蛋白质三维结构数据库——PDB

1、蛋白质三维结构数据库PDB庞景之 5110809053简介：蛋白质数据库（RCSB Protein Data Bank - RCSB PDB，简称PDB）是一个专门收录生物大分子（如蛋白质、核酸）的结构资料的数据库，是结构生物学研究中的重要资源。历史：PDB的历史可以追溯到1971年，在1998年PDB被移交给了Research Collaboratory for Structural Bioinformatics(RCSB)。2003年，Worldwide Protein Data Bank（wwPDB）的成立使得PDB成为了一个国际性组织，其他成员包括PDBe、PDBj、BMRB，它们也为

2、PDB提供了数据积累、处理和发布的中心。地位：现在各个主要的科学杂志、基金组织会要求研究人员将自己的研究成果提交给PDB。PDB可以免费访问和获取资源，虽然PDB的数据来源于世界各地，但每条提交的数据都会经过wwPDB的审核与注解，并检验数据是否合理。涵盖范围：PDB中收集了不同类型的结构，包括蛋白质、DNA、RNA以及蛋白-配体复合物。使用方法：PDB提供多种搜索方式，用户可直接在主页上输入结构的ID（可以是PDB、Uniprot、Pubmed）、作者、物种、配体信息等进行搜索。此外也可以通过输入蛋白质序列通过BLAST匹配相关蛋白。此外，PDB还提供以化学结构和化学组成成分为基础的结构搜索

3、。如果搜索结果较多，用户可根据物种、实验方法、X-ray分辨率、发布日期等多种方式对结果进行筛选，以减小目标范围。在相关的搜索结果中，用户可以获取某结构相关的物种、组成、实验方法（X-ray、NMR等）、分辨率、残基数目、提交时间、引用文献等一系列相关信息。用户可根据以上信息筛选自己感兴趣的结构进行详细了解。点击某个感兴趣的结构，用户可以获得该结构的类型、分子量、多聚体数量、链组成等基本信息，还可以看到该结构的序列、突变型、二维结构分布、三维结构相似序列以及相关文献等很多信息。此外，PDB与很多数据库合作，使得用户可以直接获取蛋白的Uniprot序号和相关文献的pubmed序号。选定感兴趣的结

4、构并点击，用户即可获取该结构的详细信息，并且下载其三维结构的文件。特点分析：相比其他的蛋白质数据库，PDB最大的特点在于用户可以获取蛋白质的三维结构文件。在PDB网站上，用户可以预览某结构的三维结构图，直观地看到结构的对称性、二级结构和三级结构等空间构象信息。PDB免费提供给用户所有结构的信息，用户可选择以pdb、FASTA等格式将某结构信息下载到电脑中，其中pdb格式文件可通过 PyMol、VMD等 软件直接查看和编辑其三维结构。 以下是截至2014.10.14 5PM，PDB数据库中收集的所有结构数量：Exp.MethodProteinsNucleic AcidsProtein/NA ComplexesOtherTotalX-RAY8617315744613592365NMR93261096220710649ELECTRON MICROSCOPY599671920858HYBRID6432170other1604613183Total963222744503326104125PDB网站关键页面截图（搜索关键词以biotin为例）：1. 搜索界面，用户可输入相关信息2. 搜索结果展示界面，上方可以根