生物信息学论述信息数据库end

1、生物信息数据库广西医科大学生命科学数据库系统n 数据库 即在磁带、磁盘、光盘或其他外存介质上、按一定结构组织在一起的相关数据的集合。n 数据库管理系统（DBMS）它是一组能完成描述、管理、维护数据库的程序系统。它按照一种公用的和可的方法完成：n 最终用户n 数据库设计者新数据、修改和检索原有数据的操作。nn 系统分析员和应用程序员n 数据库管理员（DBA）生物信息数据库的特征（1） 数据库的更新速度不断加快-数据量呈指数增长趋势（2） 数据库使用频率增长更快（3） 数据库的复杂程度不断增加（4） 数据库（5） 面向应用化（6）先进的软硬件配置生物信息数据库n 一级数据库n 数据库中的数据直接来

2、源于实验获得的原始数据，只经过简单的归类整理和注释。数据库n 对原始生物n数据进行整理、分类的结果，是在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上特定的应用目标而建立的。生物信息数据库组数据库组图谱生二级数据库物信息组作图核酸序列数据库DNA序列核酸学数据库工具序列测定蛋白质序列数据库蛋白质序列复合数据库蛋白质结构测定蛋白质结构数据库蛋白质结构综合数据库（Meta databases)整合数据库： 数据整合是把在不同数据源的数，转换后（有点像ETL）加据收集、整理、载到一个新的数据源，为数据消费者提供统一数据视图的数据集成方式。核酸数据库（Nucleic Acid Databases)核酸数据库是

3、指DNA、RNA序列的资料库，主要 包括已知序列名称、DNA或RNA全序列及其特性，如启动区、起始和终止的位置、编码区、限制酶切位点以及推导的翻译产物蛋白质序列等。三大核酸数据库之间的关系15Public free Available via InternetGenBankEMBL Data LibraryDDBJ (DNA Data Bank of Japan)序列名称序列简单说明序列编号序列版本号序列来源的物种名序列来源的物种学名和分类学位置FASTA格式2. EBI:3、DDBJ于1984年开始建立级的核酸数据库DDBJ，并于1987年正式服务。27表达数据库（Gene Expressi

4、on Databases)表达数据库反映的是收集、储存通过或者直接或间接测量得到的转录产物mRNA的丰度，这些数据可以用于分析哪些的表达发生了改变，之间有何相关性，在不同条件下的活动是如何受影响的。组数据库（Genome Databases)组数据库(GDB)为人类组计划(HGP)保组图谱数据。GDB的目标是构建关存和处理于人类组的百科全书，除了构建组图谱之外，还开发了描述序列水平的组内容的方法，包括序列变异和其它对功能和表型的描述。RNA数据库（RNA Databases)RNA数据库是指集合所有已知核酸的核苷酸序列， 单核苷酸多态性、结构、性质以及相关描述，包括它们的科学命名、来源物种分类名称、参考文献等信息的资料库。蛋白质序列数据库（Protein Sequence Databases)蛋白质序列数据库指应用计算机的运算法则，比较DNA和蛋白质序列而检测结构、功能和序列之间的进化关系。hthttrcsb org/pdb/home/home do蛋白质互作数据库（Protein-Protein interaction)蛋白质序列数据库指应用计算机的运算法则，收集蛋白质与蛋白质之间互作的数据库。代谢相关数据库（metabolic databases)代谢组以生物整体、系统或的内源性代谢物质的代谢为研究对象，并运用多种分析包括核磁共振（NMR）、质谱（MS