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文档简介

1、附表四:大学生创新创业训练计划项目结题报告书 项目名称: 黔北麻羊GHSR基因外显子2多态性及其与体重体尺的关联 项目负责人: 李 达 项目主持单位: 贵州大学动物科学学院 指导教师: 罗卫星 签订时间: 2012年9月6日 贵州大学教务处制项目名称黔北麻羊GHSR基因外显子2多态性及其与体重体尺的关联分析项目等级国家级 省级级 校级 项目编号项目类别创新训练项目 创业训练项目 创业实践项目负责人姓名李达班级09动科a班联系方式项目组其他成员序号姓名班级项目分工2韦国渠09动科a班资料收集3赵英09动科a班样品采集整理4宋桃伟研二指导实验校内导师罗卫星职称(职务)教师研究方向遗传育种企业导师职

2、称(职务)所属单位资助经费1500元支出经费3000元立项时间2012年9月6日完成时间2013年4月28日项目实施情况(1500字以内):概要:本研究以黔北麻羊为试验对象,采用DNA池结合PCR产物直接测序及PCR-SSCP技术对GHSR基因进行单核苷酸多态性检测。结果发现,在黔北麻羊GHSR基因外显子2处检测到1个错义突变位点G200A,氨基酸由甘氨酸变为丝基酸,表现为3种基因型,分别命名为GG、GA和AA,其频率分别为:、和,等位基因G、A频率分别为和。2检验表明,黔北麻羊GHSR基因G200A位点分布符合Hardy-Weinberg平衡()。基因型与体重体尺的关联分析显示,GG和GA基

3、因型个体的体重极显著高于AA基因型个体(),而其余6个指标差异不显著()。用软件自行设计2对引物,扩增山羊GHSR基因目的序列,引物送上海生工生物工程合成。1.4 PCR反应体系及条件 DNA池PCR PCR反应体系为DNA模板4 mL,上下游引物(10 pmol/mL)各3 mL,2Taq PCR MasterMix 25 mL,加双蒸水至50 mL。PCR反应条件:94 预变性4 min,94 变性40 s, 退火45 s,72 延伸45 s,35个循环,72 再延伸10 min,最后4 保存。 1.4.2 PCR-SSCP PCR反应体系为15 mL,包括DNA模板2 mL,上下游引物(

4、10 pmol/mL)各1 mL,2Taq PCR MasterMix 7.5 mL,双蒸水3.5 mL。PCR反应条件:94 预变性4 min,94 变性30 s,61.7 退火35 s,72 延伸35 s,30个循环,72 再延伸10 min,最后4 保存。单链构象多态性PCR产物用10%的聚丙烯酰胺凝胶(PAGE胶)电泳检测。5 mL PCR产物中加入8 mL变性剂(95%去离子甲酰胺,25 mmol/L EDTA,0.025%二甲苯青,0.025%溴酚蓝),于100 沸水浴中变性15 min,置于20 冰箱中保存15 min,同时将10%的PAGE胶进行250 V电压预电泳30 min

5、,待点样完成先进行250 V电压预电泳15 min,后改为120 V电压电泳10-12 h,最后银染并判型。1.5 PCR产物测序 利用1%的琼脂糖凝胶电泳检测PCR产物。选取特异性好、产量高的PCR产物送北京诺赛基因组研究中心(双向)测序。1.6 统计分析 统计基因型频率和等位基因频率,并进行适合性卡方检验。构建单因素最小二乘模型:Yijk=m+marker+eijk。其中,Yijk为性状表型值,m为总体均数,marker为标记基因型效应,eijk表示随机残差。采用统计软件GLM模型对基因多态性与性状间的相关性进行最小二乘分析,统计结果均以平均值标准差表示。项目创新点与特色(包括使用了什么样

6、的创新方法、手段,项目的科学意义和应用价值等,500字以内): 运用DNA池和测序技术筛查SNP具有方便快捷、切实有效等优点。李稳等9运用DNA池检测到了猪Dppa5基因的多态位点并利用单链构象多态性技术进行了验证。淮永涛10先采用PCR-SSCP技术检测了牛SIX3和SIX6基因在5个牛群体中的部分SNPs,后根据DNA池进行了对比,结果一致。而在李敬瑞的猪五个候选基因的遗传变异研究硕士论文中,也可以看到该技术检测SNP位点的准确性11。本试验采用该方法首次在黔北麻羊GHSR基因外显子2处检测到1个SNP位点G200A,针对G200A位点,设计一对特异引物,采用SSCP技术对其进行检测,结果

7、显示该位点处确实存在突变位点G200A,这一结果验证了运用DNA池技术筛查SNP位点的可靠性。DNA池作为一种快速筛查SNP位点的检测方法,以其时间段和成本低等优点必将在分子生物学领域受到更广泛的运用项目详细成果:包括发表论文(应注明论文题目、发表刊物、发表时间、作者、是否被SCI、EI收录等详细信息)、专利(专利申请及获批、专利名称、专利号、申请人、获得日期等信息)、实物、软件、图纸、获奖证书等。项目申请书中的预期成果及成果提交方式:1. 对贵州山羊品种的指标进行测量,进行体测与体重的相关分析2 . 在核心期刊上发表论文12篇。项目结题时取得的成果:1. 本试验采用运用DNA池和测序技术筛查

8、SNP方法首次在黔北麻羊GHSR基因外显子2处检测到1个SNP位点G200A,针对G200A位点,设计一对特异引物,采用SSCP技术对其进行检测,结果显示该位点处确实存在突变位点G200A,这一结果验证了运用DNA池技术筛查SNP位点的可靠性。DNA池作为一种快速筛查SNP位点的检测方法,以其时间段和成本低等优点必将在分子生物学领域受到更广泛的运用。2. 在贵州农业科学2013年第十期发表核心期刊论文一篇。项目实施的收获与体会(1000字以内): 已有研究表明,GHSR是调节机体体重和能量平衡的一个重要组成部分,GHSR与其前体GHRL的结合具有促进GH分泌的功能3。Lei M等12研究发现G

9、HSR基因外显子1上的G18790036A位点变异与鸡皮下脂肪带宽度极显著相关。Shuto Y等7发现GHSR功能缺失的转基因大鼠与对照组相比体重降低、脂肪组织减少。Pantel等13研究了2个身高矮小家族GHSR基因多态性,发现选择性损害GHSR活性导致了机体的生长障碍。目前,国内外鲜见关于山羊GHSR基因的相关报道。本试验采用PCR-SSCP技术检测了黔北麻羊GHSR基因第2外显子多态性,发现G200A位点存在2种等位基因G和A,等位基因频率分别为和,3种基因型GG、GA和AA,其频率分别为、和,G为优势等位基因,GG为优势等位基因型。群体遗传结构分析显示,该位点多态信息含量表现为中度多态

10、且分布符合Hardy-Weinberg平衡,说明该位点能够提供比较合理的遗传信息。多态性与体重体尺性状间的关联分析表明,GG和GA基因型个体的体重极显著优于AA基因型个体(),而其他各性状各基因型间差异未达到显著性水平(),这提示了GHSR基因可能是影响黔北麻羊生长性状的候选基因,但该位点能否作为黔北麻羊体重指标选择的遗传标记而用于指导地方山羊品种选育有待进一步研究。通过本实验老师的认真指导与师兄的耐心引导,使我们一组的同学充分感受到了研究学术的氛围,为我们今后从事各种工作追求真理与刻苦钻研提供良好的经验,本次实验对于我即将走进研究生更是意义重大,我将把它当做我研究生开始科研项目的第一步,总结

11、经验在今后的实验中努力学习,不断提高,使自己真正在学术方面有所成就。再次,非常感谢学校有这样的创新型项目让我们又自我提升的机会,同时再次感谢导师的指导。经费使用情况序号经费科目金额(元)1资料打印费1502样品采集费40033、进行实验阶段 DNA提取用药品材料,PCR化学试剂测序所需试剂,实验试剂盒购买8004论文撰写与发表版面费1650合计3000项目组承诺:我保证上述填报内容的真实性,经费使用规范合理,项目成果无弄虚作假情况。主持人签名: 项目组其他成员签名:日 期:指导教师意见(手写): 签名: 年 月 日学院意见: 主管领导签字(盖章): 年 月 日学校意见:综合评价:( )优 (

12、)良 ( )中 ( )合格 ( )不合格 签字(盖章) 年 月 日附录一:项目总结报告项目名称:黔北麻羊GHSR基因外显子2多态性及其与体重体尺的关联分析总结报告撰写要求一、结构总结报告一般分题目、参加人姓名、参加人所在学院、指导教师姓名及职称、摘要、关键词(以上均需中、英文)、正文、感悟与寄语、参考文献等几个部分。其中:正文:(1)理工农类,应由选题背景、方案论证、材料与方法、结果与分析、创新点、讨论等部分组成;(2)经管文法类,应由选题背景、方案论证、研究方法、研究内容、研究结果、讨论等几个部分组成;(3)艺术、体育及其它按照学科专业特点参照以上毕业设计、论文、创作阐释等撰写。参考文献:总结报告中引用他人成果、结论、观点的文字,文中需有参考文献标识。参考文献作者3人以上时,必须写齐前3人姓名,超过3人时,其后加“,等”。二、格式具体格式参考贵州大学本科毕业论文(设计)指南撰写规范。三、字数总结报告不少于3000字。附录二:项目成果(具体成果材料附后)成果

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