Gauss计算步骤

1、aooi3)点击 MOPACminimize energy1） Chemdraw画出相应结构式，注意芳香性分子的结构应用表示，分子结构完成之后与正常情况下画出分子相比较， 看看有没有缺少C或者H原子。Chemical Foirnuia G17neNC)42）确认结构无误后，将芳香性分子粘贴到Chem3D Ultra 8.0中（ChemBio3D Ultra 12.0中无MOPAC且粘贴后分子容易出错）Chemical Formula: CgNOminimi 工咆 EnergjrDispl*y Evsry Iterati&Mixiiimum RMS口 C opy M easuremenl

2、e t o MeJob Type Tktery | Projaril ex | 仃电J"olb Type | Theoirjf F好醺出七i= | &enerJ.LPropertitQt Formitiqzi Grtdi ent Nrr. Dipole>Char£esCq5ijw 5olvution in 胃守te ELe ctro srtat x c P o tifiikt i el Molecular Surfaces Spin DensityHyp st £1 nc Coupling Cons.Chargesnialliken 二4）点击run

3、之后，得到半经验计算构象5）点击 Gaussiancreate input file器 Sr丁6 b TypeJobiMliniiniLe EnergyTRaory Pit op er Li es C电meirglL“ Di sjlay Every IterationRecord Ivery Iteration歹 Copy Me4Eineipexits to Messages行 Do Hot Calculate Force ConstanCalculate 工 nitiQ Forc Const aCalculate Force Const ants It Each I1 Use Tight C

4、Qcivrergeiic CriteJob Type Th&cry Pit op er Li es I GeneirJMethod.： |B3L1P刁Wavepjoii Sh«ll (Uaurfistricted_*Boi 写A31GUi ffuse 十_t_Tolar i £ati oil此处计算的是自由基负离子所以只能选择open shell, unrestricted openshell表示分别计算和B电子，自由基阴离子 net=-1, spin为2,自旋多重度=2S+1,即单电子数目加1Job Type | Theory rrt>p wti es G&

5、#171;ntr4l |SCF Eitergy RMS Force DipoleElectr on DensityMoleculsr SurfacesSpin DensityHTjrfine Coupl ing ConsFol=ari zabiliti esPopiulLati anen6）点击create之后弹出保存按钮对话框，保存成.gjf文件7）启动GaussView5.Q file open打开刚才保存的.gjf文件8)calculatc Gaussian calculation setupTitle.Eejnword.5 :AQTm i Ie-r adLi c al aai oil#

6、gJilL 111b33Lyp，G国(M. p) xxov-urd.1 sIe=IOCR g>eoB=c*rkn.ec,li.,irx tjrCh ajrg：a/ll!ul t7 illsLi Q(kiMrdlNBCP3CS4lv&tioxi AH&. 工mpM电 th«dOp 11 n i x« t& dmmwn-Ilf«e- Qti did-ir 4 4 iMkrCalculite F<>r:e ConEt：3ntE leverM Vsh Li glit coriveu' gerice ci41 er j a止

7、匕处选择 optimization , 收敛标准选择 use tight convergence criteriaTi tl« ；AjQTaide-r ad.i cal uti «nKcyw?r-Js：才。了 七二工f11弋"uJb31 j-p/B31+彳(4*中】-n.«sy*B k>m：H. akF 1OC1B .餐44i=I/omi*u*3, v*!七7Churailt. ; -1 2| Job Typa jNethid titl .Lisle 口 | Ca»Bj6fsl | Gnas e | NB3Mdxrat i 勺:n | k

8、dl. Tnp.江叵；”三6一/巫晅OrQUJwi Stale DFT . .| t| Uicestrictei EJLYT口s Set'&716|t + |T d / / p |)Ch”C»：旦 S>in： Doublst RJMethod选择基态；charge=-1, spin=2;选择极化函数+弥散函数Title；AQIhI d!er*diL cal uii cjl* 2tmdt nh31frg >)币b/门小 m静雪而 wh 1DGR 怎，函=FEn”1： i vi / rClmigdMn匕.1 21Job TyfpeMtth。ATitlftUnk

9、 口GMrslHEOPBC写qlkdti。耳Add- Iixp,Joi Title：AQ7m; d*-r udi r 11 tn i Job title用于给文件命名bit nord.-一 - - - - -T i tic :AQiIih jl le-z tud i c al aja.1 unCeynftfOT As ：# o>p1L=/i. gJiiL klbaJLyp/Gi-3 工某 g （dl.jexo z yna oKdiinl£FTC9cB g,eti>«i=c: cxuie -ct a. vtl IjfCR-urga/Bul t. ：1 2Jul T

10、jrp<7ikl<jCpt i oxic! I dj, t, hmiiiis-rriiiB-«ilGimr*1GumrrciuikAll工呼11 emery Limit：tikioint File：31匕udrri It F l 1«.Wrh*ri"SLai e 1 Pi oc.«s3ur2 .此处memory limit用于指定计算所占内存大小，高斯使用默认的内存48M, 1MW=8 MB ; shared processor通于指定多核处理器，本实验室计算工作站可以选择4,高斯默认为1.一般进行结构优化以及频率计算的时候不保存chkpoi

11、nt file文件，等单点能以及激发态计算的时候才保存chkpoint file文件Titi-AQImidft-radi cal maoeiKeywords ：# opt='ti ghl. 口b31yp/6-勺Hig（L p） nosymn n&x Jli s.kl 0GBChiirge/Mt . ； T ZJoli Type MetKod Title Link 0 GeaeraLJ.UIIIIUB IIIIIMIIII lAIIIHUil |131>1|«9|»| |MIIIIUBIIIIiAUIII 11UJ111 iHJ| Use Qu4dr&a

12、mp;ti cally CanirVergent SCF ?1| Use Modi £i ed R.edLuxidaikt Coordinatesj Ignore Symmetry| Vse 。国飞| | Write Gaussian Fragment DataGuess | HBOSol vail on£11 Inp.AAditLonaX PrintWr i te Coimectivi tyCompute polar iz&bili71 Write FDB DM/ Use MaxDi sk= 10般ignore symmetry,即忽略分子对称性，因为有时计算结果

13、分子对称性会发生变化；Use Maxdisk用于指定计算所用硬盘大小，默认2G,一般都设置的比较大一点，要不然计算可能出错，我一般用10G或者20G.再后面的Guess （初始猜测）、NBO （成键轨道分析）和Solvation （溶剂化）不用管。9）参数设置完成，在检查一遍无错误后，点击edit-save即保存尚品四川Gaussian optimization 的 input 文件， 文件类型 Gaussian input file。10）点击save会弹出一个写字板文件信息，上面分别记载了计算的一 些设置以及原子坐标信息11）关闭写字板文件，会弹出一个提交 Gaussian计算的对话框，点

14、击 cancel12）启动 Gaussian 09, file open打开冈U才保存的 Gaussian input file 文件，再次确认计算指令信息无误后点击软件右上角的 run按钮，即 可进入计算程序进行构象优化。13）计算结束，得到高斯计算结果 Gaussian Output File,构象优化是 计算最耗时部分，一般大于10个小时。14）打开 Gaussview, file open 打开构象优化得到的 Gaussian Output File 文件，calculateGaussian calculation setup进行下一步频率计算 的参数设置。Job type选才I frequency,其他选择默认不进行改动，注意频率计算必须和构象优化使用同一基组，要不然频率计算将失去意义。15）同构象优化一样，参数设置完毕，点击edit,保存文件为Gaussian input file,按照构象优化相同程序进入频率计算。16)频率计算结束后，输出文件是Gaus