实用生物信息技术期中考试

1、PAGE PAGE 6实用生物信息技术期中考试北京大学生命科学学院1班（A卷） 2009年4月28日姓名_座位号PKU09S1_ 得分_1. 简述选修本课程目的，谈谈学习收获、体会和遇到的困难；是否缺课，缺课原因和补救措施；简述下半学期学习计划，提出改进本课程教学意见和建议。 （20分）2. 简述你已经从事和准备进行的研究课题。说明利用NCBI生物医学文献摘要数据库（PubMed）进行研究课题相关文献检索的方法。给出近3年来国际上本课题（或本领域）相关研究论文总数、可通过PMC免费获取全文的论文数，列出5篇你最感兴趣的论文或综述PubMed编号（PubMed ID）。通过文献检索，列出国际国内

2、从事本课题相关（或本领域）研究的实验室和主要研究方向，并说明你计划进行的研究方向。 （20分）3. 简述通过Entrez、SRS和UniProt获取研究课题相关核酸或蛋白质序列方法，并填下表。（20分）登录号名称长度注释信息4. 以研究课题相关核酸和蛋白质序列为例，说明利用WebLab、ExPASy或SRS分析工具进行实际分析的思路和基本分析步骤，给出主要分析结果。 （20分）5. 以小鼠血红蛋白A链（P01942）为检测序列进行BLAST搜索，找出SwissProt数据库中所有小鼠珠蛋白（Globin）家族成员，将搜索结果填入下表。分别用邻接法（Neighbor-joining）和最大简约法

3、（Maximum-parsimony）对搜索到的小鼠珠蛋白家族构建系统发育树，画出两种树的拓扑结构，并比较它们的异同。根据上述分析结果，说明小鼠血红蛋白基因家族和人血红蛋白基因家族异同。 （10分）AccessionNameIdentity (%)LengthE-ValueBit Score6. 斑头雁血红蛋白序列、结构、功能、进化分析（10分）以“bar-headed goose hemoglobin”检索UniProt/Swiss-Prot序列数据库，该数据库中收录斑头雁序列共_条，其中血红蛋白序列_条。斑头雁血红蛋白A链序列登录号为_，名称为_。 UniRef数据库中与该序列条目相似性高

4、于90的序列共_条，其中Swiss-Prot数据库中收录_条。下载上述Swiss-Prot数据库中收录的与斑头雁血红蛋白A链相似性高于90的序列物种序列，进行多序列比对，结果表明，上述序列中变异位点共_个，约占_%，其中信息位点_个，约占_%。从Swiss-Prot数据库中分别下载斑头雁血和灰雁（Graylag goose）红蛋白A链和B链序列进行序列比对，找出其差异位点，填入下表中：SpeciesA chainB chain19Bar-headed gooseGlyGraylag gooseSer用蛋白质结构图形显示软件Swiss-PdbViewer比较斑头雁氧合血红蛋白（1A4F）和灰雁氧

5、合血红蛋白（1FAW）空间结构。斑头雁氧合血红蛋白链有_个组氨酸残基，其中_与血色素环中央鉄原子共价结合，键长_埃；_与血色素环中央氧原子（OXY150）以氢键结合，键长为_埃；用结构叠合（Fit）方法将斑头雁氧合血红蛋白A链链二聚体和灰雁氧合血红蛋白A链B链二聚体按碳（CA）叠合，叠合后均方根误差（Root Mean Square Deviation, RMSD）为_埃；找出斑头雁和灰雁血红蛋白A链第119位差异残基；斑头雁血红蛋白中该残基侧链碳原子（C）周围4埃内B链残基共_个，分别为_，灰雁氧合血红蛋白中该残基侧链、碳原子（CB、CG、CD）周围4埃内B链残基共_个，分别为_。根据上述分析结果，参阅文献“Jessen TH, et al. Adaptation of bird hemoglobins to high altitudes: demonstration of molecular mechanism by pr