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RNA-seqVSZhangetal.NatureReviewsGenetics,RNA-seq 1.Libraryconstructionwith 2.ClusterGenerationbybridge 3.Sequencingby 4.Massivelyparallel 5.Reads 6.Transcriptsabundance 7.Differentiallyexpressedgenes 8. NextGenerationSequencingLibraryMoreilluminaClusterGeneration:BridgePCR SequencingSequencingMultiplexingisachievedbyusingsamplespecificadaptorsinlibrarypreparationstep,thensequencingthemalltogetherinonelibraryPE=pairedend(mate
SE=singleIs2*50,000,000=MoreinformationonNewsplicevariantsNewstructuralvariationMoreperbasecoverageTypicallybetterma
LessinformationThe2ndfragmentisredundantinformationforcoveragepurposes.UsefulRSeQC:genebody 对各 fication单位的介绍 /2014/05/08/what-Useful Fusion Mutation 工具列 SEQanswers ProtocolarticlesSimilarstudiesCompany
实验设表达检测,可变剪接,新转录物,等 表达差异,突变测,融 技术重复:基本不生物重复:样品数 Someexample Coverage(referstomappedsequencing/denovoassembly/variation
10x-30x- 30-50-100millionreadsformammalian 0.5-1million100xor20-30millionreadsper
(dependson ent,signaltonoiseandBisulfite ~30xoftheGENOMEperbiologicalSequencingstudyof$NumberfManyNumberfareproducefew
FewmoleculesareveryabundantmostreadsareattributedtoNumberofNumberofERCC ExternalRNAControls 素Assessthelowerlimitofdetectionandrange(doseAssessthefold-changeGenebodycoverage Saturation Whatinformationcanyougetfrom 功能研 部分调机制反映在RNA水平 RNA RNA 发现新的转 发现新的细胞 singlecellRNA-LuChenetal.,Science,Whatinformationcanyougetfrom 功能研 部分调机制反映在RNA水平 RNA RNA 发现新的转 发现新的细胞 singlecellRNA- VenablesJPetal.,NatStructMolBiolOlteanSandBatesDO,OncogeneEmergingRolesofRNAModification:LeeM.etal.,CellRNAWhatinformationcanyougetfrom 功能研 部分调机制反映在RNA水平 RNA RNA 发现新的转 发现新的细胞 singlecellRNA-LongnoncodingCabiliNM.GenomeRes.ThelandscapeoflongnoncodingRNAsinthehumantranscriptomeIyerMatthewetal.,NatGenet.GuoJUetal.,GenomeBiol.Rybak-WolfAGuoJUetal.,GenomeBiol.Whatinformationcanyougetfrom 功能研 部分调机制反映在RNA水平 RNA RNA 发现新的转
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