ImageJ分析粒径尺寸及分布

1、Morphologicalstudy:focalcontactsformationForquantificationofvinculinpositivecontactsareas,weusedthefreewareimageanalysisImageJ(NIH,/ij/).Weopenedtherawimage,convertedittoan8-bitfile,andusedtheunsharpmaskfeature(settings1:0.2)beforeremovingtheimagebackground(rollingballradius10)

2、.Aftersmoothing,theresultingimage,whichappearssimilartotheoriginalphotomicrographbutwithminimalbackground,wasthenconvertedtoabinaryimagebysettingathreshold.Thresholdvaluesweredeterminedempiricallybyselectingasetting,whichgavethemostaccuratebinaryimageforasubsetofrandomlyselectedphotomicrographswithv

3、aryingpeptidesdensities.Thecellareawasdeterminedbymanualdelineationonrawfluorescentimages,totalcontactareaandmeancontactareapercellwerecalculatedby''analysarticulesinImageJ,contactssmallerthan3pixelswerenottakenintoaccount.首先用工具栏里的直线工具，沿SEM、TEM的标尺(bar)拉出一条等长的直线，在菜单栏里找到measure点击，得到标尺对应的长度数据(弹

4、出的数据栏)；接着用同样的步骤测量你的particles;最后导出你的数据，放到excel、origin里处理就行了测量的值是相对值，要利用bar的相对值和实际值进行换算乘下除下就行了首先要在measur里面选择spatialcalibration,将这里面标尺与自己图片里面的标尺对应，最后选择measurementsfeatures里面选择直线。自己在图片里面画线，用长度除以晶粒数就ok了不知道这个是不是你想要的。可以用lineprofile测量尺寸，但是你要知道imageJ是根据光的强弱来测量的，不一定准，如果你的图片使用据光的强弱来测量的，不一定准，如果你的图片使用AFM做的，可以直接用

5、AFM的软件处理会更准确。最后一张图是3D效果。FileEditIrrgeProcessAnalyzePluginsWindowH日pSILLJTt-292,198'ar.jlt=Q.OOi0000t“j市JFileEditImageProcessPluginsWindowHelpA>P4easu:eCtrl4MPcimselections-sriiftdickformuAnalyzeParticlesSummarize500x445pixels;RGBJMBDstirfbuiionLabelCarRaJtSSetMeasurementsSetScaleCaSi&rate

6、Ctrl+HHistogramSuriacePiatGeisToolslOODCurndirvIvneJAnalyzeCtptbvftfdPlotProfileCtrt+K-.CM2.jpghntli|ni：iissmIhi1,3.jpg-lainIIfti<ft»HwfvAbMdIfti<ft»HwfvAbMd-*X5.jpg好几次在论坛里看到有虫友问关于金相图片中如何测量颗粒尺寸以及使用什么图像处理软件的问题，作为一个去年刚毕业并有过相关金相图片处理经验的过来人，决定写下关于这方面的经验，希望对大家有一定的帮助，在这里我使用的图片处理软件有两个：PHOTOS

7、HOP和IMAGE-PRO-PLUS。现在介绍如下：1,首先我们用PHOTOSHOP把金相图片中需要测量的颗粒尽可能的用魔棒工具选择出来然后进行反选把背景删掉，例如：原始的金相图片为,然后我们用面要测量的颗粒选出后的图片为PHOTOSHOP把里到这里前期的处理工作做完了,到这里前期的处理工作做完了,卜面我们将使用IMAGE-PRO-PLUS来进行相应的颗粒尺寸测量2,首先打开IMAGE-PRO-PLUS,选择COMPLETE点OK,进入软件后点DONE,然后点FILE-OPEN,打开你刚用PHOTOSHOP处理后的图片，点这个图标对金相图片进行处理（可以使金相中的颗粒看的更加清楚，处理完后点击

8、图标然后会弹出个对话框，这里有，这里有个选项般你的颗粒是暗色的，背景是白色的话就选择DARK,进行完编号后,进行完编号后行编号。如图这个选项，反之也行，择好后点COUNT按键，这样软件就会自动给你金相图片中的颗粒进我们就开始来进行相应的测量了。3,在2中弹出的对话框里选择MEASURE按键，选择下拉列表中的SELECT3*ctme，£UemsntsMeasurements:3gl电FilterR皿耳*e：Ars&10le+C虹(polygon)Ar依Fzt版iffeajor)加i*Gimor)BetHai酒七Cox4试thCent史lXCertt*r*X*立m与C&n

9、t«r-YCent*r-YGn&ss)ClisiAreaAx电m。工object.D'lesntiTitludeholes'1areaif<?illMolQoptioniiturnedoff.filterObjectsAREA（颗粒面积卜Measurenent：Density(r电d1|八Density(std.dev.)Density(上皿DiaiTiBtwir5ax)Di2曰tear(jneanjDiameterGni口)EndpointsFtr>st(nw)Feret(jieanjFere七Gain)FractalDim0nwionHfet电

10、ly电Ar电白HolRatioH«1«eAr世尊101«4Krtft(polygcn)Ile-hCDiamat«rG更m)01000CFilterRanges：Diameter。1代皿，3g白length»fdiihJTi6t&rem号2degreeintervals西d了m55inQthrongKobjecVscentroid.Select贻够URSelect世dmr-iElFilterObjecii拉列表中选择你要测量的各项数据，如果是测量颗粒尺寸的话一般选择perimeter（颗粒的周长卜DIAMETER（MEAN）（颗粒平均尺寸

11、）（一般不建议选这项，因为用软件测出的颗粒尺寸值会有误差，后面会讲）。选好后如图OK,然后点卜面的MEASURE，这样软件就会自动测量。点完MEASURE后刚才的对话框会自动关闭,然后我们回来刚才的那个COUNT/SIZE对话框，选择对话框上面的VIEW按键，选择里面,金相图片中选择的颗粒的相关数据都在里面（面积，周长，颗粒平均尺寸），然后我们只要把这些数据导出就行，选择FILE-EXPORTOPTIONS,选择里面的导入EXCEL,点OK,然后新建个空白EXCEL,用右键复制就行，这样刚才测量的数据都在EXCEL里面了。4,到这一步基本上测量结果就结束了，颗粒尺寸也得到了，但一般情况下不建议使用这项数据，因为会存在偏差。一般情况下是用公式来计算的。我们知道金相中的颗粒都是形状不一的，而我们使用的颗粒尺寸一般是指等径圆直径即把颗粒尺寸换