蛋白质质谱样品污染及预防

1、生物质谱室生命科学研究中心 1062室62731128蛋白质组样品污染 污染来源 角蛋白：皮肤，毛发，衣服，灰尘 PEG：塑料试剂瓶，离心管，保鲜膜和PE塑料手套（PEG是塑料加工中的“润滑油”，国产离心管PEG残留可能较多） 表面活性剂：蛋白提取液，清洗玻璃试剂瓶的残留 （SDS，CHAPS，Triton，Tweens，ND-40） 影响范围 角蛋白：角蛋白质谱信号压制样品蛋白质谱信号，引起低丰度蛋白信号丢失。导致色谱柱污染和超载。 PEG和表面活性剂：抑制多肽电离，降低样品信号强度，驻留色谱柱，降低分离效率。 角蛋白和PEG：污染SDS-PAGE胶和蛋白溶液 表面活性剂：污染蛋白溶液蛋白质

2、组样品污染的影响 角蛋白污染无法根除，可通过如下方法缓解 交叉污染：专用，分开储存的优质离心管 环境污染：洁净的实验室空间，减少灰尘和空气流动 接触污染：洁净的乳胶手套和实验服 表面活性剂和PEG：使用超滤管（10 kDa）去除样品污染解决方法4样品污染问题RT: 0.00 - 90.01051015202530354045505560657075808590Time (min)01020304050607080901000102030405060708090100Relative Abundance38.5150.5140.0034.6433.5444.5332.8451.4050.1048

3、.2352.4731.7256.6659.3830.635.227.5430.318.9825.4521.4875.7762.8977.7560.5558.8024.2731.3722.3631.0856.9856.0235.0247.5826.4378.1463.5648.6035.9120.2664.2753.7638.4440.7219.6964.9778.6380.5666.2916.6667.3687.5214.9510.196.34NL:1.03E10TIC MS N27NL:1.52E10TIC MS 2污染较少的SDS-PAGE样品酶解后的TIC图严重PEG污染的的SDS-PA

4、GE样品酶解后的TIC图PEG污染信号3004005006007008009001000m/z020406080100020406080100Relative Abundance445.1195R=53407z=1536.1650R=48606z=1610.1840R=45606z=1371.1010R=57703z=1519.1387R=49106z=1684.2027R=43006z=1593.1575R=46106z=1429.0885R=53507z=1758.2214R=40106z=1832.2401R=34207z=1884.5975R=24200z=?943.8900R=245

5、00z=?1055.8705R=24700z=?592.3722R=43701z=2636.3982R=43536z=2548.3459R=45951z=2680.4235R=41246z=2488.9778R=48266z=3724.4497R=39268z=2444.9516R=51138z=6819.9636R=37958z=2983.0391R=34450z=2918.5092R=30396z=2371.1009R=54420z=11078.6572R=33322z=1NL: 5.18E6N27#4021 RT: 24.20 AV: 1 T: FTMS + p NSI Full ms

6、300.00-1800.00 NL: 7.83E72#25440-31326 RT: 54.79-65.16 AV: 567 T: FTMS + p NSI Full ms 300.00-1800.00 相对污染较少的SDS-PAGE样品酶解后的质谱图严重PEG污染的的SDS-PAGE样品酶解后的质谱图PEG污染信号污染较少的SDS-PAGE样品蛋白鉴定结果：目标蛋白得分远高于角蛋白污染蛋白鉴定结果角蛋白污染结果严重角蛋白污染的SDS-PAGE样品蛋白鉴定结果：角蛋白得分远高于目标蛋白蛋白鉴定结果角蛋白污染结果BSA酶解液进样量 fmol得分覆盖率%124112612460987136807773410994681510-2120598161412663817201757