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文档简介
1、 总能量,动能,势能,比热容,瞬时温度,瞬时压强,相变特征 结构特征 时间相关函数与输运系数,Green-Kubo 关系 Ewald 求和 邻居列表算法 (Neighbor lists methods) 势能列表 热力学积分法 (Thermodynamic integration method) 接受率法 (Acceptance ratio methods) 重叠分布方法 (Overlapping distribution method) 伞状采样 (Umbrella Sampling)简单的数据分析简单的数据分析能量数据 动能 Ek, 势能 Ep,总能量 E 比热容22ppB2B32NVTV
2、EECNkk T 瞬时温度kB2TEdk其中 d 是维数 瞬时压强 1ijijijPkBTd Vf rr相关系数22( , ),0,1AABBc A BcAABB 时间相关函数 0000220000( , , )A ttA ttB tB tc A B tA ttA ttB tB t 时间自相关函数 0000200( , )A ttA ttA tA tc A tA tA t结构特征 Radial distribution function (RDF): 在距离 r 处找到粒子的几率。2( )ijij iVg rrrN理想气体( )1g r Structure factor: RDF 在 K 空间
3、的傅里叶变换,实验可直接观测。 20sin14krS krg r drkr 扩散系数 Mean square displacement (MSD): 时间 t 间隔内粒子运动的平均距离的平方。 22211NiirtrtrtN Diffusion coefficient: 22rtdD其中 d 是维数 Velocity autocorrelation function (VACF): 0tvv 00Dtdtvv 周期边界条件下长程力的计算方法。把点电荷用屏蔽电荷分为实空间的短程力和长程力,短程力在实空间做截断,长程力傅里叶变换到K空间里做截断。Ewald SummationBy Dr. John
4、 A. Board at Duke University Particle mesh Ewald (PME) 和 Particle-Particle Particle-Mesh (PPPM)算法:把空间离散化,从而可以使用快速傅里叶变换(FFT)把计算复杂度从 O(N2) 降为 O(Nlog(N)。邻居列表(neighbor list) 每两个粒子都计算距离的遍历计算复杂度是 O(N2),而实际上因为短程力可以做截断,大量远距离的力为零。 为了加快计算速度,把空间划分成立方块,每个立方块的边长为截断距离。计算粒子间距离时,对于给定粒子,只遍历最临近的27个立方块(包括自身所在的立方块)内的粒子。计算复杂度降为O(N)。势能列表 为了加快计算速度,在
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