HKL2000使用说明

1、启动启动HKL2000在终端窗口输入：HKL2000启动HKL2000软件选择数据收集地点配置文件选择数据收集地点配置文件选择实验数据收集地点的配置文件，上海光源BL17U1线站的配置文件是SSRF-BL17U1-MX225选择数据所在路径选择数据所在路径选择“Data”选项卡调整“Directory Tree”到数据所在目录，并选中路径的最后一个目录12点击该按钮将数据路径加入“New Raw Data Dir”3建立并选择输出目录建立并选择输出目录点击“Create Directory”，出现“Create New Directory”对话框。1输入输出目录名称，比如“HKL2000”将新

2、建的目录作为输出目录23选择数据选择数据点击“Load Data Sets”出现数据列表对话框如果只选择单张或少量数据先选中“Show All Files”选中说要处理的数据123确认和更改数据参数确认和更改数据参数a) HKL2000支持边收集边处理数据。HKL2000会将已收集的数据先处理之后暂 停 等 待 ， 一 旦 有 新 的 数 据 出 现 ，HKL2000会自动继续处理，以节约用户处理数据的时间。要想使用此功能只要将“Number of Frames”设为计划收集的帧数即可。b) SSRF BL17U1目前在调整波长时单色器和MarCCD控制软件需要分别调整，否则会出现实际波长与记

3、录波长不一致的情况，因此数据处理前要核对波长。c) 通常角对数据收集没有影响，但如果使用MarCCD控制软件进行对中，在对中和收集数据的过程中角必须为0，否则难以处理到理想结果。Peak Search & Index点击“Peak search”1出现一个新的窗口，显示一张衍射图，红圈圈住的点就是HKL2000按一定规则找到的衍射点。2点击“Index”进行指标化3Peak Search & Index点击“Index”后又会出现一个新的窗口。它的内容可以分为三栏：第一栏是14种布拉维晶格，按对称性从高到低排列；第二栏是个百分数，反映了晶胞参数与布拉维晶格之间的吻合程度，数值越

4、低越好；第三栏是晶胞参数。绿色的选项是HKL2000认为较有可能是正确的解。一般来说，优先选择对称性最高的解。在本例中样品是鸡蛋清溶菌酶，正确的解自然是四方晶格 。 选 好 后 点 击“Apple & Close”。Refinement点击“Prof fit R”切换预测的衍射点显示的范围。蓝、黄和红色的圆圈代表预测的衍射点的位置。蓝色代表Full Reflection；黄色代表Partial Reflection；红色代表Overlap。需要修正的参数衍射点和背景的大小和衍射点的形状晶胞参数、距离等2点击“Refine”开始修正Refinement点击“Int box”在每个衍射点出

5、现两个圆圈和一个方框。最内层的圆圈表示参与积分的衍射点范围，由Spot Size控制大小；最外层的方框表示背景，由Box Size控制大小；两个圆圈的中间部分是过渡带，既不作为衍射点的部分也不作为背景，它的大小在“More Options”中可以调整，但一般用默认值就可以了。Refinement2对于修正的结果有重要的指示意义，修正对于修正的结果有重要的指示意义，修正后一般应在后一般应在1左右。但如果所有参数都正常左右。但如果所有参数都正常2高至高至3 4也是有可能的。也是有可能的。Sigma Cutoff和和Spot Size都对都对2有明显影响。有明显影响。减小减小Sigma Cutoff

6、和和Spot Size，2也会随之减也会随之减小。小。Spot Size可根据实际情况调整，但不能为了可根据实际情况调整，但不能为了追求追求2 = 1过分减小过分减小Spot Size，否则即使，否则即使2 更更接近于接近于1，实际的数据质量也是变得更差。，实际的数据质量也是变得更差。Integrate在Refinement完成后点击“Integrate”Integrate点击“Integrate”选项卡，进入积分界面，在这里可以监视积分的过程。Scale结果显示区输出文件名Scale的一些参数选择空间群点击“Scale”进入Scale选项卡1点击“Scale Sets”开始均一化2Scale

7、点击“Show Log File”查看logfile2Logfile根据数据的实际情况，调整参数，可能要进行多轮Scale。3在结果显示区查看结果1Scale“Anomalous”和和“Scale Anomalous”是明显区别的：是明显区别的：1) “Scale Anomalous”适用于适用于Redundancy较高的情较高的情况；况；2)在确有反常散射信号且选用在确有反常散射信号且选用“Anomalous”时，时， 2不等于不等于1，而是随着分辨率的提高逐渐降低，而，而是随着分辨率的提高逐渐降低，而“Scale Anomalous”仍应为仍应为1StrategyHKL2000支持Strategy功能，能够帮助用户预测收集完