实验七 动态规划算法比对序列

1、这个程序，如果你和同学的得分一样，但是比对结果不同。不用担心。打分规则里面，如果 两种或者三种情况得分一样，就会有多条途径可走，所以，造成的比对结果不一样。我是这 样认为的而上一个实验，就不会出现这种情况。因为打分规则的原因。此次实验打分规则里面的分太 多了导致的具体懒得讲，自己去想OOOOOO#!/usr/bin/perl -w$seql=,YKRDKPHVNIGTIGHVDHGKTTLTAAITSVLAKERGITISTAHVEYQTDKRHYAHIDCPGHADYIKNDG PMPQTREHILLARQVNVPALVVFLNKVDILLELVEMELRELLTEYGFPGDDIPIIKG

2、SALNIMELMD,;$seq2=,IGHVDHGKTTLTAAITSVLAKERGITISTAHVIKNMITGAAQMDGAILVVAGTDGPMPQTREHILLARQ VNVPALWFLNKVDIALLELVEMELRELLTEYGFPGDDIPIIKGSALNALNEKAIMELMDAVDDYIP,;seql=split(/$seql);seq2=split(,$seq2);#定义罚分规则#$match=l;#$dismatch=O;$gap=-4;%HoH=();#初始化“双维关联数组”$blosumFile=,C:UsersAdministratorDesktopBLOSUM6

3、2.txt,;&BLOSUM; #从blosum文件，赋值“双维关联数组” %HoH#打分矩阵第一列和第一行赋值 #$score00=0;$lenl=(seql);$len2=(seq2);#横着赋值for $i(0.$lenl)$score0$i=$gap*$i;#竖着赋值 for $j(0.$len2)($score$j0=$gap*$j;#填充得分矩阵的其他位置for $i(l.$lenl)($letter2=$seq2$i-l;for $j(l.$len2)$letterl=$seql$j-l;if($letterl eq $letter2) #路线斜着走(要么匹配，要么容忍) $di

4、agonal=$score$i-l$j-l+&getScore($seql$i-l/$seq2$j-l); )else$diagonal=$score$i-l$j-l+&getScore($seql$i-l,$seq2$j-l); )$up=$score $i-l $j+$ga p;#路线竖着走 $left=$score$i $j-l+$gap;# 路线横着走#比较四种情况的最优得分 if($diagonal=$up)if($diagonal=$left)$score$i$j=$diagonal;$trace$i$j=l; else $score$i$j=$left;$trace$i$j=2;

5、) )else if($up=$left)$score$i$j=$up;$trace$i$j=3;else $score$i$j=$left;$trace$i$j=2;)print 最高得分为$score$i-l$j-ln;#在得分矩阵中，找到最优路径的标记，从而找到最优路径$j = seql;$i = seq2;$k = 0;#alignl;#align2;while(l)(if($i 0 & $j 0)(if($trace$i$j =1)($alignl$k = $seql$j-l;$align2$k = $seq2$i-l;$k+;$j-；$i-；next;)elsif($trace$i

6、$j = 2) $alignl$k = $seql$j-l;$align2$k=$k+;$j-；next;)elsif($trace$i$j = 3) ($alignl$k =$align2$k = $seq2$i-l;$k+;$i-；next;elsif($i=O&$j!=O)($align2$k =$seql$j-l;$alignl$k =$k+;$j”；elsif($j=O&$i!=O)($alignl$k =$seq2$i-l;$align2$k=$k+;$i”；elsif($j=O&$i=O)(last;)alignl = reverse(alignl);align2 = rever

7、se(align2);print比对结果为：n;print”序列 1： alignln;print”序列 2： align2n;sub BLOSUM(open(BLOSUM, $blosumFile) or die Cant open data.txt: $!;while () (next if /A#/;#忽略所有以#开始的行#然后以空格为标准，劈开每一行，放入双维关联数组($AA, $A, $R, $N, $D, $C, $Q, $E, $G, $H, $1, $L, $K, $M, $F, $P, $S, $T, $W, $Y, $V, $B, $Z, $X, $m ) = split(

8、)；$HoH( $AAA = $A;$HoH( $AA R = $R；$HoH( $AA ,N, = $N;$HoH( $AA HD1 ) = $D;$HoH( $AA lC ) = $C;$HoH( $AA (Q! = $Q;$HoH( $AA E = $E;$HoH( $AA,G,=$G;$HoH( $AA X，H = $H;$HoH( $AA T) = $I;$HoH( $AA ,L,( = $L;$HoH( $AA K = $K;$HoH( $AA =$HoH( $AA F = $F;$HoH( $AA P = $P；$HoH( $AAS = $S;$HoH( $AA T = $T;$HoH( $AA W*( = $W;$HoH( $AA Y = $Y;$HoH( $AAV = $V;$HoH( $AA B = $B;$HoH( $AA(Z = $Z;$HoH( $AA X1 = $X;$m=-4;close (BLOSUM);