生物信息学试卷

1、1.以下关于DNA测序的说法中不正确的是（B）Achain terminction sequencing（链终止测序？）B弗朗西斯方法（PPT1 47）C双脱氧核酸测定DSanger方法（PPT1 10）2.蛋白质结构分析方法包括（ABC）A.X衍射晶体学B,核磁共振普C.电子显微镜D.2D gel（双向凝胶电泳）3.序列联配的文件格式可以是（BCD）A.GenebankB.FastaC.PHYLIP（系统发育推断软件包 书P33）D.ALN（ClustalX的格式 书P33）4.把序列提交到三个主要数据库可以使用的工具包括（ACD）A. WebIn (EMBL P39)B.LinkDB（P5

2、4）C. BankIt (NCBI P40)D. Sequin (ncbi P40)5.数据检索的工具包括（ABD）A.entrez（P54）B.DBGET（P54）C.PDBD.SRS（序列检索系统）（P57）6.要查询一种蛋白质的序列，下面方法之中可以进行相似性搜索的是（BD）P77表A.BlastnB.BlastpC.BlastxD.Tblastn7.关于PSI-BLAST，下列说法中不正确的是（C）P84A. PSI-BLAST可以提高BLAST和FASTA的发现率B. PSI-BLAST可以检测序列之间的进化关系（P85）C. PSI-BLAST不会找到不相关的序列来污染迭代搜索D.

3、 PSI-BLAST检测找到的进化关系通常能比BLAST的结果多出两倍8.在PROSITE中，“AGC-STA-x(2)-G-DE-AP-GS”模式代表了下列哪些序列（BC）P94A.AGCSTAXXGDEAPGSB.ASHPGGAPSC.GTLVGTAPGD.AASTGEAPG9.以下数据库哪一个和蛋白质家族相关联（BCD）、A.TrEMBL P40 (已注释蛋白序列)B.PROSITE P94C.PRINTS P95D.BLOCKS P9510. 遗传分类学(分支系统学)是研究系统发育的一种方法，下列有关遗传分类学(分支系统学)的说法中正确的是（AD）A. 物种只会与跟具有相同派生特征的物

4、种形成组（种组）B.所有特征都列入考虑范围之中C. 分类以类似的表形为依据D. 特征在它们遥远的祖先中未曾表达11.可以用来构建系统发育树的方法有很多，一下哪一种方法属于距离矩阵法？（CD）P109A.最大简约法（P111）B.最大似然法（P111）C.不加权的算术平均组对法（UPGMA）（P110）D.近邻相连法（NJ）（P111）12.蛋白结构预测的方法包括（ABCD）P159A.比较模型B.折叠识别C.二级结构预测D.从头预测13.关于比较模型，下列哪些说法是错误的（AD）161A.校准过程是建立比较模型中最关键的一步B.在所有的预测方法中，比较模型是最精确的C. 比较模型也叫同源模型D

5、. 比较模型不需要模板蛋白14.关于二级结构预测，下列哪些说法是错误的（AC）166A.它产生一个完整的三级结构原子模型B.它只提供预测每个残基的二级结构C.它涉及到的理念是以残基的二级结构为基础的D.它对残基的预测分为三个类型：螺旋的，展开或线状的，和卷曲（盘状）的15.蛋白质结构预测的最佳策略是（A）174A.首先是比较模型，然后二级结构预测，其次是折叠识别B.首先是二级结构预测，然后比较模型，其次是折叠识别C.首M模型，然后折叠识别，其次是二级结构预测D.首先是二级结构预测，然后折叠识别，其次是比较模型填空16在进行序列同源比对时，常用的算法有Smith-Waterman算法，FASTA

6、和BLAST.其中，_Smith-Waterman_能找到两序列之间的最佳比对，但处理速度却相当慢；而_ BLAST._敏感性最差，但是速度最快。P6317.在通常，如果你需要检测封闭序列之间的关系，最好选择_空位罚分。另一方面，检测远源关系时最好选择_罚分。（P64）18.任何一套序列都可以表现出_(相似性)，只有当序列是从一个共同祖先进化分歧而来的，它们才是_(同源的) （P65原文）19.蛋白质编码序列的进化与基因组中其他区域相比较为缓慢，原因是其需要保持蛋白质的_（结构）和_（功能）的稳定性。 P6820.在进行序列相似性搜索之前，一些类型的序列相似相对难以揭示进化关系，这些类型序列包

7、括_（低组成复杂度区域间的相似），短的重复片段间相似以及_（编码普通结构的蛋白序列间的相似） P82原文21.比较模型可以通过基于网络的服务器_（SWISS-MODEL）来建立，其预测结果可以通过_（SWISS-PDBVIEWER）查看。P16522.跨膜段往往含有较高比例的_(疏水性)残基和通常那些残基的长度大于_(20) P17023.预测外显子的_(ORF)假定：只要找出序列中最长的ORF（大于_（300bp）就能相当准确地预测出基因。P12124.研究关系密切的物种的进化关系，我们需要找到_(进化足够快的分子)，相反，如果我们想研究更多不同种类物种之间的进化关系，我们需要找到_(普便存

8、在的高度保守的分子) P11525内在膜蛋白包含与跨摸片段（通常是但不总是（螺旋）有关的多条普通的（疏水）氨基酸链，并由膜外水性环境中更多的亲水回环连接。 P128判断（无答案）1.Accession numbers 用NT_XXXXXX，NM_xxxxxx，和NC_xxxxxx的形式来表示2.PDB文件的“ATOM”行展示在字符列中而不在单词列中。 P333.有相同折叠或拓扑结构的蛋白质或多或少包含相同的二级结构4.Oynamic算法（？）可以计算出两条序列之间的best alignment56.7.8.存在这样一些蛋白，他们的序列和结构很相似，但其功能却不同9.10.RMSD值越大表示两个蛋白分子的三维骨架结构越相近名词Sequence similarity search 序列相似性搜索 P61Local Sequence alignment 本地序列比对 Gap penalty 空位罚分 P64Multiple sequence alignment 多序列比对Phylogenetic trees 系统进化树 P104Annotati