遗传分析的一个基本原理是DNA的物理距离和遗传距离方面

问题4（25分）你最近参加了AnnHochchild's的实验室，想继续将所了解的SimonDove的试验工作做下去。你特别想了解启动子和蛋白质在体外的功能。你制备了一些质粒DNA,这些质粒DNA有的具有野生型PRM，有的质粒DNARM的Prm有在作业中提到的额外—35个碱基。在有或没有a-s70嵌合蛋白的情况下，检测lcI的Sa109强激活类型在刺激转录方面的活性。基于一个简单的转膜印迹结合实验，你得到如下试验结果：#lcI蛋白质RNAP转录（每秒钟计数）野生型Prm附加的-35Pl没有WT25CPS25CPS2lcI(Sal09)WT250CPS25CPS3lcI(Sal09)a-s7025CPSl00CPS你观察到，含有RNAP和一35PRM的lcI（SalO9）诱导效应很差（第3号实验），你对其感到很好奇。你想检测一下，在两个激活组合中的最初阶段什么步骤被激活了？（含有野生型PRM的第2号实验和含有-35Prm第3号）4A（4分）描述一下你如何检测在起始阶段，当加入lcI（SalO9）激活因子后，什么步骤被激活。（1分）为了检测起始过程的哪一步被提咼，你必须在存在或不存在激活剂时，LcI（Sa109）对下列每一种条件下进行分析：（1分）为了分析带有野生型或嵌合型RNAP及相应启动子的关闭态复合体，进行一个凝胶转印或Dnasel保护分析。

（1分）为了分析带有野生型或嵌合型RNAP及相应启动子的开放态复合体，进行一个DNAUnwinding分析。（1分）为了分析三重复合体构成/启动子清除,使用放射性标记的核酸进行一个标准的Incorporation分析。4B（6分）画出你期待的结果，如果lcI（Sa109）蛋白质激活了带有野生型RNAP和Prm的开放态复合体以及带有嵌合型RNAP和修饰的Prm的关闭态复合体（你只需画出发生激活现象时的分析结果图就行了）野生型RNAP和PRM野生型RNAP和PRM嵌合型RNAP/修饰的PRMlcI(SaL09)+WTRNAP++你不感到惊讶的是关闭态复合体的激活情况（带有嵌合型RNAP和修饰的prm），但是你想研究一下，激活水平较低的原因。你进行了一个incorporation分析，但在变性凝胶上分析实验结果。你获得了如下的分析结果：

RNAPWTa-(j70PromoterWTPrm2X-35Prn[XcI(SalO9)4RNAPWTa-(j70PromoterWTPrm2X-35Prn[XcI(SalO9)4123000bases1500bases600bases300bases20bases4C(6分).建议一个存在嵌合型RNAP和修饰过的PRM的情况下lcI(SalO9)激活机制，解释在第三道和第四道中观察到的，弱转录对应的较强的放射性感光效应和全长转录产物对应的较弱的放射性感光现象。(3分)在lcI(Sa109)和嵌合型RNAP之间的强的相互作用提高了启动子清除前的步骤的反应速率。(3分)这种强烈的相互作用如此之强，以至于同时降低了启动子清除的速率。你从细胞粗提物中纯化了一个因子，基于在存在有嵌合型RNAP和修饰的PRM的情况下，它能提高lcI(Sa109)产生的激活。有趣地是，不论lcI(Sa109)与嵌合型RNAP是怎样的情况，这个因子并不结合-35Prm区域。但是，这个因子是一个蛋白激酶，能使S70磷酸化。你检测这个因子(你称它为s70激酶)在有嵌合型RNAP存在情况下，对lcI(Sa109)对-35启动子的转录激活效应。你获得如下实验结果。4D（4分）•根据上面所示的转录分析结果，提出一个模型，解释s70激酶可以刺激lcI（SalO9）的转录激活效应。（2分）s70激酶磷酸化s70,改变它的构象，导致启动子清除速率加快。（2分）构象上的改变会破坏S70和lcI（Sa109）之间的强的相互作用。4E（5分）基于Dove和Hochschild提出的模型以及你认为的s70的作用机制，你认为野生型RNAP存在的情况下，S70激酶如何对lcI（Sa109）的活性产生效应，来刺激开放态复合体的形成？（1分）根据Dove和Hochschild的说法，在S?o和lcI（Sa109）之间的相互