2017年中销售培训-9850k芯片

人850K(EPIC)甲基化甲基化 应用甲基化 竞争3Comprehensive

Genome-Wide

Coverage>

90%

of

content

contained

on

the

Illumina

Human

Methylation

450KBeadChipCpG

sites

outside

of

CpG

islandsDifferentially

methylated

sites

identified

in

tumor

versusnormalFANTOM5

enhancersENCODE

open

chromatin

and

enhancersDNasehypersensitive

sitesmiRNA

promoter

regions-CpG

methylated

sites

identified

in

human

stem

cells

(CHH

sites)850K甲基化850K甲基化技术参数单碱基分辨率，>850,000甲基化位点（CpG

site）覆盖全

组继承450K

特色，保留了>90%

450K甲基化位点覆盖>95%的CpG岛增加了增强子（>330,000位点）和

编码区位点采用重亚硫酸盐方法识别甲基化位点，与WGBS相同严谨质控：包含实验过程质控、亚硫酸盐处理质控、杂交质控样本类型及需求量新鲜组织，FFPE样本DNA样品送样用量≥3μg：质检，重亚硫酸盐处理，

杂交5DNA甲基化属于表观遗传学表观遗传学不涉及DNA序列的改变，因此，不会发生SNP，SV，CNV等。未发现DNA序列变化，仍出现表型不一致，例如同卵双胞胎的差异是对环境和各种非遗传因素的应答同样具有很强的组织特异性和时序性呈现5mC5位-C胞嘧啶-m甲基化染色质重塑组蛋白修饰DNA甲基化

5mCRNA甲基化ncRNA…

…6Trends

in

Genetics

2014启动子（Promoters）位于 转录起始位置，RNA聚合酶特异性识别和结合的DNA序列，控制 表达（转录）的起始时间和表达的程度。DNA甲基化---一些重要的概念7CpG岛(CpG

Island)GC含量大于50%，200bp，Observed

CpG/Expected

CpG

>65%的区域。约有60%以上的启动子含有CpG岛。8差异甲基化区域（Differentiallymethylated

region，DMR):A

region

of

t ome

at

whi

ultipladjacent

CpG

sites

show

differential

methylation.DMRs

分类：iDMR

-

imprinting-specific

differentiallymethylated

region

印记

特异DMRtDMR-tissue-specific

differentially

methylatedregion

组织特异DMRrDMR

-

reprogramming-specific

differentiallymethylated

region

重编程特异DMRcDMR-cancer-specific

differentially

methylatedregion

肿瘤特异DMRaDMR

-ageing-specific

differentially

methylatedregion

特异DMR对照疾病Nat

Rev

Genet2012DNA甲基化适用于各种研究9疾病：肿瘤

慢病精神疾病过敏性疾病…

…Nature

2013代际遗传的疾病风险肥胖

高血压冠心病心血管疾病理学认知神经-内 失调心理行为异常心境倾向哮喘Clinical

Epigenetics

(2016)10实验原理及流程11数据分析流程数据预处理甲基化数据差异甲基化位点分析区域差异甲基化分析1.差异甲基化位点/区域聚类分析；差异

聚类分析；差异甲基化

GO，Pathway富集分析启动子区差异甲基化分析CpG岛差异甲基化分析12数据分析结果13样本分析结果聚类图主成分分析箱线图样本相关性图分组比较结果差异CpG比较分析差异CpG富集分析

GO富集分析

Pathway富集分析

Disease富集分析差异区域比较分析人850K(EPIC)甲基化甲基化 应用甲基化 竞争DNA甲基化-研究趋势10002000300040005000600002000

2001

2002

2003

2004

2005

2006

2007

2008

2009

2010

2011

2012

2013

2014

2015

2016

2017DNA

methylation

in

Pubmednumber15DNA甲基化客户像ncRNA一样卖适合客户：医学和基础，常规客户，有经费和RNA一起卖适合客户：医学和基础，常规客户，有经费模仿GWAS卖适合客户：医学，目标是高分文献，有样本库，有经费和GWAS一起卖适合客户：医学，目标是高分文献，有样本库，有经费组+甲基化+RNA一起卖适合客户：医学，VIP，有样本库，有经费16甲基化与RNA17表达：159-gene

HPV

signature甲基化差异：468

methylation

variableposition

signatureJOURNAL

OF

CLINICAL

ONCOLOGY

2016jianbing

计划”，南方医学教授基准医疗公司CEO曾任Illumina

公司资深技术总监，作为Illumina公司初期技术（BeadArraytechnology）的研发及公司第23号初创员工，他参与了Illumina公司16年来的辉煌成长，带领团队完成了世界首个高通量平台（Illumina

MiSeqDx）的FDA临床认证，成为高通量技术临床应用的一重大里程碑。DNA甲基化的临床研究意义18DNA甲基化的临床研究意义19Methylation

β-value

scores

were

calculated

frompatient

samples

(n

=

803)

by

using

the

Illumina

450Kmethylation

array

platform.20DNA甲基化与肿瘤风险PNAS

2017Validation

Cohort

2ValidationCohort

1:敏感性和特异性检测3例SLE患者3例SR患者3例正常两个显著相关的位点337例SLE患者353例SR患者358例正常450K甲基化

；样本为外周血IFI44L启动子区甲基化水平变化明显的CD4+T细胞与正常人比较IFI44L存在高甲基化529例SLE患者429例SR患者199例干燥症患者569例正常615例SLE患者781例正常DNA甲基化：biomarker思路Ann

Rheum

Dis

2016EuropeSamplesChineseSamplesDNA甲基化客户像ncRNA一样卖适合客户：医学和基础，常规客户，有经费和RNA一起卖适合客户：医学和基础，常规客户，有经费模仿GWAS卖适合客户：医学，目标是高分文献，有样本库，有经费和GWAS一起卖适合客户：医学，目标是高分文献，有样本库，有经费组+甲基化+RNA一起卖适合客户：医学，VIP，有样本库，有经费22DNA甲基化与RNA联合DNA甲基化验证：差异甲基化&差异 表达表观调控性质：转录激活-RNA表达上升转录抑制-RNA表达下降转录本表达变化分析功能研究

或者信号通路研究表观变化类型产品转录调控RNADNA甲基化抑制下降850kDNA去甲基化激活上升23联合分析：DNA甲基化-RNA表达24表达数据差异甲基化位点/区域筛选差异甲基化

筛选差异表达分析差异表达各区域的差异甲基化分布图上游区域差异甲基化&表达负相关的1.甲基化、表达聚类热图甲基化和

表达circos图差异甲基化-表达散点图转录因子-

表达调控网络关键

的GO和Pathway富集分析甲基化和ncRNA胶质母细胞瘤（GBM）甲基化分析Cancer

Cell.

201525去甲基化和表达上调Cancer

Cell.

201526甲基化和ncRNAJournal

of

Hematology

&

Oncology

(2017)2714个T2D患者胰岛组织+34个非T2D健康对照胰岛组织Illumina

450K1649个显著差异的CpGAffymetrix

mRNA文章结论：推测损伤胰岛细胞 胰岛素的 ，为T2D治疗提供新的靶标28甲基化显著变化区域伴随102个mRNA的显著变化，确定候选，并在胰岛α和β细胞中进行过表达和敲除实验显著差异mRNA：DNA甲基化-RNAPLoS

Genet.

(2014)肺癌和癌旁组织n=8GEO和TCGA信息挖掘：甲基化结果分析（ 为27K和450K）表达结果分析p程序正常组织和癌组织中CpG位点的ROM分析筛选差异甲基化450k

lncRNA

V4筛选差异表达lncRNA博奥晶典客户案例：DNA甲基化-RNA正常肺组织中RMO稳定，在肺癌组织中被打乱，一些特定CpG位点的超甲基化和去甲基化造成RMOs被打乱发生超甲基化位点对应的

表达水平下调J

Transl

Med

(2017)DNA甲基化客户30像ncRNA一样卖适合客户：医学和基础，常规客户，有经费和RNA一起卖适合客户：医学和基础，常规客户，有经费模仿GWAS卖适合客户：医学，目标是高分文献，有样本库，有经费和GWAS一起卖适合客户：医学，目标是高分文献，有样本库，有经费组+甲基化+RNA一起卖适合客户：医学，VIP，有样本库，有经费验证

II

群体（n=1789）：验证了这3个位点与BMI显著相关挑选最显著的位点cg22891070，验证:脂肪（n=635）和皮肤（n=395）发现在脂肪组织

该位点与BMI显著相关；而在皮肤组织中无关。验证群体I（n=339）：对5个位点进行验证，发现位于HIF3A的3个位点与BMI显著相关筛选阶段,n=459全血样本：239

case

vs

220

controlIllumina

Human

Methylation

450

array发现位于3个

的5个位点与BMI显著相关EWASLANCET

2014三阶段研究Stage

1，发现阶段Stage

2，验证阶段Stage

3，验证阶段关键点：样本量，指标数冠心病GWAS研究案例1作为危害人类健康的“第一病每年 导致约70万人”，冠心,其病因是冠状动脉变得狭窄，导致心肌供血不足，而引起心脏无法正常工作。为揭示其遗传机制，博奥生物协助华技大学相关的全了位于6号教授完成中国 人群冠心病组SNP筛查工作，成功发现６p24.1区域内的易感基因c6orf105。Nat

Genet,

2011,

43(3),

345-34932研究思路三阶段研究Stage

1，发现阶段100

cases

&

100control,130

cases

&

130control,Stage

2，验证阶段Validation

：572

cases,

436

controlsStage

3，验证阶段Validation

1811cases,818

controls,山东Validation

21012

cases,

1732

controls,Validation

1845cases,1367

controls,北方位点：rs6903956在三个人群中都显著关联，而且关联趋势相同33500,568

SNPsAffymetrix

SNP

5.0按照p＜0.01筛选出32个SNP其中9个SNP在两个人群中风险趋势相同TaqMan

SNP

Genotyrs1333048

重现了以前的欧洲 结果rs6903956新发现位点，重点研究其他6个位点都不显著TaqMan

SNP

Genotyrs6903956功能分析位于C6orf105第一个内含子，不编码蛋白，推测其不同等位型与 表达量有关EWAS

实验设计nature

methods

201334smoking,drugexposure,agingdiseasesonset

ofpubertyEWAS样本选择35Nat

Rev

Genet.

2012Illumina甲基化和EWAS36Nature

Methods

2013验证28个CpG位点验证Europeans&South

Asians

n=6,757挑选AMH上下游1kb的34个CpG位点捕获和

验证n=168高血压患者和正常人GWASGenoty arrays,

imputation

andmeta-

ysisn=99994：EastAsiann=31,516European n=35,352South

Asian

n

=33,126发现与高血压显著相关的19个新SNP位点筛选得到的SNP附近甲基化位点分析450K

甲基化 ，外周血South

Asians

，n=

1,904研究筛选得到的35个（12新发现位点+23个已 位点）SNP位点上下游1M的范围内甲基化的变化情况验证19个位点n=133,052East

Asiann

=48,268European n=

68,456South

Asian

n

=16,328与高血压显著相关的12个新SNP位点得到验证研究26个CpG位点组织特异性GEO

数据分析7种组织样本结论：SNP通过影响DNA甲基化调控相关通路从而控制血压候选 功能注释GWAS和DNA甲基化联合Nature

Genetics

2015GWAS和EWAS：mQTLsClinical

Epigenetics

(2017)

9:3

38过敏性鼻炎GWAS和DNA甲基化联合Nat

Neurosci.

2016

39GWAS和EWAS：小鼠DNA

methylation

is

variableamong

individuals

and

isinfluencedby

geneticvariationDNA

methylation

is

associatedwith

complex

metabolic

andmolecular

traitsMany

associations

toDNAmethylation

are

not

identifiedusing

traditional

GWASGenetic

variation

in

t

eMtrr

affects

DNA

methylationthroughout

t

omeCell

Metabolism

20154041组+甲基化+RNA识别与表观变化关联的4,418个，且独立于 变异通过 组-表观

组联合，鉴定细胞型特异的调控事件将疾病机制功能定位于345个特有的自身免疫疾病位点Genetic

Drivers

of

Epigenetic

and

Transcriptional

Va