网络生物医学信息资源获取及应用课件

1、网络生物医学信息资源获取及应用 宁波大学医学院-卓仁杰zhuorenjie第一章 生物医学信息学导论 生物医学信息学：是一门有关处理生物医学（和人类健康）相关的信息、数据以及如何解决问题和作出决定的学科，它几乎涉及生物医学科学的所有基础和应用领域，并与现代信息技术尤其与计算机和通讯技术紧密结合。 主要研究对象：生物医学和临床医学的数据与生物信息资源。主要研究内容：生物医学信息学的理论、技术与方法。分 基础研究：围绕生物医学信息学方法、技术及理论。 应用研究：分子与细胞过程（生物信息学）、组织与器官（影像信息学）、个体（临床信息学）、人口与社会（公共卫生信息学）。第二章 生物医学信息资源 生物医

2、学信息资源按载体形态可分为印刷型、缩微型、视听型、数字化资源。印刷型和数字化资源是两大主流信息资源。 第一节 印刷型资源 也称为纸张型文献，可以为手工书写，也可以由计算机打印或复印机复制，传真传递，不管记录方式如何，载体总是纸张。这类型文献特点是符合人类传统的阅读习惯、实用、方便。1、图书：较系统论述某一专题或学科知识的著作，内容成熟，相对较陈旧。一般都有封面、书名、作者、出版发行机构和其他版权项，有固定的装帧，唯一和专指的ISBN号。ISBN764650268-X 中国 出版者号 书序号 校验码分（1）专著和文集，（2）参考工具书：词典、教科书、百科全书、年鉴、手册、名录、图谱等。 2、期刊

3、：也称杂志，一些记录的知识较新颖，所含信息密度较大的定期或不定期出版的连续出版物，一般有固定的名称、编辑机构及板式装帧。出版周期短、刊载速度快，数量大，内容较新颖、丰富。有学术性期刊、科普性期刊、快报简讯性期刊、检索性期刊、综述性期刊。 如Nature、Science 中华医学杂志、中国药理学报 3、特种文献：非书非刊资料，除图书、期刊以外的其他出版物。数量大、种类多、内容广、参考价值大。主要有：科技报告：关于某项研究成果的正式报告，或是对研究过程中每个阶段进展情况的实际记录。科技报告可分基础理论研究和工程技术两大类。全世界每年70万件，美国四大报告：PB（美国政府出版局）报告、AD（美国武装

4、部队技术情报服务）报告、NASA（美国国家宇航局）报告、AEC（美国原子能委员会）报告。会议论文：学术会议上宣读、发表或交流的文献资料。发表时间比一般连续出版物早一年左右，是重要的情报源。学位论文：高校和科研机构的研究生、毕业生为取得学位而撰写的学术研究论文，分博士论文、硕士论文和学士论文三种。专利文献：记载专利技术详细内容及被保护技术范围的各种发明说明书。根据专利的技术水平和应用情况，类型有发明、实用新型和外观设计。标准文献：技术标准、技术规格和技术规则等文献的总称。有法律约束力。WHO出版物：涉及全球公共卫生重要问题，有丛书系列和期刊系列。会议文献：会议常用名称：Conference（大会

5、）、Meeting（小型会议）、Symposium（讨论会）、Proceeding（会议录）、Paper（单篇论文）、 Transaction（汇报）。标准文献：国际标准组织代码（ISO7529）、ANSI代码（ANSI MD12.5-1998）、GB代码（GB8786-81）。国外技术标准来源常有Standard、 Specification 、Code、 Rules、 Instruction、 Recommendation 等词。技术报告：包括Technical Report No. 、 PB代码（PB-）、AD代码（AD-）、NASA代码（NASA-TP、NASA-TM、NASA-TI）

6、、DE代码（DE-）及PR（Progress Report）等标识。学位论文：PHD.Dissertation、Master Dissertation 等标识。第二节 数字化资源 数字资源是通过计算机网络可以利用的各种信息的总和。 电子出版物：以数字代码方式将图、文、声、像等信息存储在磁广电介质上，通过计算机或具有类似功能的设备阅读使用，用以表达思想、普及知识和积累文化，并可复制发行的大众传播媒体。 按载体形态分 单体电子出版物，磁盘或光盘网络电子出版物，计算机网络上公开发行的信息资源 按内容形式分 文本型全文电子出版物 二次文献型电子出版物 多媒体电子出版物 一、电子图书（E-Book）（一

7、）与生物医学相关的大型电子图书服务系统 通过代理帐号或国内其他镜像网址进入 1、Netlibrary 美国联机计算机图书馆中心（OCLC） 的Netlibrary（, ），涉及自然科学和人文科学各个领域，收录全球312家出版社的近5万种电子图书，为世界上7300多家大学图书馆、公共图书馆和专业图书馆提供服务。4、Springer LINK（http:/link.springer.de /link/service/series）德国施普林格公司是大型电子出版集团。出版的系列科学讲义电子丛书，涉及理工科及生命科学。（二）电子版生物医学参考工具书Wiley参考工具书(erscience./refer

8、ence.html)Encyclopedia Britannica Online (/)Encyclopedia of Life Science (http:/www. )Cytokines Online Pathfinder Encyclopaedia(http:/www.copewithcytokines.de/cope.cgi?lex-a)Cancer Handbook()在线医学图谱()二、电子期刊 特点：时效性强 信息内容表现丰富 使用便捷收费情况：1、免费提供全文 2、免费提供全部期刊的目录并提供部分全文 3、只免费提供文摘、目录 4、限期提供免费全文浏览 5、只提供给本校师生生物

9、医学相关大型电子期刊数据库 P28网上特色生物医学全文电子期刊系统 P31网上优秀生物医学专业全文期刊 P31网上循证医学期刊 P34网上药学专业全文核心期刊 P35免费生物医学全文电子期刊1、Freemedical journals 由Bernd Sebastian Kamps创办(/htm/index.htm)，提供1440多种14种语言免费医学期刊全文。2、Highwire免费期刊(/lists/freeart.dtl#ajpcell) 是美国斯坦福大学图书馆创立，侧重生命科学与医学360种优秀期刊。3、Directory of Electronic Health Sciences Jo

10、urnals(DEHSJ)(.au/index.php?p=100)是Anne Harrison Award 1999年创建与维护，提供临床医学、生物医学研究、护理等英文核心期刊140多种。4、Biovisa () 收集1601种在线生物医学期刊的信息，可链接187种免费期刊和84种图书。5、Science Online(科学在线中文门户网站；, 科学 ) 是反映当前自然科学各领域研究动态和成果的综合性杂志。(p41)6、“好医生”网站()，免费提供100种中英文对照摘要的核心期刊。 三、网络资源（一）重要生物医学综合网站 1、National Center for Biotechnology

11、 Information (NCBI，美国国家生物技术信息中心， /Entrez) 是分子生物学领域最著名的权威性网站， Entrez是1991年NCBI开发的为用户提供整合的访问序列、定位、分类和结构数据的搜索检索系统，提供序列和染色体图谱的图形视图，并实现包括生物分类数据库（Taxonomy)在内的各数据库之间的交叉链接。 Entrez包括：（1）核酸序列数据库 包含GenBank、EBML、DDBJ三大国际核酸序列数据库，基因组序列数据库的序列数据以及美国商标专利局和其他国家专利局的专利序列数据。（2）蛋白质序列数据库 包括从GenBank、EBML、DDBJ核酸序列编码区翻译而来的蛋白

12、质序列，以及PIR、PSD、SWISS-PROT、PDB、PRF等数据库的蛋白质序列数据。 （3）全基因组数据库 包括各种基因组数据库、完整的染色体、连续的序列图谱以及集成的遗传图谱和物理图谱。（4）大分子结构数据库 包括X线晶体衍射和磁共振测得的蛋白质数据库。（5）PopSet数据库 在各种人群、进化及突变研究中产生的配对序列，及核酸和蛋白质数据。（6）在线孟德尔人类遗传学（OMIM）数据库 人类疾病和遗传疾病的目录数据库。（7）PubMed数据库 生物医学相关综合文献信息，及与序列相关的文献信息。NCBI的特色软件（BLAST），序列相似搜索程序，可作为鉴别基因和遗传特点的手段。15秒内D

13、NA数据库全搜索2、National Institute of Health （NIH，美国国立卫生研究院,）数据库：（1）Clinial Trials: 收录NIH、美国其他联邦机构和制药公司资助的4000多项临床试验研究信息。（2）Cancerlit: 收录1966年以来150万条癌症方面的题录和文摘。 3、Food and Drug Administration (FDA,美国食品与药物管理局/)提供多种与药物监控有关的信息（1）New Prescription Drug Approvals 报告新批准处方药物（2）Prescription Drug Information 报告处方药物

14、信息（3）Major Drug Information Pages 报告一些主要大类药物信息（4）Consumer Drug Information 针对消费者报告药物信息（5）Over-the-Counter Drug Information 报告OTC药物信息（6）Drug Safety & Side Effects 报告药物安全及副作用信息（7）Public Health Alerts & Warning Letters 公共卫生警报（8）Reports & PublicationsFirst Data Drug Databases 报告及出版物（9）Special Projects &

15、 Programs专门研究课题及项目4、Centers for Disease Control and Prevention (CDC,美国疾病控制与防治中心，/)5、National Center Library of Medicine(NLM，美国国立医学图书馆,/hinfo.html)6、中国医学生物信息网导航7、上海复旦大学医学导航系统8、中国国家科技图书文献中心（二）生物医学分类资源1、优秀分子生物学专业网站（1）欧洲分子生物学网站http:/www.hgmp.mrc.ac.uk/brochure/html/index.html（2）分子生物学门户 /gateway（3）英国基因组网

16、 http:/www.hgmp.mrc.ac.uk/GenomeWeb （4）日本国家遗传学研究所 http:/www.nig.ac.jp/index.html （5）北京大学生物信息学中心 CBI;（6）免疫学信息网2、重要循证医学网络资源（1）Cochrane Library 循证医学资源中心 http:/www.update-/clibng/cliblogon.htm)（2）SUMsearch(http:) 资料来源于NLM、 DARE和 National Guideline Clearinghouse三个网站。（3）Netting the Evidence http:/www.shef

17、.ac.uk/scharr/ir/netting 是目前收集Internet循证医学相关网站最多最专的导航网站。3、重要临床医学专业资源网站 P504、国际医学会议资源站点 Medical Conferences and Meetings from the Doctors Guide to the Internet: 互联网医学会议; （/crc.nsf/web-bySpec) MeetingsNet includes a Medical Meeting Finder in their Medical Meetings section: 网络会议及医学会议搜索器; /mm/ Medicon M

18、edical Conference Search from Princeton Publishing : 普林斯顿世界医学会议查询站点; .au/ Newswise calendar of medical meeting:美国Newswise医学会议年历;/cal-med.htm Upcoming Medical Meetings :预期医学会议; / 5、优秀医学新闻站点Doctors Guide Medical News: 提供每日医学工业新闻、药物发布、研究开发;http:/www. / dgc.nsf/ge/Unregistered.User6、医学继续教育资源 UW Online C

19、ME:华盛顿大学在线医学继续教育课程 CMES: 世界上最大的医学继教网之一，为医生提供各种专业的会议直播，CD-ROM课程和在线课程。 CMEweb: / 全球性医学 继续教育资源，最大的即时在线医学继续教育提供者。 好医生网站()。（三）重要生物医学网络数据库1、医药文献网络数据库 (1) pubmed （2）EMBASE网络版荷兰医药学文摘 （3）BIOSIS Preview网络版生命科学文摘数据库2、循证医学网络数据库（1）Evidence-Based Medicine Reviews(EBMR) 循证医学综述，/autologin.html，收录医学研究中具有临床实证基础的资料，源自

20、4个数据库 Best Evidence； Cochrane Database of Systematic Reviews(CDSR)；Database of Abstracts of Reviews of Effectiveness(DARE)；Cochrane Controlled Trials Register(CCTR)。（2）National Guideline Clearinghouse，美国国立指南库是一个循证临床实践指南数据库，/，提供全文链接和电子论坛。有Browse-分类浏览和、Search-关键词两种检索方式。循证医学信息分析 P209-212 基本方法：系统评价（syst

21、ematic review），根据某一具体临床问题，采用系统、明确的方法收集、选择和评估相关的临床原始研究，筛选出合格者并从中提取和分析数据，为疾病的诊治提供科学的依据。可采用Meta分析(quantitative systematic review，定量系统评价 )，也可以不采用Meta分析 (non- quantitative systematic review，定性系统评价)。 系统评价或Meta分析内容可包括：病因、诊断、治疗、预后、预防、卫生经济和定性研究。1979年英国著名流行病学Archie Cochrane 提出，称Cochrane系统评价。 Cochrane 系统评价流程：确

22、立题目、制订系统评价计划书；检索文献；选择文献；评估文献质量；收集并提取数据；作统计学处理；结果解释及更新。 关键：获取研究证据，利用已有的循证医学资源获取研究证据：证据来源可分一级、二级和三级来源。一级来源提供原始研究证据，如MEDLINE、EMBASE、CBMdisc等；二级来源对原始证据进行处理的二次研究证据，通常指专门的数据库、期刊、指南等；三级来源指与各种一、二级来源有方便链接的综合性检索网站，如TRIP、SUMSearch。如何获取研究证据(P 209)首选专门的循证医学数据库；利用专业站点；通过PubMed检索系统 Clinical Queries模块；从网上免费循证医学期刊获取

23、；检索二级研究杂志；检索原始研究杂志；利用MEDLINE、EMBASE等综合性数据库利用国内的生物医学文献数据库。3、分子生物信息网络数据库四大类：基因组数据库；核酸和蛋白质一级结构序列数据库；生物大分子（主要是蛋白质）三维空间结构数据库；以上三类数据库和文献资料为基础构建的二次数据库。 （1）核酸数据库：包括GenBank、EMBL、DDBJ、SRS、 ENTREZ、dbEST、BioSino等。 GenBank、EMBL、DDBJ三大国际核酸序列数据库，每天交换数据，同步更新。SRS(Sequence Retrieval System)欧洲生物信息研究所开发的数据库检索及导航系统，目前生物

24、信息领域常用的数据库检索系统。开放的数据库查询系统，不同的SRS查询系统可以根据需要安装不同的数据库，共有300多个不同的数据库安装在世界各地SRS服务器上。可嵌入CLUSTALW、BLAST等生物计算机应用程序进行分析。 （2）蛋白质数据库蛋白质综合型数据库：SWISS-PROT、 PIR蛋白质序列二次数据库：PROSITE 蛋白质结构数据库：PDB第五章 信息检索技术的综合应用信息检索：分狭义和广义，1、广义的信息检索：指将信息按一定的方式组织和存贮起来，并按照信息用户的需要查找出有关信息的过程。信息检索包括信息存贮和信息检索两个过程。2、狭义的信息检索：从信息检索工具中，通过一定的检索途

25、径检出特定需要的信息的过程。过程包括：（1）首先对检索课题进行主题分析，找出若干能代表情报需要的概念；（2）将这些概念转换成情报检索语言的词语或标识；（3）利用这些词语或标识到检索工具中查找，将用该词语或标识所标引的文献检索出来。如“胃癌的治疗” 胃肿瘤/外科学 胃肿瘤/药物治疗 胃肿瘤/治疗 检索语言：检索体系中用来揭示文献外表特征（文献题名、著者姓名、文献序号）和内部特征（学科分类号、主题词、关键词）的各种标识系统，是一种人工语言。 将自然语言转化为人工语言的工具有： 中国图书资料分类法、医学主题词表 中医药学主题词表、汉语主题词表 表达文献内容特征的检索语言有： （一）体系分类语言 是一

26、种直接体现知识分类的等级制概念的标识系统。以分类表为工具，根据文献所反映的学科知识内容及其显著特征，分门别类地组织和揭示文献。 分类表是分类体系的具体表现，其中层层划分出来的各级类目，都标有相应的标记符号，即分类号和类名。对已纳入检索系统的文献来说，分类号和类名是标引的结果和检索依据。中图法（第四版）共分个大类，类目排列：A 马克思主义、列宁主义、毛泽东思想、邓小平理论B 哲学宗教 C 社会科学总论D 政治法律 E 军事F 经济 G 文化、科学、教育、体育H 语言文字 I 文学J 艺术 K 历史地理N 自然科学总论 O 数理科学和化学P 天文学、地球科学 Q 生物科学R 医药卫生 S 农业科学

27、T 工业技术 U 交通运输V 航空航天 X 环境科学、安全科学Z 综合性图书 R 医药、卫生 类目简表R1 预防医学、卫生学 R2 中国医学R3 基础医学 R4 临床医学R5 内科学 R6 外科学R71 妇产科学 R72 儿科学R73 肿瘤学 R74 神经病学与精神病学R75 皮肤病学与性病学 R76 耳鼻咽喉科学R77 眼科学 R78 口腔科学R79 外国民族医学 R8 特种医学R9 药学 （二）标题语言 标题词，也称主题词，是表达文献主要概念并经过规范化处理的名词术语。 规范化处理表现在：由主题词表规定的；同义词、近义词归并为一个主题词；用参照系统的参照符号表达与非主题词及相关主题词的关系

28、；用树状结构表表达上下位及同级的关系。 副主题词：对主题词作进一步限定的词，用来限定主题词某方面内容范围的名词术语。特点：（1）按主题集中文献（2）经规范化的词语直接标引文献主题（3）通过参照系统用参照符号显示主题词的相互关系。（4）按字顺排检主题词，直接提供主题检索途径。 常采用主题词和副主题词（主标题和副标题）相结合的方式构成检索标识。 主题词表示事物；副主题词指事物的某方面。 例：改良会厌喉成形术（T3声门型肿瘤） 喉切除 喉肿瘤/外科学 会厌/外科学 声门/外科学（三）关键词语言 关键词（Keyword）是从文献标题、摘要以及正文中抽出的用来表达文献实质内容的，可作为检索入口的关键性词

29、语。一般为未经规范化或规范化程度较低，仍有许多同义词作为关键词的自然语言。关键词语言的特点：（1）关键词使用的科技术语是技术人员习惯使用且易接受的自然语言。（2）大大节省了检索系统的存贮（标引和输入）时间，缩短了检索工具出版的时差，加快了情报传递速度。（3）现代科技的发展，新概念和新名称不断出现。关键词语言能够很好的适应这种发展，及时报道新的情报资料。（4）由于关键词未经规范化处理，使标引与检索在选词上难以保持一致，导致查全率不高。 肿瘤化疗新进展Neoplasm NeoplasmsTumors Tumor Cysts Carcinoma Benign Neoplasm Cancer Canc

30、ers肿瘤癌症原位癌囊肿 NLM出版的Medical Subject Headings (MeSH， 医学主题词表)，IMMEDLINEPubMed， CBMdisc等检索工具采用MeSH标引。 MeSH是一部适应医学文献标引人员、编目人员以及NLM电子计算机数据库使用者的需要而编排，显示医学主题词词间语义关系的规范化、动态性检索语言词表。 MeSH从1963年以来每年随IM 的No.1同时单独出版一期。2002年MeSH列出的医学主题词20742余个，非主题词又称入口词或款目词（entry）21927个，另有副主题词82个。(/mesh/meshhome.html在线浏览)（一）字顺表（Al

31、phabetic list） 、字顺表的结构与编排 字顺表是MeSH的全表，包括主题词及参照系统和各种必要解释。主题词按字顺排列。 、参照系统（Syndetic system） 通过正参照和逆参照两种形式来表达非主题词与主题词，主题词与其他主题词，次要主题词与主要主题词之间相互关系，使主题词规范化的一套规定。作用在于提供标引人员和检索用户选择正确的规范化主题词，以提高查准率，或通过相关词的扩展检索，提高查全率。（）用代参照：表示同义关系。正参照符号用“see”（用或见），逆参照用“X”（代）。异形词，如Renal artery 与 Kidney artery繁称与简称，如AIDS与 Acqui

32、red Immunodeficiency Syndrome学名与俗名，如Ascorbic acid 与 Vitamin C近义词，如Cancer 与 Neoplasm款目词见(see)主题词，如 Vitamin C see Ascorbic acid主题词代（X）款目词，如Ascorbic acid X Vitamin CNeoplasm see NeoplasmsNeoplasmsTumors see NeoplasmsTumor see NeoplasmsCysts see NeoplasmsBenign Neoplasm see NeoplasmsCancer see Neoplasms

33、Cancers see NeoplasmsCarcinoma see Neoplasms（3） 相关参照，处理主题词与主题词之间在概念上具有上述两种关系以外的各种相关关系。相关参照符号“see related ”（参）和“XR”（反参），均将一个主题词引向另一个或几个主题词。 主题词 see related （参）主题词， 如 Immunity Active see related Immunotherapy 主题词XR（反参）主题词， 如 Immunotherapy XR Immunity, Active （4） 也须考虑参照“consider also” 1991年增设，提醒注意英语中不同

34、词根、同义不同 源的相关词语的检索。 如Carcinoma Cancer tumor onco- consider also Neoplasm （5） 主题词/副主题词组配（see）参照 1992年增设，向用户指出不得用无效的主题词/副主题词组配，而须用先组式主题词来表达这一概念。 如Brain/analysis see BRAIN CHEMISTRY Brain/injuries see BRAIN INJURIES3、字顺表的功能：列出全部主题词；通过用代参照,可将非主题词引见主题词；通过相关参照可扩大检索范围；通过倒置主题词提供族性选词的便利；通过 “也须考虑”参照，有助于选问的周密性,

35、 提高查全率。4、通过MeSH选用规范化主题词： (1)按字顺在主题词表中找寻主题词; (2)若找不到主题词则：按字顺在主题词表中找同义词、近义词的参照关系：非主题词 see主题词。 或在一个主题词下找 see related 另一主题词。通过树状结构的等级关系找主题词。（二） 树状结构表（Tree structure） 也称范畴表（Category Index），是一种分类表。 将字顺表中的主题词归入15大类(Category)，每个大类用A-N及Z15个字母表示，其中9个大类（A-G，I，N）之下又划分出数目较稳定的副类目(Subcategory)，又称一级类目，用大类字母加数字表示。 一

36、级类目下再按需划分二级、三级类目，最多可分九级。 每一级类目用一组数字表示，多组数字用“.”隔开，组成树状结构号（Tree Structure Number） 每个主题词有一个或几个树状结构号。不同等级主题词采用逐级缩格的形式编排，同级类目下的主题词按字顺排列，形成数枝状分类体系，故名“树状结构” 。 树状结构表结构号越长，数字越多，说明级数越多，概念越专指。 Diseases C Neonatal Diseases & Abnormalities C16 Abnormalities C16.131 Abnormalities, Drug Induced C16.131.42 Abnormal

37、ities, Multiple C16.131.77 Alagille Syndrome C5 Angelman Syndrome C5（三）主题词变更表MeSH每年都附有该年度主题词变更表。 、#年新增主题词 、#年删除主题词 、#年新增主题词以前归属的主题词。（四） 副主题词(Subheadings) 副主题词又称限定词（Qualifiers），用于修饰或限定主题词，但每个副主题词都有其使用范围和组配限定。 82个MSH副主题词的适用类目和使用范围。P171 主题标引:通过对文献的分析将主题概念转换成规范化的语言（主题词），并以此对文献进行标识。 主题词与副主题词的组配形式为: 主题词副主

38、题词, 如:Anemia / etiology 医学信息检索的基本步骤：P180-187 一、分析课题，明确检索要求 常见医学信息检索需求类型有：查找某一类学科一般知识；查找与某科研专题相关的文献；查找科研现状与背景；查找某概念的确切含义；评估信息研究等。 二、根据检索要求，选择信息源 某一学科的知识检索：教科书、专著、参考工具书、百科全书等。 某专题相关文献：书目文献（或全文）数据库、专著、重要专业期刊。 查文献被人引用的检索工具：科学引文索引。 查文献收藏：图书馆书目或网上浏览搜索。 查学科专题进展：综述文献、进展、年鉴等。 三、确定检索方法与检索工具 常用的检索方法有：1、检索工具法：主

39、要使用目录、索引、和文摘引出原始文献的出处。光盘数据库有英文的MEDLINE，中文的CBMdisc等；网上的FREE MEDLINE，各种医学搜索引擎（search engine）、医学导航(navigator)等。2、引文法：通过文献原文后附有的参考文献来查找文献的一种方法。这是一种滚雪球法，通过较少的文献查出大量的文献，帮助课题的前期工作。3、分段法：上述两法结合，灵活运用，提高检索效率。四、选择检索标识，确定检索策略。 检索工具往往会提供从文献的不同特征（如文献概念主题、所属学科分类等）出发，进行检索的多种途径，帮助获取文献题录和文摘，常用的检索途径有：1、分类途径：从文献学科属性出发，

40、查找文献、信息。我国常用的是中国图书馆图书分类法（简称中图法），R1预防医学、卫生学，R18流行病与防疫，R186防疫接种、注射与服药。2、主题途径：从文献主题概念出发，查找信息、文献，常用规范词和自由词两种检索词。3、著者途径：从著者的姓名出发查找信息和文献，了解著者的研究方向和背景，以便接触有关专家并有效利用他们的知识。 信息检索的技术1、布尔逻辑组配（1） And ( 逻辑与 )：如A and B （2） Or ( 逻辑或 )：如 C or D （3） Not ( 逻辑非 )：如 E not F 检出的记录中同时含有检索词A和B 检出的认记录中含有检索词C或D(中文检索时用and not

41、)。在含检索词E的记录中去掉含检索词F的记录。优先级运算：运算次序为 ( ) and not and or两者结果完全不同!ABCDEF4、截词检索： 在词干之后加截词符号 * ，如 digest* ，凡含有digest的词，如digestant， digestibility ，digestion， digestive的文献都被检出来。 2、同字段检索词：with，在文献中只要所要求两个词在同一字段中都是命中的文献。如： 3、同句相邻词检索，用 near加数字，如 near5 , 要求两词之间插入0-5个词, 例如： 5、限定字段检索，或称检域限定检索：指检索词要求限定在某一字段。方法是在检索

42、词之后用字段限定符 in，再加限定的字段标识符，如ti,au等。例：liver cancer in ti 。 可限定的字段有ti、au、la、so、ad、Mesh、mmh。 6、限制年份检索：指检索的文献限定在某一或某些年内。限定年份的检识符号是py = AND NOT AND OR 例：(铜 OR 锌) AND （肝癌 OR 肝肿瘤）6、时间范围检索仅用于数字字段的检索，包括以下几种 = (等于) PY=1992 (小于) PY (大于) PY1992 或 出版年1992 =(小于等于) PY=1984或 出版年=(大于等于) PY=1992或 出版年=1992 (指定范围) PY=1990

43、1992 或 出版年=1990-1992例：中国医学科学院在1999年及以后发表的文章 #1 AD=中国医学科学院 #2 py=1999 #3 #1 and #37、主题词检索（1）检索步骤 选择“主题词”检索字段； 输入检索词：如 白血病 点击“检索”按钮（2）目的：把检索词限定在主题词字段内（3）与“主题词检索”功能下检出文献数目有一定差异，因为在基本检索状态下没有主题词扩展检索功能。五、主题词检索点击工具栏“主题词”按钮，系统切入“主题词检索窗口”主题词是能够反映文献主要内容的规范化用词。 规范化示例： 癌 肿瘤 肝癌 肝肿瘤 艾滋病 获得性免疫缺陷综合症 乙肝 肝炎，乙型 三、副主题词

44、（subheadings）副主题词是主题词的补充和限定。MeSH的副主题词目前有82个，采用主题词/副主题词组配的形式，增强主题词的专指性，更准确地表达文献内容，使得同一主题不同研究方面的文献题录在主题部分中能够分别集中编制，利于检索者对所需特性文献进行集中检索，缩小检索范围，节省检索时间；并非每个副主题词能与任何主题词组配使用，两者间须有必然的逻辑关系。MeSH规定了每个副主题词的使用范围和组配限定,而且为适应学科发展，其限定范围及时变更。“选择副主题词”对话框十一、检索实例肝癌的血清铜、锌含量的测定基本检索：肝癌 and （铜 or 锌）and 血清综合检索： 1.主题词检索：#1 肝肿瘤

45、扩展全部树/全部副主题词 2.主题词检索：#2 铜扩展全部树/全部副主题词 3.主题词检索：#3 锌扩展全部树/全部副主题词 4.综合：#1 and (#2 or #3) （二）王伟在中国公共卫生上发表的论文1、检索王伟发表的论文： （1）在基本检索界面：AU=王伟 王伟 in AU 会检出很多以王伟两字开头的三字姓名，不符合检索要求。2、检索中国公共卫生上发表的论文： （1）在基本检索界面字段下拉菜单中选择“地址”：输入“中国公共卫生”，得 TA:中国公共卫生 （2）在期刊检索界面选择“刊名”，输入“中国公共卫生”，得 中国公共卫生刊名 两种方法的区别在于（1）是模糊检索，可能检出“中国公共

46、卫生”、“中国公共卫生管理”、“中国公共卫生学报”等刊物；（2）是精确检索，只检出刊名为“中国公共卫生”上所刊登的所有文献。 3、两者组合结果MEDLINE 光盘数据库(P103)主要内容 MEDLINE光盘数据库概况 WinSpirs检索系统及主要界面一、 MEDLINE光盘数据库概况MEDLINE ：美国国立医学图书馆（NLM）建立该数据库包括3种重要索引： Index Medicus（医学索引） Index to Dental Literature（牙科学文献索引） International Nursing Index（国际护理学索引） 二、WinSpirs检索系统及主要界面 1、启动

47、WinSpirs(点击Start)2、WinSPIRS检索主界面工具栏按钮检索命令输入区检索史区检索结果显示区二、数据库结构字段 Medline的记录包括以下26个可检索字段，每个字段包含相应的内容，如地址字段，提供的是某论文第一著者的地址，根据这些字段记录内容的特色，用户可进行特定字段的检索。1、字段名一览表TI Title MH 主题词 AB Abstract (MMH) 主要概念主题词AD Adress of author NI 团体著者AU 著者 PP 出版地CA 索取号 PY 出版年CN 中国代码（国内期刊代号） PT 文献类型CL 分类号 RF 参考文献数FS 资助类别 SO So

48、urce 文献出处 ID 期 SU 增刊IS ISSN（国际标准连续出版物代号 TA 期刊名称IP 期 中文题目JC 内部代码（医情所期刊内部代码） TT 英文题目LA 语种（默认值为中文） TW 关键词MA 会议地点 VI 卷 UI 流水号三、检索方法自由词检索（Searches)索引词检索（Index)主题词检索（Thesaurus)2、逻辑运算符 AND：逻辑与 liver neoplasms and apoptosis:表示要求检索结果为同时包涵liver neoplasms和apoptosis的文献记录。 OR： 逻辑或 rats or rabbits: 表示检索记录中出现rats或

49、rabbits的其中一个或2个。 NOT：逻辑非 asthma not child：表示检索记录中包含asthma同时不含 child.5、指定字段检索 (in)方法：检索词 in 字段名， 如 liver in ti 表示检索在论文题目含有liver的文献记录。 著者检索： smith-j in au 语种检索： chinese in la(或la=english) 时间范围：py=1996(，=， ，-) 文献类型：review in pt(检索综述文献） 主题词： leukemia in mesh，leukemia-, leukemia/drug therapy(三) 主题词检索（The

50、asaurus)主题词字顺表主题词输入区四、检索效率提高查全率提高查准率提高查全率策略利用上位词检索，或用Explode（扩展）检索；利用“or”连接同一概念的不同表达方式；采用截词符“*”检索具有不同后缀的同一概念；采用通配符“？”替代词中某一字母的变化形式；利用Index(Medline光盘）进行同类词检索；从显示记录中选词进行二次检索；采用多途径检索。提高查准率策略采用主题词及主要主题词检索；采用副主题词限制检索；采用 in 进行字段限定检索；采用and、with、near缩小检索范围；采用“”或=等符号实施精确检索；如已知著者、化学物质名、酶命名号、化学物质登记号、基因符号等，直接检索

51、；采用多途径组配检索。1、检出非洛地平（felodipine)治疗高血压（hypertension)的文献(1) 高血压（hypertension)方面的文献 1. 点击Theasaurus,进入主题词检索界面； 2. 输入hypertension ，点击lookup； 3. 在permuted index区内找到hypertension, 并选中； 4. 选择explode； 5. 选择副主题词drug therapy(药物疗法） 6. 点击OK，完成检索； 7. 返回检索结果为： #1 explode” hypertension”/drug therapy 注：如果对于副主题词的选择没有把

52、握时，副主题词可选全部（all subheadings)。网上医学数据库PubMed 与 GenBank(P106)PubMed P193 /Pubmed一、PubMed简介 是NLM的国家生物技术信息中心(NCBI)开发，于97年5月推出，用于检索网上生物医学文献信息的检索软件。99年8月PubMed加入NCBI开发的Entrez通用浏览器，更换了检索界面二、通过PubMed可检索到如下的信息 MEDLINE PreMedline 出版商提供的书目信息 基因文库记录 MEDLINE：是美国国立医学图书馆MEDLARS系统中最大的生物医学数据库，收录1966年以来70多个国家近4000种生物医

53、学期刊的书目信息和著者文摘，每周更新。 记录标注PubMed - indexed for MEDLINEPreMedline：收集未正式给予MeSH词、出版类型等深度标引信息的一个临时库。PubMed与一些出版商建立“PubMed计划”：出版商在期刊出版之前或同时，将期刊论文题录提供给PubMed，NLM每天把最新记录加入到PreMedline库中，每条记录均带有Medline Record in Process标志。工作人员在一周内将这些记录标引，然后转入MEDLINE，同时从PreMedline中删去。出版商提供的书目信息：出版商提供的是整本期刊的信息，若有部分没有被MEDLINE收录，P

54、ubMed仍保存，在记录中做Record as supplied by publisher的标记。出版商提供的记录若有全文，PubMed则建立了与此期刊节点的链接，可免费或交一定的费用直接联机获取原文 。如在综合性科学杂志（Science，Nature）上发表的地理学文章等，将不被采用。 基因文库记录：PubMed建立了与NCBI其他数据库之间联系，通过Medline记录链接获取相关的基因文库记录，也可以通过基因文库记录链接获取相关的Medline记录字段标识符AB-Abstract LA-Language AD-Affiliation MH-MeSH TermsAU-Authors PMID

55、-PubMed Unique IdentifierCY-Country PT-Publication Type DP-Publication Date SO-SourceEDAT-Entrez Date TA-Journal Title Abbreviation GS-GeneSymbo TI-TitleIS-ISSN UID-Unique Identifiers备注：检索词字段标识符三、检索途径与方法基本检索 - Basic Search限定检索 - Limits Search期刊检索 Journal Search主题词检索 - MeSH Browser引文匹配 - Citation Mat

56、cher临床查询 Clinical Queries1、基本检索检索步骤：输入检索词，点Go按钮或按回车检索词的输入形式：输入单词或短语或表达式，也可用*及“ ” 如，aspirin；stomach ulcer Iddm AND apoptosis asthma Kamada A 或asthma,Kamada A著者姓名：weng xz、 “ weng xz ”au刊名标题：刊名全称、缩写、ISSN Journal of leukocyte biology、J leukoc biol、0741-5400截词检索：*例：输入bacter*，检出bacteria、bacterium等备注：将不执行转

57、换功能； 截词检索只限于单词，对词组无效，四、 PubMed辅助检索工具Limits:对检索词的限定和修饰，包括字段、年龄、性别、研究对象、出版类型、语种、出版或输入日期以及子字段等。检索“近2年有关细胞凋亡的综述文献”检索步骤：在特征栏点击“Limits”键输入检索词apoptosis在Limited to栏下,进行如下各种限定： 选择字段、只检带文摘的记录、文献类型（选择review）、语种、子集、年龄组、人类或动物实验、性别、录入系统日期（2years）、文献出版日期点击“Go”History: 保留所有的检索策略和结果，最多存贮检索式数为100个，检索式的存贮时间为1小时。单击记录条数

58、超级链接可以重新显示检索结果。Clipboard：剪贴板可集中存放一次或多次检索结果当中的选定记录，方便用户集中打印、下载或索取原文。剪贴板中可存的最多记录为500条，如果一小时内无作何操作，记录将自动消失。检索实例 FK506在肾移植中的应用Tacrolimus，fk506;Kidney Transplantation七、PubMed与MEDLINE光盘检索比较 PubMedMEDLINE收录范围数据更新检索的规范性提供相关链接速度及费用四、highwire.stanford/全文绝大部分免费（五）、搜索引擎（P157）作用：快、准、全地获取信息分类：通用和专业检索引擎 搜索引擎的分类一、按

59、信息搜索方法和服务提供方式分： 1、目录型搜索引擎：人工或者半自动方式收集信息，提供分类浏览目录，信息大多面向网站。YAHOO 2、网页型搜索引擎：自动跟踪技术搜集信息，建立信息索引库，面向网页。GOOGLE, BAIDU。3、元搜索引擎（Meta Search Engine）又称：集成搜索引擎。无自己的信息库，面向网页的全文搜索。profusion三种类型的适用范围：目录型：想浏览某类、某专题方面的信息 或者找某个具体的网站。网页型：查找非常具体或者特殊的问题。元搜索：特别适合搜索网络资源比较少的 信息。（一）通用检索引擎介绍Yahoo！（/） Profusion（/）Infoseek（ht

60、tp:/） Alta Vista（http:/）Webcrawler（http:/） Lycos（http:/） 搜狐（http:/）常青藤（http:/） 悠游（http:/） 2Profusion简介： 是目前最好的元引擎之一。特色：可以调用12个独立的搜索引擎，Alta vista、MSN、Yahoo、About等。支持个性化设置，自动进行日常搜索，检索结果：以百分数标出相关度，按相关度排序，可以自动通过Email通知用户。（二）医学搜索引擎介绍Medical Matrix（http:/index.aspMedscape（http:/）CliniWeb International（htt