怎样做一张理想的琼脂糖凝胶电泳图

1、怎样做一张理想的琼脂糖凝胶电泳图说起跑电泳，肯定有人嗤之以鼻：哎呀！这个跑电泳还不简单啊，做块胶，上个样，插上电源跑就是了。接下来将会向大家展示实验室这些年跑电泳所遇到的一些问题，并为大家分析不同电泳图的所代表的结果以及在如何解决这些问题，希望对大家做出理想（漂亮）的电泳图有所帮助。 一、做一块优质的琼脂糖凝胶正所谓“工欲善其事，必先利其器”，能否做一块好的琼脂糖凝胶，直接影响到后面的电泳和结果的分析。新手一开始跑电泳的时候，会出现各种各样奇怪的图，如下图。 图一 图二从图一上看，DNA电泳时，DNA条带好像遇到阻碍而发生了扭曲；图二中DNA亮带虽没有发生扭曲，但是却出现了杂斑亮带。这是因为在

2、制胶时带入了其它杂质，形成了障碍物，使得DNA条带电泳时受到阻碍无法继续电泳，从而形成扭曲带（如图一）；或者是制胶时溶胶不完全以致琼脂糖颗粒残留，形成一些浓度较高的凝胶区域，在DNA电泳经过这些区域时，部分DNA被阻碍在这里而形成不规则亮带（如图二）。所以建议在制胶时注意以下几点：在制胶时必须将制胶模具、梳子以及烧杯等物品洗净，以免干胶及其他杂质带入；在溶胶时应观察溶液中是否有未溶解的琼脂糖颗粒，确保溶胶完全；在溶液倒入制胶模具前必须充分混匀，以免制出来的胶出现不均匀的现象。二、选择合适浓度的琼脂糖凝胶 除了以上这种低级问题，还有一个容易忽略的问题，那就是凝胶的浓度。比如：1：50bp DNA

3、 Ladder（simgen，cat.No.MD1001）2：100bp DNA Ladder（simgen，cat.No.MD1002）3：500bp DNA Ladder（simgen，cat.No.MD1003）4：1kb DNA Ladder（simgen，cat.No.MD1004）5：Hinding 1 2 3 4 5 1 2 3 4 5 图三 图四以上这两幅图是用相同的DNA Ladder、上样量、电泳电压并且跑了一样长的时间时，为啥差别非常明显？哪里不一样呢？就是由于采用了不同浓度的凝胶电泳而导致的。那怎么选择合适浓度的琼脂糖凝胶呢？简而言之，长片段的DNA选用低浓度的凝胶电泳

4、，短片段的DNA则选用高浓度的凝胶电泳-具体参考方案参考下表：表一：分离不同大小的DNA片段所用的最适凝胶浓度凝胶浓度0.5%0.7%1%1.2%1.5%2%DNA长度1kb-30kb800bp-12kb500bp-10kb400bp-7kb200bp-3kb50bp-2kb三、选择合适的核酸上样量电泳除此以外DNA上样量的多少也会影响电泳效果。 图五 图六图五是同一基因组DNA，图六是同一质粒DNA，但是因为不同的上样量，导致了不一样的电泳效果。经验告诉我们：要想电泳跑出可见条带的话，至少需要上样50 ng，但是0.5 cm宽的梳子最好不超过加0.5g的DNA量，因为上样量过多会造成加样孔超

5、载，从而导致拖尾或弥散，对于较长的DNA此现象更为明显。当然啦，加样量的多少还应依据加样孔的大小及DNA片段的长度而定，当加样孔大时，样品上样量应相应加大。四、选择合适的电压电泳 图七 图八图七和图八是同一样本跑出的图，但是出来的效果差别非常大，主要是因为电泳时的电压不同。图七由于电泳的电压过大，导致电泳条带都扭曲变形了(当实验使用GoldView 型核酸染色剂时差别更明显）。通常情况下电压越低，走出的电泳条带越平整。低电压电泳时，电泳缓冲液也不容易发烫，也能确保在电泳的过程中凝胶不会变形。当然电压太低，等待电泳结果的时间就会延长，综合考虑，一般控制电泳电压5V/cm，即可保证电泳条带的清晰度

6、。五、选择合适的电泳距离（控制电泳时间） 图九 图十最后的这两幅图是同一块凝胶在电泳的不同时间段拍摄的电泳图。大家有没有觉得图九的电泳条带还行呢，有主带，虽然有弥散、拖尾条带，但是主带还是很亮的。如果只是看有没有核酸的话，差不多就蒙混过去了，但是如果你是想看DNA状态或者是分离不同长度片段的DNA，那么必须多跑一会儿，这样就有了图十。图十可以看出有基因组DNA、质粒DNA以及RNA。为什么差别那么大？这是因为图九电泳的时间短，不同长度片段的DNA条带还未分离，都聚集在一起，所以只能看见DNA含量最高的主带；而图十的电泳时间比较长，不同长度片段的DNA条带已经分离，可以清晰看到不同长度片段的DNA条带，甚至两最下方的两条RNA条带都被分离开了。 当然啦对于一些片段的DNA，电泳20-30min家常便饭，有的甚至需要更长的时间，如果想稍微