎讨论小测试：pmidi