20163月份销售培训-1603sales.training sc-shannon靶向药物研发

009302应用数学05分子遗传学统计学09生物信息学转化医学14临床试验靶向药物研发转化医学一个NGS公司的

竞争力技术上的持续创新能力丰富与能满足临床需求的产品NGS平台的

能力驾驭而不是追赶市场的市场教育能力Burning

Rock

DxNGS在诊疗中能用来做什么该吃什么靶向药是否复发帮助判断是不是癌健康人癌症筛查耐药机制是什么，怎么换药来自一次活检

或手术组织来自二次

活检组织液体活检Burning

Rock

Dx我们的目标客户群体务实学术型的大KOL发散科幻型的大KOL聪明好学型的中层医生懵懂无知型的中层医生学术技术控的患者家属普通依从型的患者家属典型问题类型：型/测试型/学习型Burning

Rock

Dx为什么选择肺癌临床治疗选择多基数大疾病与

密

治疗

早检切相关

多重需求肺癌Burning

Rock

Dx非小细胞肺癌患者朗克朗康OncoScreen朗清多种实体瘤中有针对性的小panel产品产品

2015回首推出针对早期病灶良恶性判断的血检产品展开针对免疫治疗的诊断产品开发在多个医院试点推出甲状

良恶性判断产品在多个医院试点推出淋巴瘤分子分型产品2016愿景Burning

Rock

DxBurning

Rock

Dx有限的微量组织样本组织活检风险/不耐受（20%~30%患者无法取得组织，仅5%患者有二次活检）复杂的肿瘤异质性（时空异质性）无创检测一线治疗决策，二线 化治疗决策，疗效监测多

高敏感平行检测提

准的变异全景节省样本量利用有限标本更全面检测传统分子方法遇到的FISH：检测ALK、ROS1、RET等融合，HER-2扩增等IHC：检测融合（蛋白），HER-2、VEGFR扩增（高表达）等SANGER

：BRAC1/2

等点突变，缺失Arms-PCR：EGFR、HER2、BRAF、KRAS等

的点突变、

缺失Burning

Rock

Dx理想vs.现实我们的目标：通过

数据还原肿瘤

，提

准治疗依据Burning

Rock

Dx在一个完美的世界内的肿瘤轻松取出其中的一部分切成很多一模一样的小片从其中一片提取出大量的、新鲜的、完整的DNA均匀收集到全部我们感的

片段通过二代

得到绝对准确的DNA信息轻松辨认出突变位点将突变数据一键式自动化转化为检测报告耐心等待检测结果，给实验与分析充分的时间医生一看到报告就一目了然该如何对

进行进一步治疗理想vs.现实取材过程理想轻松取出其中的一部分内的肿瘤切成很多一模一样的小片高度异质性的肿瘤现实取到的组织是否能代表原始的肿瘤？取到的组织是否含有非肿瘤细胞？解决方法：关注低丰度突变在可能的情况下配合病理评估液体活检！Burning

Rock

Dx理想vs.现实DNA在样本处理与保存的过程中经常出现降解和损伤片段富集过程无法绝对均匀，也无法绝对干净解决方法：基于捕获的建库方法为片段均匀与完整富集的最佳方法依据后期数据分析甄别肿瘤相关的“真阳性”突变与DNA损伤造成的假阳性突变均匀收集到全部我们感的

片段建库过程理想从其中一片提取出大量的、新鲜的、完整的DNA现实Burning

Rock

Dx理想vs.现实过程即使最高质量的

仪也无法达到100%的准确率解决方法：采用最高准确性的测序平台（Illumina）依据后期数据分析甄别肿瘤相关的“真阳性”突变与错误造成的假阳性突变理想通过二代

得到绝对准确的DNA信息轻松辨认出

突变位点完全不进行真假阳性的判读将在每例样本中发现成千上万个“突变”现实Burning

Rock

DxBurning

Rock

Dx理想vs.现实罕见或意义不明确的突变出现在报告中是“大概率事件”解决方法：医学部！医学部！医学部！一键式自动报告系统不断改良建库方法市场教育现实解读过程理想将突变数据一键式自动化转化为检测报告耐心等待检测结果，给实验与分析充分的时间医生一看到报告就一目了然该如何对

进行进一步治疗不断推出的新药不断开展的新临床试验人种之间的差异互相

的临床数以万计的参考文献基于捕获的NGS方法比传统PCR及IHC方法所需时间长，这是近期无法逾越的鸿沟理想vs.现实，提

准治疗依据我们的目标：通过

数据还原肿瘤理想与现实之间的差距：肿瘤异质性样本中的DNA损伤PCR环节与

环节引入的错误目标区域富集的效率不完美

目标区域富集的均一性不完美分析

需要在假阳性与假

之间进行艰难的取舍医学与生物学大片领域尚属未知Burning

Rock

Dx燃石的技术是什么水平？定量能力高、信息全面、多突变融合扩增一站式解决简便、快捷、便宜、对样本质与量要求低Capture-based

NGSAmplicon-based

NGScSMART-based

NGS贝瑞鲲远圣谷同创雅康博…世和华大思路迪燃石PCR

益善艾德Burning

Rock

Dx燃石的技术是什么水平？Burning

Rock

Dx⚫⚫目前NGS技术的制高点：ctDNA。燃石ctDNA产品在晚期肺癌中的对照验证结果敏感性84%，特异性98%。（胸科医院单中心研究突变检测敏感性93%）⚫⚫燃石为国内首家（是否仍是唯一不详）成功在血液中检测融合的公司（华西医院单中心研究融合检测敏感性80%）⚫⚫燃石的技术能力得到Illumina背书⚫⚫燃石检验所将成为国内屈指可数的CLIA

lab之一⚫⚫燃石是国内NGS公司中产品线最丰富的一家，没有之一，其背后是强大的研发源动力⚫⚫燃石是国内首家实现客户端样本管理系统与一键式报告系统的公司⚫⚫燃石与中国肺癌界过半的顶级KOL有合作中或已完成的临床科研项目高水准的产品是怎样实现的？⚫⚫针对自己的panel不断改良的算法⚫⚫不断改良的建库方法⚫⚫

对 的临床诊治的深刻理解（只靠技术宅做不出好的检测产品，海外空降兵的检测产品）也做不出适合⚫⚫对产品细节的把控⚫⚫大数据的马太效应全

组20000+个约10000个的生物学意义曾被研究过约3000个与

有千丝万缕的联系约1000个为潜在的治疗靶点约100个

进入晚期临床试验阶段约20个

已有确定的靶向药物上市康系列清系列OncoScreenBurning

Rock

Dx水Burning

Rock

Dx细胞中的“通准的产品是怎样实现的？路”是复杂的网络，不是简单明晰的几条线清系列的设计思路该区域在实体肿瘤中为普遍的突变热点：CTNNB1

3号外显子

FBXW7

7-8号外显子

GATA3

4-6号外显子该区域的变异有明确的用药或预后意义：EGFR

18-21外显子ALK

19号内含子TP53全部外显子CAPP-seq文章中报道在NSCLC中为特别的突变热点：KEAP1部分区域

POTEG部分区域

PRSS1部分区域普清Burning

Rock

Dx朗清未来可能会基于燃石自己的大数据改变怎样理解

报告）的实验与分析的工作量A.B.C.报告的背后是和阳性报告一样（甚至报告的信息量与阳性报告相等报告的可能原因：◆◆患者的肿瘤确实不携带任何对应靶向药物的突变◆◆检测样本中不含有肿瘤细胞/肿瘤DNA、或肿瘤细胞/肿瘤DNA占比过低（尤其适用于血液样本）--

原因可能受取材或

环节影响◆◆检测样本DNA质量损伤较严重，产生大量假阳性突变，迫使分析环节需要采用较严格的阈值，从而滤过了真实存在的突变Burning

Rock

Dx怎样尽量避免全阴报告送样与严密：严格遵守SOP自己手里的全阴概率，有疑问时与其他同事或总监交流C. 收单倾向性（尤其是尝试期）：避免已做过检测的Burning

Rock

Dx统肺计癌术朗语清介绍敏感性(Sensitivity)=TP/(TP+FN)–所有真阳性里面多少被测为阳性特异性

(Specificity)

=

TN/

(TN+FP)–所有真

里面多少被测为阳性 值

(PPV)

=TP

/

(TP+FP)

–测出的阳性里面多少真是阳性值

(NPV)

=

TN/(TN+FN)

–

测出的

里面多少真是吻合率(Matching

Rate)=(TP+TN)/(TP+FP+TN+FN)FFPE中突变YesFFPE中突变NocfDNA中突变Yes真阳性（TP）假阳性（FP）cfDNA中突变No假

（FN）真

（TN）为肺什癌么朗要清这么多统计方法？RET融合RET无融合RET检测阳性10RET检测495敏感性(Sensitivity)=20%特异性(Specificity)=100%•阳性 值

(PPV)

=

100%值(NPV)=95%吻合率(Matching

Rate)=96%RET融合RET无融合RET检测阳性14RET检测095敏感性(Sensitivity)=100%特异性(Specificity)=95%•阳性 值

(PPV)

=

20%值(NPV)=100%•

吻合率(Matching

Rate)=96%为肺什癌么朗要清这么多统计方法？组织阳

人组织血液阳

人932血液798敏感性(Sensitivity)=93.0%特异性(Specificity)=98.0%•阳性 值

(PPV)

=

97.9%值(NPV)=93.3%组织阳性位点组织

位点血液阳性位点30050血液

位点3020000000吻合率(Matching

Rate)=97.5%敏感性(Sensitivity)=91%特异性(Specificity)=100%•阳性 值

(PPV)

=

86%值(NPV)=100%•

吻合率(Matching

Rate)=100%如何理解突变丰度的概念？Burning

Rock

Dx如何理解突变丰度的概念突变丰度的定义：在 组某一位点上突变reads在所有reads中的占比Burning

Rock

Dx如何理解突变丰度的概念突变丰度的意义：给出肿瘤异质性的相关信息在组织样本中超低丰度突变可能预示用药效果不佳（血液中关联性不确定）血液中的突变丰度可以用来推测ctDNA浓度，从而与

病程相关联突变丰度不可进行样本间的绝对比较，但可进行同一样本不同突变间的相Bu对rn比ing较Rock

Dx如何理解突变丰度的概念突变丰度在组织检测中的解读：突变丰度=肿瘤细胞占比*突变亚克隆在肿瘤中占比*[0.5（杂合突变）or

1.0（纯合突变）]10%-90%突变丰度在血液检测中的解读：突变丰度=ctDNA在所有cfDNA中占比*突变亚克隆在肿瘤中占比*[0.5

or

1.0]0.1%-90%突变的绝对丰度并不能等同于突变亚克隆在肿瘤中的占比

同一样本中不同突变的相对丰度可以反映亚克隆的占比排序突变同时可以带来的信息：异质性、in

cis/inBturranninsg并R存ock关D系x

等为什么血液检测中的扩增敏感

剧下降突变全部来自正常细胞10%来自肿瘤细胞扩增全部来自正常细胞10%来自肿瘤细胞极低比例混入肿瘤细胞时，辨认突变是辨认

“有无”，而辨认扩增是辨认reads数目的微小波动，因此难度极高Burning

Rock

Dx深度是怎么算出来的？为什么要测那么深？Burning

Rock

DxBurning

RockDxNGS 深度与ct假

概率的关系30ng

cfDNA中存在约来自10000个细胞的DNA10ml

中晚期

患者全血中一般可以提取30-80ng

cfDNA基于捕获的建库流程转化效率一般在10-40%左右因此最终文库在每个位点约包含2000个DNA分子10000X与2000X平均

深度分别可以测到文库中约

1830和750个DNA模板突变丰度稳定覆盖

平均深度

深度假概率1000100010002000200020000.5%0.2%0.1%11.2%55.8%82.7%5000500050001000010000100000.5%0.2%0.1%0.11%12.0%45.4%Burning

Rock

Dx深度的优势随cfDNA丰富度增加而增加0.5%突变0.2%突变0.1%突变0.5%突变0.2%突变0.1%突变当仅有2000个cfDNA分子时，在10000X

以上继续增加

深度对于提升灵敏度的空间已经趋于饱和当有4000个cfDNA分子时，在10000X以上继续增加

深度对于提高检出0.1%丰度的突变灵敏度仍有帮助（约20000X处尚未饱和）因此，效率越高的建库方法越需要搭配高深度的深度在以下情况下对敏感性影响较小只关注1%以上丰度突变或建库环节DNA损失太大，转化效率不足10%或起始DNA量过低（如起始血浆不足4ml）Burning

Rock

Dx真测得到那么多所谓低丰度突变吗？共>500例血液样本中27.6%样本ctDNA占比（最高突变丰度）不足1%41.3%样本中有丰度在1%以下的突变检出在所有ctDNA突变中32.3%的突变丰度在1%以下16.1%的突变丰度在0.5%以下Burning

Rock

Dx这些低丰度突变是真的吗？在成对血液与组织样本中，血液中检出的丰度为1%以下的突变中

82.8%为与组织吻合的突变位点共>500例血液样本中27.6%样本ctDNA占比（最高突变丰度）不足1%41.3%样本中有丰度在1%以下的突变检出在所有ctDNA突变中32.3%的突变丰度在1%以下16.1%的突变丰度在0.5%以下Burning

Rock

DxBurning

Rock

Dx这些ctDNA中的低丰度突变有临床意义吗？共>500例血液样本中27.6%样本ctDNA占比（最高突变丰度）不足1%41.3%样本中有丰度在1%以下的突变检出在所有ctDNA突变中32.3%的突变丰度在1%以下16.1%的突变丰度在0.5%以下在成对血液与组织样本中，血液中检出的丰度为1%以下的突变中

82.8%为与组织吻合的突变位点这些突变所对应的组织中突变丰度平均为12%燃石实测血液样本中EGFR低丰度突变占比在检出T790M阳性的所有血液样本中32%样本丰度<0.5%15%样本丰度<0.2%对于

敏感EGFR突变14%样本丰度<0.5%8%样本丰度<0.2%Burning

Rock

Dx当关注以下情况时需要10000X以上的

深度关注ctDNA中的融合检测融合比突变的检出更有

性燃石朗清融合检测在晚期肺癌患者中敏感性达到78%关注中早期患者的ctctDNA占cfDNA比例比晚期患者更低，预期突变丰度更低配合

起始血量或更高转化效率的建库方法20ml起始血液新型建库方法可以进一步增加DNA建库的转化效率Burning

Rock

Dx报告解读内容是不是越多越好？燃石朗清-报告解读报告解读仅从最 指南、文献、及II/III期临床试验进展中采证，对

等级进行分级。这也是为什么绝大多数市面上常见的化疗相关

未纳入燃石产品。燃石朗清-报告解读diseaseGeneMutationDescriptionEffectrelationshipDrugChineseNameStatusNoteReferenceLung

cancerEGFRL858Rmissensegain-of-functionsensitive

tosensitive

tosensitive

to

sensitive

to

sensitive

to

sensitive

to

sensitive

to

sensitive

to

sensitive

to

sensitive

to

sensitive

to

sensitive

to

possibly

sensitive

to

possibly

sensitive

to厄洛替尼,吉非替尼,埃克替尼FDA-approved-gen

EGFR

TKIFDALung

cancerEGFRG719Amissensegain-of-function厄洛替尼,吉非替尼,埃克替尼FDA-approved-gen

EGFR

TKIFDALung

cancerEGFRG719Cmissensegain-of-function厄洛替尼,吉非替尼,埃克替尼FDA-approved-gen

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cancerEGFRG719Dmissensegain-of-function厄洛替尼,吉非替尼,埃克替尼FDA-approved-gen

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TKIFDALung

cancerEGFRG719Smissensegain-of-function厄洛替尼,吉非替尼,埃克替尼FDA-approved-gen

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cancerEGFRL861Pmissensegain-of-function厄洛替尼,吉非替尼,埃克替尼FDA-approved-gen

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cancerEGFRL861Qmissensegain-of-function厄洛替尼,吉非替尼,埃克替尼FDA-approved-gen

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cancerEGFRL861Rmissensegain-of-function厄洛替尼,吉非替尼,埃克替尼FDA-approved-gen

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cancerEGFRL747Smissensegain-of-function厄洛替尼,吉非替尼,埃克替尼FDA-approved-gen

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cancerEGFRS768Imissensegain-of-function厄洛替尼,吉非替尼,埃克替尼FDA-approved-gen

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cancerEGFRA763_Y764insFQEAinsertiongain-of-function厄洛替尼,吉非替尼,埃克替尼case

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