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文档简介

1、案例研究地塞米松应答通路检测与分析问题的提出 药物的功效，是药物应答分子通路状态的最终体现。近年来，以通路为核心的研究，日趋成为药物研发的热点。 1）致病通路是药物治疗的新靶点。 2）药物应答通路的状态时联合用药的依据 3）药物应答通路分析提供了上市药物的新 用途。 问题的提出 目前通路分析工具并不十分适合用于药物应答的通路的分析。 其主要缺陷为： 1）多数以差异表达基因为计算对象，忽略 了应答通路内部的相关基因； 2）不考虑基因-基因信号作用的顺序； 3）应通路整体为研究对象，而忽略了其内 部具有具体功能（如促增殖、抑凋亡）的子路径。问题的提出 因此，本研究拟以通路中从细胞膜到细胞核的具体功

2、能子路径为研究对象，通过适宜的数学评价方法，建立检测和分析地塞米松应答通路状态。5（1）子通路拆分子通路定义子通路拆分子通路拆分子通路数目长度平均长度含有基因数目877322-259.574179 子通路长度分布图从子通路角度更清晰地分析生物学状态子通路中基因 高度冗余（2）显著子通路鉴别假设：药物刺激前后子通路的状态不一致Gene AGene BGene CS1S2距离越大子通路越显著p=rank(dxy)/104 ABC（2）显著子通路鉴别地塞米松刺激PC3细胞表达谱数据（CMAP ID：2709）基因高度冗余显著子通路长度分布子通路显著性评价显著子通路数目含有的基因数目长度覆盖的通路数目

3、82528252-1892长的子通路中是否含有短的子通路？是否几个基因的改变 可同时使长短通路改变 假设显著子通路的状态仅由几个基因支配（3）重要基因组合提取.不同长度子通路前n个基因累积贡献率大于80%的子通路比例分布图前六个基因代表子通路80%以上状态仅几个基因代表子（3）重要基因组合提取.555个重要基因组合Prostate Cancer通路中的重要基因组合 Pathway in Cancer中的重要基因组合抑制血管生成 促进增殖（3）重要基因组合提取基因冗余性高，哪些更重要？前十个重要基因组合8个基因抑制淋巴细胞转移 ？联合用药 治疗癌症抑制血管生成 555个重要基因组合,含213个基因平台期促增殖 （4）主效网络构建地塞米松应答主效网络孤立节点（5）与传统方法比较评价通路显著性DAVID(2)DAVID(1.5)DAVID(1.2)GeneTrail子通路通路个数01112152119

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