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1、多序列比对软件Clustalw使用方法2011 年 06 月 23 日 星期四 16:44Clustal的基本思想是基于相似序列通常具有进化相关性这一假设。比对过程中，先对所有的序列进行两两比对并计算它们的相似性分数值，然后根据相似性分数值将它们分成若干组，并在每组之间进行比对，计算相似性分数值。根据相似性分数值继续分组比对，直到得到最终比对结果。比对过程中，相似性程度较高的序列先进行比对，而距离较远的序列添加在后面。作为程序的一部分，Clusal 可以输出用于构建进化树的数据。Clustal程序有许多版本， ClustalW(Thompson 等， 1994) ，根据对亲缘关系较近的序列间空

2、位情况，确定如何在亲缘关系较远的序列之间插入空位。同样，相似性较高的序列比对结果中的残基突变信息，可用于改变某个特殊位置空位罚分值的大小，推测该位点的序列变异性。ClustalW 是一种渐进的多序列比对方法，先将多个序列两两比对构建距离矩阵，反应序列之间两两关系; 然后根据距离矩阵计算产生系统进化指导树，对关系密切的序列进行加权; 然后从最紧密的两条序列开始，逐步引入临近的序列并不断重新构建比对，直到所有序列都被加入为止。ClustalX是 CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本。 Clustal X为进行多重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体的环境。软件下载地址 :使用步骤如下 :Step 1:软件初始化界面Step 2: 选择 1 进入如下界面Step 3: 输入序列名进入如下界面Step 4: 选择 2 进入如下界面Step 5: 选择 9 进入如下界面Step 6: 选择 1 进入如下界面Step 7: 选择 4 进入如下界面Step 8: 选择 0 进入如下界面Step 9: 直接按 Enter 键后 进入如下界面Step 10: 输入 X 键后 进入如下界面Step 11: 输入 H 键后 进入如下界面Step 12: 输入 X 键后 进入如下界面Ste

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